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万見
- PDB-3lo2: Crystal structure of human alpha-defensin 1 (Y21A mutant) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lo2
タイトルCrystal structure of human alpha-defensin 1 (Y21A mutant)
要素Neutrophil defensin 1
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / ANTIMICROBIAL PEPTIDE (抗微生物ペプチド) / HUMAN ALPHA DEFENSIN 1 / HUMAN NEUTROPHIL PEPTIDE 1 / HNP1 / ANTIBIOTIC (抗生物質) / ANTIMICROBIAL / Antiviral defense / Defensin (ディフェンシン) / Disulfide bond (ジスルフィド) / Fungicide (殺菌剤 (農薬その他)) / Phosphoprotein / Secreted (分泌)
機能・相同性
機能・相同性情報


pore-forming activity / ディフェンシン / disruption of plasma membrane integrity in another organism / killing by host of symbiont cells / T cell chemotaxis / Alpha-defensins / defense response to protozoan / intracellular estrogen receptor signaling pathway / defense response to fungus / innate immune response in mucosa ...pore-forming activity / ディフェンシン / disruption of plasma membrane integrity in another organism / killing by host of symbiont cells / T cell chemotaxis / Alpha-defensins / defense response to protozoan / intracellular estrogen receptor signaling pathway / defense response to fungus / innate immune response in mucosa / Golgi lumen / 走化性 / azurophil granule lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / collagen-containing extracellular matrix / defense response to virus / killing of cells of another organism / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / 免疫応答 / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Mammalian defensins signature. / Alpha-defensin, C-terminal / Mammalian defensin / Defensin propeptide / Alpha-defensin propeptide / Alpha-defensin / Defensin propeptide / Beta/alpha-defensin, C-terminal / Defensin/corticostatin family
類似検索 - ドメイン・相同性
トリフルオロ酢酸 / Neutrophil defensin 1
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Pazgier, M. / Lu, W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Trp-26 imparts functional versatility to human alpha-defensin HNP1.
著者: Wei, G. / Pazgier, M. / de Leeuw, E. / Rajabi, M. / Li, J. / Zou, G. / Jung, G. / Yuan, W. / Lu, W.Y. / Lehrer, R.I. / Lu, W.
履歴
登録2010年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutrophil defensin 1
B: Neutrophil defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1666
ポリマ－6,7202
非ポリマー4464
水1,31573
1
A: Neutrophil defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7104
ポリマ－3,3601
非ポリマー3503
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Neutrophil defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4562
ポリマ－3,3601
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area4320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.675, 29.882, 41.552
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-72-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 30 / Label seq-ID: 1 - 30

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細biological unit is half of asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Neutrophil defensin 1 / HNP-1 / HP-1 / HP1 / Defensin / alpha 1 / HP 1-56 / Neutrophil defensin 2 / HNP-2 / HP-2 / HP2


分子量: 3360.015 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 65-94 / 変異: Y21A / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Protein is naturally found in HUMAN / 参照: UniProt: P59665
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-TFA / trifluoroacetic acid / トリフルオロ酢酸 / トリフルオロ酢酸


分子量: 114.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2HF3O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 30% PEG 8,000; 0.2 M ammonium sulfate, pH pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
PH範囲: pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.1 % / 数: 23252 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Χ2: 1.2 / D res high: 1.56 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 7547 / % possible obs: 92
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.235087.110.1351.2813
3.364.2390.710.1211.0893.2
2.943.3692.610.11.0083.1
2.672.9492.110.0911.4413.2
2.482.6793.110.0791.1333.1
2.332.4893.210.0691.1013.3
2.212.3394.510.0711.1143.1
2.122.2192.210.0731.1273.1
2.042.1293.410.0761.1193.2
1.972.0494.410.0681.0553.1
1.91.9793.410.0681.0443.1
1.851.992.810.0691.2183
1.81.859310.0741.3673
1.761.893.110.0771.2583.1
1.721.7693.510.0761.1373
1.681.729510.0841.2443
1.651.6891.510.0791.3683
1.621.6593.810.0851.2683
1.591.6290.810.0921.4523.1
1.561.5980.310.1061.2532.9
反射解像度: 1.56→41.552 Å / Num. all: 8139 / Num. obs: 7534 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rsym value: 0.157 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.56→1.59 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.11 / % possible all: 80.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0070精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GNY

3gny


解像度: 1.56→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.754 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19966 341 4.5 %RANDOM
Rwork0.17334 ---
obs0.17458 7190 92.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.388 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数462 0 28 73 563
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.022501
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.671.987681
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.695558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.8741820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.8171570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.709158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021370
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8791.5298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3712468
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4313203
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8884.5213
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 231 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
loose positional0.545
loose thermal1.8810
LS精密化 シェル解像度: 1.562→1.602 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 27 -
Rwork0.177 500 -
obs--90.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.12830.7280.3850.6251-0.10690.45090.0062-0.11160.0338-0.0004-0.010.06320.0102-0.03990.00380.04390.00240.00460.080.00020.107310.1888-1.1121-6.0054
21.1682-1.20360.14165.05980.42421.38980.02150.0972-0.0006-0.1363-0.0270.1311-0.0632-0.03740.00550.06490.0047-0.00510.07010.00110.084713.73628.3376-14.1346
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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