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- PDB-3l8h: Crystal Structure of D,D-heptose 1.7-bisphosphate phosphatase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l8h
タイトルCrystal Structure of D,D-heptose 1.7-bisphosphate phosphatase from B. bronchiseptica complexed with magnesium and phosphate
要素Putative haloacid dehalogenase-like hydrolase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / HAD superfamily / GMHB / D-glycero-D-manno-heptose-1 / 7-bisphosphate phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase activity / D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase / ADP-L-glycero-beta-D-manno-heptose biosynthetic process / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / magnesium ion binding / zinc ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase / Histidinol-phosphate phosphatase / HAD-superfamily hydrolase,subfamily IIIA / HAD-hyrolase-like / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ギ酸 / beta-D-threo-hexo-2,4-diulo-2,5-furanose / リン酸塩 / サルコシン / D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Nguyen, H. / Peisach, E. / Allen, K.N.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structural Determinants of Substrate Recognition in the HAD Superfamily Member d-glycero-d-manno-Heptose-1,7-bisphosphate Phosphatase (GmhB) .
著者: Nguyen, H.H. / Wang, L. / Huang, H. / Peisach, E. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.
履歴
登録2009年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年10月5日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_conn_angle ...chem_comp / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id ..._chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative haloacid dehalogenase-like hydrolase
B: Putative haloacid dehalogenase-like hydrolase
C: Putative haloacid dehalogenase-like hydrolase
D: Putative haloacid dehalogenase-like hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,37022
ポリマ－77,1534
非ポリマー1,21718
水12,538696
1
A: Putative haloacid dehalogenase-like hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5436
ポリマ－19,2881
非ポリマー2555
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative haloacid dehalogenase-like hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5685
ポリマ－19,2881
非ポリマー2804
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Putative haloacid dehalogenase-like hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6515
ポリマ－19,2881
非ポリマー3634
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Putative haloacid dehalogenase-like hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6086
ポリマ－19,2881
非ポリマー3205
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.072, 58.389, 85.724
Angle α, β, γ (deg.)90.48, 97.54, 92.02
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 ABCD

#1: タンパク質
Putative haloacid dehalogenase-like hydrolase


分子量: 19288.178 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
遺伝子: BB4091, GMHB / プラスミド: pET3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B-834 / 参照: UniProt: Q7WG29
#6: 糖 ChemComp-FX1 / beta-D-threo-hexo-2,4-diulo-2,5-furanose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 178.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O6

-
非ポリマー , 6種, 713分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#7: 化合物 ChemComp-SAR / SARCOSINE / サルコシン / サルコシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 696 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Tris, 5mM Mg formate, 25% PEG 3350, 5% dioxane, 100mM sacrosine, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月9日
放射モノクロメーター: Si (1,1,1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→50 Å / Num. obs: 147263 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.68-1.742.40.253177.3
1.74-1.812.90.224189.9
1.81-1.893.30.186195.3
1.89-1.993.60.146196.3
1.99-2.123.70.114197
2.12-2.283.80.089197.3
2.28-2.513.80.073197.8
2.51-2.873.80.061198.2
2.87-3.623.80.047198.5
3.62-503.80.037199

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.68→29.174 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.22 / SU ML: 0.19 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1996 14317 9.72 %
Rwork0.1716 --
obs0.1743 147262 87.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.705 Å2 / ksol: 0.399 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.023 Å2-1.493 Å24.002 Å2
2---1.13 Å21.029 Å2
3---2.153 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→29.174 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5328 0 58 696 6082
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085457
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1277419
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4071980
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07843
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005989
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.68-1.69680.24552070.21032482X-RAY DIFFRACTION49
1.6968-1.71680.21753030.20922896X-RAY DIFFRACTION56
1.7168-1.73770.24983120.21293160X-RAY DIFFRACTION63
1.7377-1.75970.22283650.19573490X-RAY DIFFRACTION69
1.7597-1.78280.22833840.19193709X-RAY DIFFRACTION74
1.7828-1.80730.22874150.1944038X-RAY DIFFRACTION78
1.8073-1.83310.19243760.19184134X-RAY DIFFRACTION83
1.8331-1.86040.21414780.18824359X-RAY DIFFRACTION87
1.8604-1.88950.22714540.17734424X-RAY DIFFRACTION86
1.8895-1.92050.21994960.18154439X-RAY DIFFRACTION89
1.9205-1.95360.19414830.17474503X-RAY DIFFRACTION89
1.9536-1.98910.20765460.16714574X-RAY DIFFRACTION92
1.9891-2.02730.20344590.17064772X-RAY DIFFRACTION93
2.0273-2.06870.19575280.17124574X-RAY DIFFRACTION92
2.0687-2.11370.22845300.16494706X-RAY DIFFRACTION94
2.1137-2.16280.19944890.15134743X-RAY DIFFRACTION94
2.1628-2.21690.18945530.16414766X-RAY DIFFRACTION95
2.2169-2.27680.20225300.15974750X-RAY DIFFRACTION95
2.2768-2.34380.20095650.17184774X-RAY DIFFRACTION95
2.3438-2.41940.21845320.16474800X-RAY DIFFRACTION96
2.4194-2.50580.20375570.16794775X-RAY DIFFRACTION96
2.5058-2.60610.20485050.17184818X-RAY DIFFRACTION96
2.6061-2.72460.20925200.16914964X-RAY DIFFRACTION97
2.7246-2.86820.19025610.16624798X-RAY DIFFRACTION96
2.8682-3.04770.19445400.17534831X-RAY DIFFRACTION97
3.0477-3.28270.19015210.15964898X-RAY DIFFRACTION97
3.2827-3.61250.17375370.15044892X-RAY DIFFRACTION97
3.6125-4.1340.17525320.15014898X-RAY DIFFRACTION97
4.134-5.20360.18544910.15795024X-RAY DIFFRACTION99
5.2036-29.17820.19645480.19394955X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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