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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mo6 | ||||||
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タイトル | Investigation of global and local effects of radiation damage on porcine pancreatic elastase. Sixth stage of radiation damage | ||||||
要素 | Chymotrypsin-like elastase family member 1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / radiation damage / disulfide bridge (ジスルフィド) / atomic resolution | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å | ||||||
データ登録者 | Petrova, T. / Ginell, S. / Kim, Y. / Joachimiak, G. / Joachimiak, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010 タイトル: X-ray-induced deterioration of disulfide bridges at atomic resolution. 著者: Petrova, T. / Ginell, S. / Mitschler, A. / Kim, Y. / Lunin, V.Y. / Joachimiak, G. / Cousido-Siah, A. / Hazemann, I. / Podjarny, A. / Lazarski, K. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mo6.cif.gz | 78.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mo6.ent.gz | 56.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mo6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/3mo6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/3mo6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3mnbC 3mncC 3mnsC 3mnxC 3mo3C 3mo9C 3mocC 3mtyC 3mu0C 3mu1C 3mu4C 3mu5C 3mu8C 3oddC 3odfC 1gvkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25928.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.19 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: The initial concentration of the protein was 10 mg/ml in water. The reservoir contained 25 mM Na2SO4. The cryo-solution contained 25 mM Na2SO4 and 25% glycerol, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: The initial concentration of the protein was 10 mg/ml in water. The reservoir contained 25 mM Na2SO4. The cryo-solution contained 25 mM Na2SO4 and 25% glycerol, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月26日 詳細: 1.02-M FLAT MIRROR MADE OF ZERODUR PROVIDING VERTICAL FOCUSING AND REJECTION OF HARMONIC CONTAMINATION |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR UTILIZING A SI-111 AND SAGITAL HORIZONTAL FOCUSING プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.66→50 Å / Num. obs: 26420 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 25.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.66→1.69 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 2.21 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1GVK 解像度: 1.66→9.868 Å / SU ML: 0.21 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 18.85 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 69.403 Å2 / ksol: 0.208 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.21 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.66→9.868 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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