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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3o3r | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of AKR1B14 in complex with NADP | ||||||
要素 | Aldo-keto reductase family 1, member B7 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Aldose reductase like protein / AKR1B14 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Estrogen biosynthesis / aldo-keto reductase (NADPH) activity / アルドースレダクターゼ / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / aldose reductase (NADPH) activity / ミトコンドリア / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å | ||||||
データ登録者 | Sundaram, K. / Dhagat, U. / El-Kabbani, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011 タイトル: Structure of rat aldose reductase-like protein AKR1B14 holoenzyme: Probing the role of His269 in coenzyme binding by site-directed mutagenesis 著者: Sundaram, K. / Dhagat, U. / Endo, S. / Chung, R. / Matsunaga, T. / Hara, A. / El-Kabbani, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3o3r.cif.gz | 153.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3o3r.ent.gz | 119.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3o3r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/3o3r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/3o3r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1pwlS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36173.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pCold IV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q5RJP0 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.79 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 20% polyethylene glycol 4000, 10% 2-propanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54179 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年1月7日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54179 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.86→30 Å / Num. all: 50520 / Num. obs: 49358 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.48 % / Rmerge(I) obs: 0.0477 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.86→1.93 Å / 冗長度: 3.02 % / Rmerge(I) obs: 0.2796 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 4018 / % possible all: 90.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1PWL 解像度: 1.86→28.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.2536 / WRfactor Rwork: 0.1892 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / FOM work R set: 0.8216 / SU B: 3.85 / SU ML: 0.116 / SU R Cruickshank DPI: 0.1742 / SU Rfree: 0.1656 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 1 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 63.21 Å2 / Biso mean: 27.0707 Å2 / Biso min: 8.06 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.208 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.86→28.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.862→1.93 Å / Total num. of bins used: 20
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