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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mrx | ||||||
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タイトル | Glycogen phosphorylase complexed with 4-methoxybenzaldehyde-4-(2,3,4,6-tetra-O-acetyl-beta-D-glucopyranosyl)-thiosemicarbazone | ||||||
要素 | Glycogen phosphorylase, muscle formグリコーゲンホスホリラーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Glycogenolysis (グリコーゲンの分解) / type 2 diabetes (2型糖尿病) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 グリコーゲンホスホリラーゼ / glycogen phosphorylase activity / linear malto-oligosaccharide phosphorylase activity / SHG alpha-glucan phosphorylase activity / glycogen catabolic process / skeletal muscle myofibril / pyridoxal phosphate binding / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Alexacou, K.-M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2010 タイトル: The binding of beta-D-glucopyranosyl-thiosemicarbazone derivatives to glycogen phosphorylase: a new class of inhibitors 著者: Alexacou, K.M. / Tenchiu Deleanu, A.C. / Chrysina, E.D. / Charavgi, M.D. / Kostas, I.D. / Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G. / Leonidas, D.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mrx.cif.gz | 184.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mrx.ent.gz | 144 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mrx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/3mrx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/3mrx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3mqfC 3mrtC 3mrvC 3ms2C 3ms4C 3ms7C 3mscC 3mt7C 3mt8C 3mt9C 3mtaC 3mtbC 3mtdC 3nc4C 2prjS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 97519.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Muscle / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) 参照: UniProt: P00489, グリコーゲンホスホリラーゼ | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.77 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: small tubes / pH: 6.7 詳細: 20 mg/ml of protein in a buffer solution containing 10 mM BES pH 6.7, 1 mM EDTA and 3 mM DTT. 6.7mM inhibitor in 20% DMSO soaked with native crystals for 3 hrs, SMALL TUBES, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.04498 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月19日 |
放射 | モノクロメーター: Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.04498 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→35.58 Å / Num. all: 69032 / Num. obs: 69032 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 18.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.366 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 97.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 2PRJ 解像度: 1.95→31.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 3.268 / SU ML: 0.094 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.839 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→31.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
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