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万見
- PDB-3n4x: Structure of Csm1 full-length -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n4x
タイトルStructure of Csm1 full-length
要素Monopolin complex subunit CSM1
キーワードREPLICATION (DNA複製) / meiosis (減数分裂) / rDNA
機能・相同性
機能・相同性情報


monopolin complex / spindle attachment to meiosis I kinetochore / protein localization to nucleolar rDNA repeats / meiotic chromosome segregation / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / rDNA chromatin condensation / homologous chromosome segregation / 核膜 / 核小体 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #80 / Monopolin complex subunit Csm1/Pcs1, C-terminal / Csm1/Pcs1, C-terminal domain superfamily / Monopolin complex subunit Csm1/Pcs1 / Csm1 N-terminal domain / Chromosome segregation protein Csm1/Pcs1 / Csm1 N-terminal domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #340 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #80 / Monopolin complex subunit Csm1/Pcs1, C-terminal / Csm1/Pcs1, C-terminal domain superfamily / Monopolin complex subunit Csm1/Pcs1 / Csm1 N-terminal domain / Chromosome segregation protein Csm1/Pcs1 / Csm1 N-terminal domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #340 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Monopolin complex subunit CSM1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.408 Å
データ登録者Corbett, K.D. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2010
タイトル: The Monopolin Complex Crosslinks Kinetochore Components to Regulate Chromosome-Microtubule Attachments.
著者: Corbett, K.D. / Yip, C.K. / Ee, L.S. / Walz, T. / Amon, A. / Harrison, S.C.
履歴
登録2010年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Monopolin complex subunit CSM1
B: Monopolin complex subunit CSM1
C: Monopolin complex subunit CSM1
D: Monopolin complex subunit CSM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,1064
ポリマ－87,1064
非ポリマー00
水0
1
A: Monopolin complex subunit CSM1
B: Monopolin complex subunit CSM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5532
ポリマ－43,5532
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area19290 Å2
手法PISA
2
C: Monopolin complex subunit CSM1
D: Monopolin complex subunit CSM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5532
ポリマ－43,5532
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area20130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.269, 105.269, 234.792
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22
32
42
13
23
33
43
14
24
34
44
15
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35
45
16
26
36
46
17
27
37
47

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND RESID 17:25 AND (BACKBONE OR NAME CB)
211CHAIN B AND RESID 17:25 AND (BACKBONE OR NAME CB)
311CHAIN C AND RESID 17:25 AND (BACKBONE OR NAME CB)
411CHAIN D AND RESID 17:25 AND (BACKBONE OR NAME CB)
112CHAIN A AND RESID 26:35 AND (BACKBONE OR NAME CB)
212CHAIN B AND RESID 26:35 AND (BACKBONE OR NAME CB)
312CHAIN C AND RESID 26:35 AND (BACKBONE OR NAME CB)
412CHAIN D AND RESID 26:35 AND (BACKBONE OR NAME CB)
113CHAIN A AND RESID 36:45 AND (BACKBONE OR NAME CB)
213CHAIN B AND RESID 36:45 AND (BACKBONE OR NAME CB)
313CHAIN C AND RESID 36:45 AND (BACKBONE OR NAME CB)
413CHAIN D AND RESID 36:45 AND (BACKBONE OR NAME CB)
114CHAIN A AND RESID 46:55 AND (BACKBONE OR NAME CB)
214CHAIN B AND RESID 46:55 AND (BACKBONE OR NAME CB)
314CHAIN C AND RESID 46:55 AND (BACKBONE OR NAME CB)
414CHAIN D AND RESID 46:55 AND (BACKBONE OR NAME CB)
115CHAIN A AND RESID 56:65 AND (BACKBONE OR NAME CB)
215CHAIN B AND RESID 56:65 AND (BACKBONE OR NAME CB)
315CHAIN C AND RESID 56:65 AND (BACKBONE OR NAME CB)
415CHAIN D AND RESID 56:65 AND (BACKBONE OR NAME CB)
116CHAIN A AND RESID 66:75 AND (BACKBONE OR NAME CB)
216CHAIN B AND RESID 66:75 AND (BACKBONE OR NAME CB)
316CHAIN C AND RESID 66:75 AND (BACKBONE OR NAME CB)
416CHAIN D AND RESID 66:75 AND (BACKBONE OR NAME CB)
117CHAIN A AND RESID 76:180 AND (BACKBONE OR NAME CB)
217CHAIN B AND RESID 76:180 AND (BACKBONE OR NAME CB)
317CHAIN C AND RESID 76:180 AND (BACKBONE OR NAME CB)
417CHAIN D AND RESID 76:180 AND (BACKBONE OR NAME CB)

