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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3p2p | ||||||
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タイトル | ENHANCED ACTIVITY AND ALTERED SPECIFICITY OF PHOSPHOLIPASE A2 BY DELETION OF A SURFACE LOOP | ||||||
要素 | PHOSPHOLIPASE A2ホスホリパーゼA2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE(CARBOXYL ESTER) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PG / Synthesis of PA / positive regulation of podocyte apoptotic process / regulation of glucose import / phosphatidylglycerol metabolic process / calcium-dependent phospholipase A2 activity ...Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PG / Synthesis of PA / positive regulation of podocyte apoptotic process / regulation of glucose import / phosphatidylglycerol metabolic process / calcium-dependent phospholipase A2 activity / phosphatidylcholine metabolic process / leukotriene biosynthetic process / neutrophil mediated immunity / ホスホリパーゼA2 / bile acid binding / phospholipase A2 activity / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / 好中球 / positive regulation of interleukin-8 production / phospholipid binding / positive regulation of MAP kinase activity / cellular response to insulin stimulus / fatty acid biosynthetic process / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of immune response / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / intracellular signal transduction / signaling receptor binding / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / 細胞膜 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Dijkstra, B.W. / Thunnissen, M.M.G.M. / Kalk, K.H. / Drenth, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 1989 タイトル: Enhanced activity and altered specificity of phospholipase A2 by deletion of a surface loop. 著者: Kuipers, O.P. / Thunnissen, M.M. / de Geus, P. / Dijkstra, B.W. / Drenth, J. / Verheij, H.M. / de Haas, G.H. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983 タイトル: Structure of Porcine Pancreatic Phospholipase A2 at 2.6 Angstroms Resolution and Comparison with Bovine Phospholipase A2 著者: Dijkstra, B.W. / Renetseder, R. / Kalk, K.H. / Hol, W.G.J. / Drenth, J. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1982 タイトル: The Structure of Bovine Pancreatic Prophospholipase A2 at 3.0 Angstroms Resolution 著者: Dijkstra, B.W. / Vannes, G.J.H. / Kalk, K.H. / Brandenburg, N.P. / Hol, W.G.J. / Drenth, J. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981 タイトル: Structure of Bovine Pancreatic Phospholipase A2 at 1.7 Angstroms Resolution 著者: Dijkstra, B.W. / Kalk, K.H. / Hol, W.G.J. / Drenth, J. #4: ジャーナル: Nature / 年: 1981 タイトル: Active Site and Catalytic Mechanism of Phospholipase A2 著者: Dijkstra, B.W. / Drenth, J. / Kalk, K.H. #5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978 タイトル: Three-Dimensional Structure and Disulfide Bond Connections in Bovine Pancreatic Phospholipase A2 著者: Dijkstra, B.W. / Drenth, J. / Kalk, K.H. / Vandermaelen, P.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3p2p.cif.gz | 59.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3p2p.ent.gz | 47.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3p2p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/3p2p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/3p2p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: SEE REMARK 6. | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.311854, -0.931273, -0.188355), ベクター: 詳細 | THE ENZYME CRYSTALLIZES WITH A DIMER IN THE ASYMMETRIC UNIT. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 1* RECORDS BELOW CAN BE APPLIED TO SUBUNIT 2 (CHAIN *B*) TO OBTAIN OPTIMAL SUPERPOSITION OF C-ALPHA COORDINATES ON THOSE OF SUBUNIT 1 (CHAIN *A*). THE RMS DIFFERENCE FOR ALL 119 CARBON-ALPHA PAIRS IS 0.542 ANGSTROMS. | |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13397.018 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 器官: PANCREAS膵臓 / 参照: UniProt: P00592, ホスホリパーゼA2 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | CALCIUM CA B 2 IS BOUND BETWEEN THE *A* AND *B* CHAINS. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.74 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / % possible obs: 88.5 % |
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-解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.186 / 最高解像度: 2.1 Å | ||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.1 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Rfactor obs: 0.237 / Rfactor Rwork: 0.237 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: bond_d / Dev ideal: 0.009 |