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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3m54 | ||||||
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タイトル | SET7/9 Y305F in complex with TAF10 peptide and AdoHcy | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / TERNARY COMPLEX / SET DOMAIN (定義域 (データベース)) / METHYLTRANSFERASE (メチルトランスフェラーゼ) / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE (S-アデノシル-L-ホモシステイン) / TAF10 PEPTIDE / Chromatin regulator / Chromosomal protein (染色体) / Nucleus (Nucleus) / S-adenosyl-L-methionine (S-アデノシルメチオニン) / Transcription (転写 (生物学)) / Transcription regulation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 heterochromatin organization / SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / allantois development / peptidyl-lysine monomethylation / peptidyl-lysine dimethylation / transcription factor TFTC complex / [histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / hepatocyte differentiation ...heterochromatin organization / SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / allantois development / peptidyl-lysine monomethylation / peptidyl-lysine dimethylation / transcription factor TFTC complex / [histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / hepatocyte differentiation / protein-lysine N-methyltransferase activity / SAGA complex / RNA polymerase binding / limb development / histone H3 methyltransferase activity / 転写開始前複合体 / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / histone methyltransferase activity / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / regulation of RNA splicing / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / embryonic placenta development / regulation of DNA repair / somitogenesis / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / male germ cell nucleus / promoter-specific chromatin binding / nuclear estrogen receptor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-templated transcription initiation / G1/S transition of mitotic cell cycle / multicellular organism growth / mRNA transcription by RNA polymerase II / PKMTs methylate histone lysines / p53 binding / 染色体 / chromatin organization / HATs acetylate histones / response to ethanol / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription by RNA polymerase II / Ub-specific processing proteases / クロマチンリモデリング / apoptotic process / DNA damage response / chromatin binding / 核小体 / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / DNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Del Rizzo, P.A. / Couture, J.-F. / Roiko, M.S. / Strunk, B.S. / Brunzelle, J.S. / Dirk, L.M. / Houtz, R.L. / Trievel, R.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010 タイトル: SET7/9 catalytic mutants reveal the role of active site water molecules in lysine multiple methylation. 著者: Del Rizzo, P.A. / Couture, J.F. / Dirk, L.M. / Strunk, B.S. / Roiko, M.S. / Brunzelle, J.S. / Houtz, R.L. / Trievel, R.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3m54.cif.gz | 73.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3m54.ent.gz | 52.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3m54.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/3m54 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/3m54 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29027.334 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 110-366 / 変異: Y305F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: 9606 / 遺伝子: KIAA1717, KMT7, SET7, SET9, SETD7 / プラスミド: pHIS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Rosetta2 参照: UniProt: Q8WTS6, ヒストンメチルトランスフェラーゼ |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1255.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12962*PLUS |
#3: 化合物 | ChemComp-SAH / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.67 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 1.2 M Sodium Citrate, 0.1 M Imidazole pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月17日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 51912 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 12.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2F69 解像度: 1.6→29.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / WRfactor Rfree: 0.241 / WRfactor Rwork: 0.219 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.854 / SU B: 1.388 / SU ML: 0.05 / SU R Cruickshank DPI: 0.078 / SU Rfree: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 66.77 Å2 / Biso mean: 26.34 Å2 / Biso min: 9.8 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
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