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7

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要素

#1: タンパク質
Monopolin complex subunit CSM1 / / Chromosome segregation in meiosis protein 1


分子量: 21776.379 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CSM1, SPO86, YCR086W, YCR86W / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 pLysS / 参照: UniProt: P25651

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 150 mM lithium chloride, 12% PEG 2000, 4% 1,4-butanediol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: side-bounce cryogenically cooled 220 silicon monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. all: 16731 / Num. obs: 16731 / % possible obs: 78.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 125.7 Å2 / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 3.4→3.5 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 248 / Rsym value: 0.517 / % possible all: 14

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ENTRY ID 3N4R

3n4r


解像度: 3.408→35.04 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2816 824 4.93 %random
Rwork0.2376 ---
obs0.2398 16707 78.56 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 88.053 Å2 / ksol: 0.281 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.408→35.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4949 0 0 0 4949
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115021
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3666777
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3951841
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087791
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006851
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A35X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B35X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.1
13C40X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.103
14D40X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.119
21A50X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B50X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.068
23C50X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.072
24D50X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.068
31A50X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32B50X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.065
33C50X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.064
34D50X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.066
41A50X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42B50X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.063
43C50X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.065
44D50X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.074
51A50X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52B50X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.074
53C50X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.059
54D50X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.065
61A50X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
62B50X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.064
63C50X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.068
64D50X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.067
71A428X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
72B428X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.074
73C447X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.08
74D427X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.064
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.408-3.62180.4034270.3788658X-RAY DIFFRACTION20
3.6218-3.90120.3664990.31011715X-RAY DIFFRACTION52
3.9012-4.29310.33421660.24573313X-RAY DIFFRACTION100
4.2931-4.91290.24562050.18943304X-RAY DIFFRACTION100
4.9129-6.18420.30561740.22723400X-RAY DIFFRACTION100
6.1842-35.0420.25041530.2323493X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.802-1.1940.7259-0.59570.0578-0.80070.1020.07560.07750.4718-0.2620.0280.25980.53950.07380.91170.55310.02180.55130.06670.3549-51.74898.467928.0328
2-0.4924-1.837-1.85920.974-0.5591.3329-0.5931-0.1672-0.31970.36080.73610.01720.672-0.1424-0.0480.9840.6951-0.03460.67160.11020.4956-66.937821.457638.9013
31.47230.81841.31752.06911.1619-0.06340.2249-0.24430.06010.2331-0.31350.09940.0613-0.08720.05810.61080.0860.08960.4955-0.01080.2769-57.26559.7003-0.4575
41.3756-0.3063-1.24241.5709-0.00280.9602-0.53420.74810.2208-0.66970.084-0.2489-0.2860.02380.26570.8545-0.4011-0.13361.15340.23940.7775-47.229128.071-9.4271
5-0.4740.3151-0.63560.507-0.433-0.0415-1.7835-0.5001-0.83710.7422.15760.8886-0.6731.3908-0.110.2047-0.262-0.06951.47620.28640.7794-87.124844.009-35.0853
61.81540.915-1.05790.30380.77330.135-0.23470.8994-0.0345-0.09540.7199-0.0841-0.56150.3161-0.22851.1503-0.2984-0.05261.29750.10950.952-20.468950.549269.3957
71.4888-0.0984-0.68250.90880.74670.2562-1.11331.56950.25250.08590.57590.1751-1.43120.740.1785-0.54030.61170.15160.265-0.08620.5029-73.913231.1772-3.1645
8-1.16490.23040.1321-0.198-0.32910.32740.21560.123-0.70710.15780.166-0.2339-0.18130.09750.07760.6656-0.10920.08891.6941-0.12950.8692-38.996433.767932.8712
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESI 69:180
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND RESI 69:180
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C AND RESI 69:180
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D AND RESI 69:180
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A OR CHAIN B) AND RESI 16:36
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN C OR CHAIN D) AND RESI 3:36
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A OR CHAIN B) AND RESI 37:68
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN C OR CHAIN D) AND RESI 37:68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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