[日本語] English
万見
- PDB-3oah: Structural Characterization of the Dual Glycan Binding Adeno-Asso... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oah
タイトルStructural Characterization of the Dual Glycan Binding Adeno-Associated Virus Serotype 6
要素Capsid protein VP1カプシド
キーワードVIRUS (ウイルス) / Beta-barrel (Βバレル) / ssDNA binding (デオキシリボ核酸) / ssDNA (デオキシリボ核酸) / icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-AMINOPYRIMIDIN-2(1H)-ONE / Chem-OAH / Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Adeno-associated virus - 6 (アデノ随伴ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Ng, R. / Agbandje-McKenna, M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: Structural characterization of the dual glycan binding adeno-associated virus serotype 6.
著者: Ng, R. / Govindasamy, L. / Gurda, B.L. / McKenna, R. / Kozyreva, O.G. / Samulski, R.J. / Parent, K.N. / Baker, T.S. / Agbandje-McKenna, M.
履歴
登録2010年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年10月19日Group: Other
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1063
ポリマ－59,6641
非ポリマー4422
水19811
1
A: Capsid protein VP1
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,606,378180
ポリマ－3,579,83960
非ポリマー26,539120
水1,08160
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation11*11
point symmetry operation11*21
point symmetry operation11*31
point symmetry operation11*41
point symmetry operation11*51
point symmetry operation11*61
point symmetry operation11*71
point symmetry operation11*81
point symmetry operation11*91
point symmetry operation11*101
point symmetry operation12*11
point symmetry operation12*21
point symmetry operation12*31
point symmetry operation12*41
point symmetry operation12*51
point symmetry operation12*61
point symmetry operation12*71
point symmetry operation12*81
point symmetry operation12*91
point symmetry operation12*101
point symmetry operation13*11
point symmetry operation13*21
point symmetry operation13*31
point symmetry operation13*41
point symmetry operation13*51
point symmetry operation13*61
point symmetry operation13*71
point symmetry operation13*81
point symmetry operation13*91
point symmetry operation13*101
point symmetry operation14*11
point symmetry operation14*21
point symmetry operation14*31
point symmetry operation14*41
point symmetry operation14*51
point symmetry operation14*61
point symmetry operation14*71
point symmetry operation14*81
point symmetry operation14*91
point symmetry operation14*101
point symmetry operation15*11
point symmetry operation15*21
point symmetry operation15*31
point symmetry operation15*41
point symmetry operation15*51
point symmetry operation15*61
point symmetry operation15*71
point symmetry operation15*81
point symmetry operation15*91
point symmetry operation15*101
point symmetry operation16*11
point symmetry operation16*21
point symmetry operation16*31
point symmetry operation16*41
point symmetry operation16*51
point symmetry operation16*61
point symmetry operation16*71
point symmetry operation16*81
point symmetry operation16*91
point symmetry operation16*101
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation11*11
3
A: Capsid protein VP1
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 301 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)300,53215
ポリマ－298,3205
非ポリマー2,21210
水905
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation11*11
point symmetry operation11*21
point symmetry operation11*31
point symmetry operation11*41
point symmetry operation11*51
4
A: Capsid protein VP1
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 361 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)360,63818
ポリマ－357,9846
非ポリマー2,65412
水1086
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation11*11
point symmetry operation11*21
point symmetry operation11*61
point symmetry operation11*101
point symmetry operation13*31
point symmetry operation13*41
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame10*11
6
A: Capsid protein VP1
ヘテロ分子
x 10


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 601 kDa, 10 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)601,06330
ポリマ－596,64010
非ポリマー4,42320
水18010
タイプ名称対称操作数
transform to crystal frame10*21
point symmetry operation11*11
point symmetry operation11*21
point symmetry operation11*31
point symmetry operation11*41
point symmetry operation11*51
point symmetry operation11*61
point symmetry operation11*71
point symmetry operation11*81
point symmetry operation11*91
point symmetry operation11*101
単位格子
Length a, b, c (Å)263.000, 263.000, 609.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.49994, 0.86606, -0.00096), (-0.64497, 0.37305, 0.66697), (0.57799, -0.33283, 0.74509)-131.21872, -172.5981, 152.95435
3generate(0.80776, 0.11041, -0.57908), (0.46813, 0.4769, 0.74392), (0.35831, -0.87199, 0.33353)83.76004, -49.62574, 248.36168
4generate(0.80892, 0.46906, 0.35444), (-0.1073, -0.47496, 0.87344), (0.57804, -0.74458, -0.33388)-132.55228, -79.47877, 402.95685
5generate(0.31093, -0.17614, 0.93397), (-0.17612, -0.97634, -0.12549), (0.93397, -0.12547, -0.3346)-266.70798, 152.013, 403.02133
6generate(0.30677, 0.75759, 0.57615), (0.7576, -0.56079, 0.33401), (0.57614, 0.33403, -0.74598)-265.44373, 150.20345, 404.55695
7generate(0.81032, -0.46586, -0.35547), (-0.11027, 0.47455, -0.87329), (0.57552, 0.74684, 0.33317)82.41815, 202.38565, 154.35345
8generate(0.80892, -0.10724, 0.57805), (0.46907, -0.47503, -0.74453), (0.35444, 0.87341, -0.33395)-134.23608, 324.4563, 250.96318
9generate(0.49992, -0.64495, 0.57803), (0.86607, 0.37301, -0.33285), (-0.00095, 0.66701, 0.74505)-134.14249, 228.95674, 1.03812
10generate(0.002, -0.9335, 0.35858), (0.35675, -0.33432, -0.87233), (0.9342, 0.12967, 0.33236)-133.29675, 324.92532, 248.47168
詳細non-envelope T=1 icosahedron, 10 monomer in the assymmetric unit cell of the crystal

-
要素

#1: タンパク質 Capsid protein VP1 / カプシド


分子量: 59663.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Adeno-associated virus - 6 (アデノ随伴ウイルス)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O56137
#2: 化合物 ChemComp-CYT / 6-AMINOPYRIMIDIN-2(1H)-ONE / CYTOSINE / シトシン / シトシン


分子量: 111.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5N3O
#3: 化合物 ChemComp-OAH / 9-(2-deoxy-5-O-phosphono-alpha-D-threo-pentofuranosyl)-9H-purin-6-amine


分子量: 331.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 25mM Tris-HCl pH7.5 with 60 mM MgCl2 and 100mM NaCl, 4% PEG6000, and 25%glycerol, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.917 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→40 Å / Num. obs: 119617 / % possible obs: 72.3 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rsym value: 0.154 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.607 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 8285 / Rsym value: 0.443 / % possible all: 50.5

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AAV1

解像度: 3→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2875 5549 Random
Rwork0.2747 --
obs-119617 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4117 0 30 11 4158
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.48
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る