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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mef | |||||||||
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タイトル | MAJOR COLD-SHOCK PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI SOLUTION NMR STRUCTURE | |||||||||
要素 | PROTEIN (COLD-SHOCK PROTEIN A) | |||||||||
キーワード | GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / COLD-SHOCK PROTEIN / TRANSCRIPTION REGULATION / SINGLE-STRANDED RNA/DNA BINDING / OB FOLD / GREEK-KEY TOPOLOGY / RNA CHAPERONE / AROMATIC-BASE STACKING INTERACTIONS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of termination of DNA-templated transcription / transcription antitermination factor activity, RNA binding / response to cold / single-stranded DNA binding / 遺伝子発現の調節 / nucleic acid binding / single-stranded RNA binding / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 溶液NMR / CONSTRAINT-VIOLATION MINIMIZATION IN DIHEDRAL ANGLE SPACE | |||||||||
データ登録者 | Feng, W. / Tejero, R. / Montelione, G.T. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Solution NMR structure and backbone dynamics of the major cold-shock protein (CspA) from Escherichia coli: evidence for conformational dynamics in the single-stranded RNA-binding site. 著者: Feng, W. / Tejero, R. / Zimmerman, D.E. / Inouye, M. / Montelione, G.T. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994 タイトル: Solution NMR Structure of the Major Cold Shock Protein (CspA) from Escherichia Coli: Identification of a Binding Epitope for DNA 著者: Newkirk, K. / Feng, W. / Jiang, W. / Tejero, R. / Emerson, S.D. / Inouye, M. / Montelione, G.T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mef.cif.gz | 318.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mef.ent.gz | 263 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mef.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/3mef ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/3mef | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7280.057 Da / 分子数: 1 / 断片: FULL LENGTH PROTEIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / 解説: PCR-GENERATED GENE / 遺伝子: U60035 / プラスミド: PET11-CSPA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): U60035 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A9X9 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: THE STRUCTURES WERE DETERMINED USING DOUBLE- AND TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY METHODS ON UNENRICHED, 15N-ENRICHED, AND 13C,15N-ENRICHED CSPA FROM E.COLI - |
-試料調製
試料状態 | イオン強度: 50 MILLIMOLAR SODIUM PHOSPHATE / pH: 6.0 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K |
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結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian UNITY 500 / 製造業者: Varian / モデル: UNITY 500 / 磁場強度: 500 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: CONSTRAINT-VIOLATION MINIMIZATION IN DIHEDRAL ANGLE SPACE ソフトェア番号: 1 詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION | |||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: LOWEST VALUE OF TARGET FUNCTION 計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 16 |