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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ld7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Lin0431 protein from Listeria innocua, Northeast Structural Genomics Consortium Target LkR112 | ||||||
要素 | Lin0431 protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Lin0431 / DUF1312 / PF07009 / LkR112 / NESG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium | ||||||
機能・相同性 | N-utilization substance G protein NusG, insert domain / NusG, domain 2 / NusG, domain 2 superfamily / NusG domain II / mini-chromosome maintenance (MCM) complex, domain 2 / Sandwich / Mainly Beta / Lin0431 protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Listeria innocua (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.547 Å | ||||||
データ登録者 | Vorobiev, S. / Chen, Y. / Lee, D. / Patel, D.J. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. ...Vorobiev, S. / Chen, Y. / Lee, D. / Patel, D.J. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of the Lin0431 protein from Listeria innocua 著者: Vorobiev, S. / Chen, Y. / Lee, D. / Patel, D.J. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ld7.cif.gz | 115.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ld7.ent.gz | 95.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ld7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3ld7_validation.pdf.gz | 444.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3ld7_full_validation.pdf.gz | 447.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3ld7_validation.xml.gz | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3ld7_validation.cif.gz | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/3ld7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/3ld7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | monomer according to gel filtration |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11537.740 Da / 分子数: 3 / 断片: sequence database residues 36-127 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Listeria innocua (バクテリア) / 株: CLIP 11262/Serovar 6a / 遺伝子: lin0431 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) +Magic / 参照: UniProt: Q92EM7 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.41 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: microbatch under paraffin oil / pH: 8.2 詳細: 0.072M sodium phosphate monobasic, 1.728M potassium phosphate dibasic, pH 8.2, microbatch under paraffin oil, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97814 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97814 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 84850 / Num. obs: 84087 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 19.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 34.3 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.55 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 8496 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.547→31.547 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 17.02 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.156 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.547→31.547 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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