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- PDB-3okd: Crystal structure of S25-39 in complex with Kdo -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3okd
タイトルCrystal structure of S25-39 in complex with Kdo
要素(S25-39 Fab (IgG1k) ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / antibody (抗体) / Fab / IgG / carbohydrate (炭水化物)
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Blackler, R.J. / Evans, S.V.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: A Common NH53K Mutation in the Combining Site of Antibodies Raised against Chlamydial LPS Glycoconjugates Significantly Increases Avidity.
著者: Blackler, R.J. / Brooks, C.L. / Evans, D.W. / Brade, L. / Kosma, P. / Brade, H. / Evans, S.V.
履歴
登録2010年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年3月7日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.source
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S25-39 Fab (IgG1k) light chain
B: S25-39 Fab (IgG1k) heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6366
ポリマ－48,1202
非ポリマー5164
水10,665592
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area19510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.747, 82.011, 131.976
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 S25-39 Fab (IgG1k) light chain


分子量: 24182.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ascites / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c
#2: 抗体 S25-39 Fab (IgG1k) heavy chain


分子量: 23936.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ascites / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c

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糖 , 1種, 1分子

#4: 糖 ChemComp-KDO / 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid / (2R)-2-デオキソ-2-ヒドロキシ-2,6-オキシ-3,6-ジデオキシ-D-manno-2-オクツロソン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 238.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H14O8
識別子タイププログラム
DKdopaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-KdopIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
KdoSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 595分子

#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 592 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.19 %
結晶化温度: 289 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 3350, MPD, ZnAc, NaCacod, pH 6.5, hanging drop, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年5月27日 / 詳細: OSMIC BLUE MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.98 Å / Num. obs: 46591 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.65 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.863.420.2973.2100
1.86-1.943.610.2363.9100
1.94-2.033.630.1764.9100
2.03-2.133.70.146.1100
2.13-2.273.750.1167.299.9
2.27-2.443.770.0998.599.9
2.44-2.693.770.0810.399.9
2.69-3.073.740.06112.799.5
3.07-3.873.670.04917.198.3
3.87-19.983.490.04520.896.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 42.39 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å19.98 Å
Translation2.5 Å19.98 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.7 W8RSSIデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→19.976 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.44 / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2754 2359 5.06 %
Rwork0.2333 --
obs0.2355 46576 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.865 Å2 / ksol: 0.322 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4212 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.0291 Å2-0 Å2
3----0.3921 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.976 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3353 0 31 592 3976
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093470
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2434713
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2471246
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083531
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005598
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.83680.4071560.36062600X-RAY DIFFRACTION100
1.8368-1.87670.41491450.32562522X-RAY DIFFRACTION100
1.8767-1.92030.3411320.29692611X-RAY DIFFRACTION100
1.9203-1.96830.33721320.242568X-RAY DIFFRACTION100
1.9683-2.02140.27131410.24542577X-RAY DIFFRACTION100
2.0214-2.08090.29461300.22922608X-RAY DIFFRACTION100
2.0809-2.1480.29331350.23032576X-RAY DIFFRACTION100
2.148-2.22460.29431260.23092620X-RAY DIFFRACTION100
2.2246-2.31360.28431480.23182572X-RAY DIFFRACTION100
2.3136-2.41870.27341410.22712605X-RAY DIFFRACTION100
2.4187-2.5460.28071340.23652618X-RAY DIFFRACTION100
2.546-2.70510.26111460.23382584X-RAY DIFFRACTION100
2.7051-2.91340.27411360.22622615X-RAY DIFFRACTION100
2.9134-3.20550.26481270.22312625X-RAY DIFFRACTION99
3.2055-3.66690.25271100.22412636X-RAY DIFFRACTION98
3.6669-4.61050.23331690.20892577X-RAY DIFFRACTION97
4.6105-19.97710.28751510.24372703X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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