ソフトウェア 名称 バージョン 分類 MD2diffractometer softwareデータ収集 PHASER位相決定 REFMAC5.5.0070精密化 HKL-2000データ削減 HKL-2000データスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 5-helix-bundle derived from PDB entry 1AIK解像度 : 1.45→25 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.97 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.964 / SU B : 1.965 / SU ML : 0.035 / 交差検証法 : THROUGHOUT / ESU R Free : 0.064 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.18121 1748 5 % RANDOM Rwork 0.15033 - - - obs 0.15195 33160 99.45 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso mean : 15.144 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.79 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - -0.87 Å2 0 Å2 3- - - 1.66 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.45→25 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1548 0 12 238 1798
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 33) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.013 0.021 1679 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.001 0.02 1110 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.446 1.941 2292 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg0.95 3 2755 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg4.522 5 228 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg37.859 26.957 92 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg12.122 15 321 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg26.842 15 7 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.089 0.2 253 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.006 0.02 1930 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.001 0.02 294 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_refinedX-RAY DIFFRACTION r_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_refinedX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_otherX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refinedX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it1.54 1.5 1016 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_other0.804 1.5 433 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it2.378 2 1631 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it3.387 3 663 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it5.11 4.5 645 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restr1.627 3 2789 X-RAY DIFFRACTION r_sphericity_free7.183 3 238 X-RAY DIFFRACTION r_sphericity_bonded4.681 3 2755
LS精密化 シェル 解像度 : 1.452→1.49 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.18 127 - Rwork 0.144 2323 - obs - - 96.42 %