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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ofg | ||||||
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タイトル | Structured Domain of Caenorhabditis elegans BMY-1 | ||||||
要素 | Boca/mesd chaperone for ywtd beta-propeller-egf protein 1 | ||||||
キーワード | CHAPERONE (シャペロン) / molecular chaperone (シャペロン) / protein folding (フォールディング) / YWTD propeller / LDLR (LDL受容体) / LRP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.367 Å | ||||||
データ登録者 | Collins, M.N. / Hendrickson, W.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2011 タイトル: Structural Characterization of the Boca/Mesd Maturation Factors for LDL-Receptor-Type beta-Propeller Domains 著者: Collins, M.N. / Hendrickson, W.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ofg.cif.gz | 84.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ofg.ent.gz | 71.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ofg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/3ofg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/3ofg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11153.080 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 84-174 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: bmy-1, F09E5.17 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8IG33 #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.73 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 15-18% PEG 3350, 300-500mM LiCl2, 100mM Mes pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月24日 / 詳細: monochromator + mirror |
放射 | モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.37→36.37 Å / Num. all: 33460 / Num. obs: 33444 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.367→34.033 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.18 / SU ML: 0.12 / σ(F): 2.05 / 位相誤差: 16 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.974 Å2 / ksol: 0.422 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 51.1 Å2 / Biso mean: 14.5199 Å2 / Biso min: 0.75 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.367→34.033 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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