PDB-3mdr: Tranylcypromine complex of Cytochrome P450 46A1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mdr

タイトル

Tranylcypromine complex of Cytochrome P450 46A1

要素

Cholesterol 24-hydroxylase

コレステロール-24-ヒドロキシラーゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

CYP46A1 (コレステロール-24-ヒドロキシラーゼ) / P450 46A1 /

P450 (シトクロムP450) /

TRANYLCYPROMINE /

MONOOXYGENASE / METABOLIC ENZYME /

HEME (ヘム) / Cholesterol metabolism /

Endoplasmic reticulum (小胞体) /

Iron (鉄) /

Lipid metabolism (脂質代謝) /

Membrane (生体膜) / Metal-binding /

Microsome /

NADP (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) /

Steroid metabolism (ステロイド) /

Transmembrane (膜貫通型タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

コレステロール-24-ヒドロキシラーゼ /

cholesterol 24-hydroxylase activity / protein localization to membrane raft / testosterone 16-beta-hydroxylase activity / bile acid biosynthetic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / progesterone metabolic process / sterol metabolic process /

steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Mast, N. / Charvet, C. / Pikuleva, I. / Stout, C.D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural basis of drug binding to CYP46A1, an enzyme that controls cholesterol turnover in the brain.
著者: Mast, N. / Charvet, C. / Pikuleva, I.A. / Stout, C.D.

履歴

登録	2010年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mdr.cif.gz	192.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mdr.ent.gz	151.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mdr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/3mdr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/3mdr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mdmC 3mdtC 3mdvC 2q9fS 2q9g S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3mdt-2 6j87-1 5fyf-2 4fia-d 2q9g-d 3buj-d 6t0g-d 3mdv-2 3mdt-1 3l3m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cholesterol 24-hydroxylase

B: Cholesterol 24-hydroxylase

ヘテロ分子

106 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cholesterol 24-hydroxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cholesterol 24-hydroxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.190, 121.190, 143.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	B	58 - 489
2	1	1	2	A	58 - 489
1	2	1	2	B	500 - 502
2	2	1	2	A	500 - 502

#1: タンパク質	Cholesterol 24-hydroxylase / コレステロール-24-ヒドロキシラーゼ / CH24H / Cytochrome P450 46A1 分子量: 52125.086 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 51-500 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP46, CYP46A1 / プラスミド: PUC18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5ALPHA / 参照: UniProt: Q9Y6A2, EC: 1.14.13.98
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-GJZ / (1R,2S)-2-phenylcyclopropanamine / (-)-トラニルシプロミン / Tranylcypromine 分子量: 133.190 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁N / コメント: 阻害剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.19 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 12% PEG 8000, 20% glycerol, 50 mM KPi, 0.1 M trimethylamine N-oxide, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月10日 / 詳細: Rh coated flat mirror

放射

モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal, asymmetric cut 4.9650 deg
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.532
1	1	-H, K, -L	2	0.468

反射

解像度: 2→92.72 Å / Num. all: 68703 / Num. obs: 68703 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 37.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.068 / R_sym value: 0.068 / Net I/σ(I): 6.7

反射シェル

解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. measured all: 32223 / Num. unique all: 9957 / R_sym value: 0.532 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0072	精密化
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
SCALA	3.2.25	data processing

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Q9F

2q9f

解像度: 2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 4.558 / SU ML: 0.12 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES:REFINED INDIVIDUALLY TWO TWIN DOMAINS: H,K,L TWIN FRACTION 0.532 -H,K,-L TWIN FRACTION 0.468

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.244	3356	5.2 %	RANDOM
R_work	0.225	-	-	-
all	0.226	68703	-	-
obs	0.226	61785	93.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.15 Å² / B_iso mean: 37.984 Å² / B_iso min: 14.04 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.88 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6876	0	106	340	7322

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.264

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1699	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1782	MEDIUM POSITIONAL	0.08	0.5
1699	TIGHT THERMAL	0.24	0.5
1782	MEDIUM THERMAL	0.36	2

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	113	-
R_work	0.266	2010	-
all	-	2123	-
obs	-	2010	41.46 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)