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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lly | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of Maclura pomifera agglutinin | ||||||
要素 |
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キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / Maclura pomifera agglutinin / MPA / Lectin (レクチン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Maclura pomifera (植物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Huang, J. / Xu, Z. / Wang, D. / Ogato, C. / Hirama, T. / Palczewski, K. / Hazen, S.L. / Lee, X. / Young, N.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Glycobiology / 年: 2010 タイトル: Characterization of the secondary binding sites of Maclura pomifera agglutinin by glycan array and crystallographic analyses. 著者: Huang, J. / Xu, Z. / Wang, D. / Ogata, C.M. / Palczewski, K. / Lee, X. / Young, N.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lly.cif.gz | 42.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3lly.ent.gz | 29.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lly.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/3lly ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/3lly | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14768.595 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: from the seeds of the Moraceae plant family / 由来: (天然) Maclura pomifera (植物) / 参照: UniProt: P18674 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1672.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: from the seeds of the Moraceae plant family / 由来: (天然) Maclura pomifera (植物) / 参照: UniProt: P18676 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.78 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.5M of lithium sulfate, 12% PEG 8000, 1% octyl-beta-D-glucopyranoside, 0.1M Hepes, pH 7.0 in the reservoir solution. The sitting drop is made by protein (28mg/mL) and equal volumn of ...詳細: 0.5M of lithium sulfate, 12% PEG 8000, 1% octyl-beta-D-glucopyranoside, 0.1M Hepes, pH 7.0 in the reservoir solution. The sitting drop is made by protein (28mg/mL) and equal volumn of reservoir solution., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月30日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator with a sagittally focused second crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→30 Å / Num. all: 8637 / Num. obs: 7981 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 37.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 35.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.159 / Mean I/σ(I) obs: 14.6 / Num. unique all: 837 / % possible all: 95.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1JOT 解像度: 2.25→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 111.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 56.86 Å2 / Biso mean: 26.439 Å2 / Biso min: 9.22 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å
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Xplor file |
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