+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3l8f | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of D,D-heptose 1.7-bisphosphate phosphatase from E. Coli complexed with magnesium and phosphate | ||||||
要素 | D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / HAD superfamily / GMHB / D-glycero-D-manno-heptose-1 / 7-bisphosphate phosphatase / Carbohydrate metabolism (炭水化物代謝) / Cytoplasm (細胞質) / Lipopolysaccharide biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase activity / D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase / ADP-L-glycero-beta-D-manno-heptose biosynthetic process / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / magnesium ion binding / zinc ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å | ||||||
データ登録者 | Nguyen, H. / Peisach, E. / Allen, K.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010 タイトル: Structural Determinants of Substrate Recognition in the HAD Superfamily Member d-glycero-d-manno-Heptose-1,7-bisphosphate Phosphatase (GmhB) . 著者: Nguyen, H.H. / Wang, L. / Huang, H. / Peisach, E. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3l8f.cif.gz | 48.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3l8f.ent.gz | 37.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3l8f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/3l8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/3l8f | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21268.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0200, gmhB, JW0196, yaeD / プラスミド: pET3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B-834 参照: UniProt: P63228, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.44 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Tris, 5mM MgCl2, 25% PEG 3350, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月16日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 29102 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 12.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.79→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | Bsol: 62.345 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 79.24 Å2 / Biso mean: 32.033 Å2 / Biso min: 3.76 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.79→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|