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- PDB-5xfs: Crystal structure of PE8-PPE15 in complex with EspG5 from M. tube... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xfs | ||||||
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Title | Crystal structure of PE8-PPE15 in complex with EspG5 from M. tuberculosis | ||||||
![]() |
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![]() | PROTEIN TRANSPORT / Tuberculosis / Bacterial pathogenesis / Protein secretion / Protein complex / Protein structure | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, X. / Au, S.W.N. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural basis of the PE-PPE protein interaction in Mycobacterium tuberculosis. Authors: Chen, X. / Cheng, H.F. / Zhou, J. / Chan, C.Y. / Lau, K.F. / Tsui, S.K. / Au, S.W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 211.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 169 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 450.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 455.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 27 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4w4lS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 10271.424 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 1-99 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: PE8, Rv1040c / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 20312.930 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 1-194 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: PPE15, mper1, Rv1039c / Production host: ![]() ![]() |
#3: Protein | Mass: 33529.695 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: espG5, Rv1794, LH57_09810 / Production host: ![]() ![]() |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.04 Å3/Da / Density % sol: 59.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 200 mM Sodium Chloride, 100 mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 26, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.69 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→29.6 Å / Num. obs: 17933 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 6.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4W4L Resolution: 2.9→29.599 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: NONE / σ(F): 1.36 / Phase error: 28 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→29.599 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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