PDB-3mx2: Lassa fever virus Nucleoprotein complexed with dTTP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mx2

タイトル

Lassa fever virus Nucleoprotein complexed with dTTP

要素

Nucleoprotein

核タンパク質

キーワード

NUCLEAR PROTEIN /

Nucleoprotein (核タンパク質) /

Lassa fever virus /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Scottish Structural Proteomics Facility / SSPF

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / 3'-5' exonuclease activity /

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm /

ribonucleoprotein complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Lassa virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.983 Å

データ登録者

Qi, X. / Lan, S. / Wang, W. / Schelde, L.M. / Dong, H. / Wallat, G. / Liang, Y. / Ly, H. / Dong, C. / Scottish Structural Proteomics Facility (SSPF)

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Cap binding and immune evasion revealed by Lassa nucleoprotein structure.
著者: Qi, X. / Lan, S. / Wang, W. / Schelde, L.M. / Dong, H. / Wallat, G.D. / Ly, H. / Liang, Y. / Dong, C.

履歴

登録	2010年5月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月10日	Group: Refinement description
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mx2.cif.gz	620.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mx2.ent.gz	507.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mx2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/3mx2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/3mx2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mwpSC 3mwtC 3mx5C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3mwt-d 3mx5-d 3mwp-d 3r3l-d 4qk0-d 6m23-d 4fff-d 6m1y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleoprotein

B: Nucleoprotein

C: Nucleoprotein

ヘテロ分子

194 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Nucleoprotein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
64.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Nucleoprotein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
64.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

C: Nucleoprotein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
64.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	176.147, 176.147, 56.474
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	143
Space group name H-M	P3

詳細

Three monomers in an asymmetry unit.

#1: タンパク質	Nucleoprotein / 核タンパク質 / Nucleocapsid protein / Protein N 分子量: 63965.145 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lassa virus (ウイルス) / 株: Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976 / 遺伝子: N, Nucleoprotein / プラスミド: pLou3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rossetta / 参照: UniProt: P13699
#2: 化合物	ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP / チミジン三リン酸分子量: 482.168 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₂O₁₄P₃
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M Lithium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	77	1
2	77	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Diamond	I02	1	0.978
シンクロトロン	Diamond	I03	2	0.978

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2009年1月23日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2009年1月23日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

波長: 0.978 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.606
1	1	K, H, -L	2	0.394

反射

解像度: 1.98→152.548 Å / Num. all: 134689 / Num. obs: 134680 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2.6 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.074 / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 11.9

反射シェル

解像度: 1.98→2.09 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / R_sym value: 0.53 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3MWP

3mwp

解像度: 1.983→152.548 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 14.444 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.028 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20806	6852	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18039	-	-	-
obs	0.1818	127846	99.1 %	-
all	-	134660	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.686 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.91 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	-9.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.983→152.548 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12073	0	90	475	12638

