PDB-3oro: Mycobacterium tuberculosis PknB kinase domain L33D mutant (crysta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3oro

タイトル

Mycobacterium tuberculosis PknB kinase domain L33D mutant (crystal form 4)

要素

Serine/threonine protein kinase

Serine/threonine-specific protein kinase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC /

Kinase domain (キナーゼ) /

Signal transduction (シグナル伝達)

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of cellular biosynthetic process / regulation of primary metabolic process / negative regulation of growth rate / acetyltransferase activator activity / negative regulation of catalytic activity / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / response to host immune response / positive regulation of catalytic activity / positive regulation of DNA binding / peptidoglycan biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Good, M.C. / Echols, N. / Lombana, T.N. / Alber, T. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Allosteric activation mechanism of the Mycobacterium tuberculosis receptor Ser/Thr protein kinase, PknB.
著者: Lombana, T.N. / Echols, N. / Good, M.C. / Thomsen, N.D. / Ng, H.L. / Greenstein, A.E. / Falick, A.M. / King, D.S. / Alber, T.

履歴

登録	2010年9月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年1月18日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3oro.cif.gz	114.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3oro.ent.gz	88.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3oro.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/3oro ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/3oro	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3oriC 3ormC 1mruS 1o6y 3ork 3orl 3orp 3ort S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3orm-d 2gxf-1 4q7q-2 5oku-d 4ger-1 3ori-2 6det-d 1p99-d 7bwv-1 4zdm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine protein kinase

ヘテロ分子

34.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.598, 51.423, 135.327
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Serine/threonine protein kinase / Serine/threonine-specific protein kinase 分子量: 33520.605 Da / 分子数: 1 / 断片: Kinase domain (UNP residues 1 to 308) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: MRA_0016, pknB, PknB (Rv0014c) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5TY84, UniProt: P9WI81*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S 分子量: 523.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃S コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸 / CHES (buffer) 分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₇NO₃S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.62 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1M Sodium Citrate, 100mM CHES pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.107 / 波長: 1.107 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月1日

放射

モノクロメーター: Y / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.107	1
2	1.107	1

反射

解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 21540 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 13.5

反射シェル

解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.213 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
EPMR		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1mru

1mru

解像度: 1.9→17.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 5.554 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22758	1161	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19296	-	-	-
obs	0.19474	21540	98.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.779 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.12 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→17.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2048	0	44	205	2297

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	2148
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1979
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.518	1.989	2936
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.744	3.001	4558
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.046	5	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.988	22.935	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.28	15	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.875	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2407
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	422
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	417
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.167	0.2	1950
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.2	1253
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	161
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.128	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.191	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.168	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.71	1.5	1757
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.101	1.5	547
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.804	2	2197
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.415	3	882
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.056	4.5	739
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	67	-
R_work	0.247	1434	-
obs	-	-	91.41 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9546	0.4188	-1.0138	6.6997	-2.1109	1.7953	-0.1141	0.0786	-0.3498	-0.2609	-0.1375	-0.0771	0.1587	-0.04	0.2515	-0.0419	-0.0306	0.0446	-0.1301	-0.0053	0.0528	41.4584	26.1618	7.2414
2	5.608	-1.4501	-1.6001	2.7064	0.6768	2.9244	-0.2821	-0.2154	-0.5574	-0.2206	0.1998	-0.1496	0.2738	0.3357	0.0822	-0.0325	0.0384	0.059	-0.0951	0.0831	-0.0011	45.0433	28.5865	13.0883
3	41.6094	54.1779	-40.5825	70.5428	-52.8408	39.5809	-1.6304	0.3155	-0.2347	-1.8653	0.1448	-3.9334	2.049	0.4876	1.4857	0.1847	0.118	0.1495	0.0607	-0.1261	0.1159	52.1341	37.3022	-4.3586
4	5.3236	0.2044	-1.7556	1.6622	0.165	2.3259	-0.141	-0.5234	-0.3349	-0.0907	-0.0774	0.0532	0.0665	0.2608	0.2184	-0.0695	-0.0043	-0.001	-0.0456	0.0716	-0.0838	30.6784	38.7992	21.0951
5	3.5886	0.9405	-1.6212	1.7543	-0.6834	1.9353	0.3768	-0.5605	0.3955	0.1831	-0.2117	0.1953	-0.3416	0.3037	-0.1651	-0.029	-0.124	0.049	-0.0342	-0.0896	-0.0661	28.0575	52.4884	25.2206

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 47
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	67 - 96
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	48
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	97 - 155
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	195 - 285

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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