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	12333
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.587	1.989	16668
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.118	5	1531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.329	24.745	529
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.871	15	2313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.329	15	82
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	1943
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	8973
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.583	1.5	7681
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.486	2	12394
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.28	3	4704
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.137	4.5	4347
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.983→2.034 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	432	-
R_work	0.196	8623	-
obs	-	-	89.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.223	0.1281	-0.1524	0.2268	-0.0414	0.135	0.0483	-0.0531	0.009	0.0023	-0.051	0.0068	0.0279	0.0475	0.0027	0.3329	-0.0375	-0.0029	0.381	0.019	0.1129	-60.672	-62.894	4.687
2	0.2018	0.0586	-0.0709	0.0803	-0.0811	0.0843	-0.0299	0.0118	-0.0067	0.0194	0.0231	-0.0218	-0.0046	-0.0179	0.0068	0.3231	0.0051	0.012	0.274	-0.0073	0.2224	-4.095	-29.212	-22.431
3	0.1597	0.0933	-0.0027	0.0988	0.0518	0.1021	-0.0171	0.0011	0.0146	-0.0086	0.0526	-0.0119	0.0083	-0.0246	-0.0355	0.3254	0.0065	0.0099	0.2634	0.0163	0.2288	-12.256	-74.67	17.429
4	0.0704	0.021	0.0096	0.0212	0.0144	0.025	0.0011	0.0065	-0.0052	0.0044	0.0128	-0.0018	0.004	-0.0259	-0.014	0.2817	0.0045	0.0152	0.2424	-0.0034	0.1978	-19.45	-53.184	-2.586
5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.2354	0	0	0.2354	0	0.2354	0	0	0
6	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.2354	0	0	0.2354	0	0.2354	0	0	0
7	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.2354	0	0	0.2354	0	0.2354	0	0	0
8	111.6642	-19.7584	-76.8125	13.2176	-7.9057	100.417	0.3381	-1.7391	-4.9603	-0.2339	-0.3539	2.4277	0.1144	2.8647	0.0158	0.1962	-0.212	-0.0623	0.6216	-0.0133	0.4696	-55.897	-52.943	1.86
9	2.9652	2.2373	-12.7183	2.1172	-11.0753	66.5144	0.4484	0.0678	0.3506	-0.0438	0.5737	0.4705	0.2535	0.1132	-1.0222	0.5056	-0.1658	-0.0257	1.237	0.6141	0.3811	-15.099	-27.973	-20.031
10	12.3981	1.5303	16.4582	99.0857	67.0338	64.5894	-0.3302	-0.0306	-0.7993	-1.6524	-0.4061	2.6976	-1.5435	-0.279	0.7363	0.4701	-0.0432	-0.0069	0.1085	0.0063	0.2537	-2.657	-69.939	20.481
11	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.2354	0	0	0.2354	0	0.2354	0	0	0
12	0.0169	0.0016	0.0073	0.0045	-0.008	0.0595	-0.008	0.0185	-0.0068	0.0007	0.0176	-0.0106	0.0103	-0.0362	-0.0096	0.2848	0.0042	0.013	0.2708	0.0013	0.1983	-22.845	-53.767	-2.697
13	0.0059	0.0007	0.0133	0.022	0.0023	0.0564	-0.0149	-0.01	-0.001	-0.0248	-0.0114	0.0038	0.0053	-0.0177	0.0264	0.279	-0.0114	0.0167	0.2847	0.0167	0.2301	-19.866	-54.062	-2.719
14	0.0648	0.0271	-0.0244	0.0906	0.0463	0.0629	0.0195	0.0003	0.0079	0.0455	0.0052	-0.0096	-0.0049	-0.0223	-0.0247	0.2543	-0.0178	-0.0008	0.3447	0.0422	0.1505	-16.166	-52.053	-1.196
15	0.1245	-0.0448	0.034	0.0209	-0.0093	0.0211	0.0105	-0.0143	-0.0092	0.0004	0.0257	-0.0076	-0.0118	-0.0242	-0.0362	0.3168	0.0266	0.0754	0.347	0.0301	0.238	-35.381	-54.982	3.52
16	0.1479	0.1667	-0.0777	0.6925	-0.132	0.1996	0.0423	0.0542	-0.0608	0.0714	-0.0543	0.0144	-0.0377	-0.0697	0.0119	0.2447	0.003	-0.0466	0.3135	0.0099	0.196	-24.686	-54.967	-4.335
17	0.2433	0.0356	0.0119	0.2096	-0.0556	0.0495	-0.1392	0.1206	-0.0929	0.0085	0.0942	-0.0356	0.0053	-0.0252	0.045	0.3223	0.0159	0.0929	0.2972	-0.054	0.2266	-18.001	-49.04	-1.971
18	0.0104	-0.0015	0.0091	0.0067	0.0176	0.0775	0.0092	-0.0335	-0.0103	0.0004	0.0058	0.0003	-0.03	-0.0201	-0.0151	0.2935	-0.0312	-0.0076	0.2557	0.043	0.2325	-28.992	-64.787	-2.375

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 561
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	8 - 561
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	8 - 561
4	X-RAY DIFFRACTION	4	Z	1 - 413
5	X-RAY DIFFRACTION	5	D	680 - 690
6	X-RAY DIFFRACTION	6	E	680 - 690
7	X-RAY DIFFRACTION	7	F	680 - 690
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	562 - 800
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	562 - 800
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	562 - 800
11	X-RAY DIFFRACTION	11	Z	1 - 326
12	X-RAY DIFFRACTION	12	W	2 - 1096
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	5 - 882
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	51 - 853
15	X-RAY DIFFRACTION	15	F	3 - 819
16	X-RAY DIFFRACTION	16	G	1 - 838
17	X-RAY DIFFRACTION	17	H	1 - 866
18	X-RAY DIFFRACTION	18	I	1 - 3

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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