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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3kzf | ||||||
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タイトル | Structure of Giardia Carbamate Kinase | ||||||
要素 | Carbamate kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Carbamate kinase / arginine dihydrolase pathway / Giardia lamblia / drug target / Kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Galkin, A. / Herzberg, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010 タイトル: X-ray structure and characterization of carbamate kinase from the human parasite Giardia lamblia. 著者: Galkin, A. / Kulakova, L. / Wu, R. / Nash, T.E. / Dunaway-Mariano, D. / Herzberg, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3kzf.cif.gz | 203.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3kzf.ent.gz | 166.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3kzf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3kzf_validation.pdf.gz | 487.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3kzf_full_validation.pdf.gz | 555.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3kzf_validation.xml.gz | 49.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3kzf_validation.cif.gz | 65.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/3kzf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/3kzf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1e19S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33975.219 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし) 株: WB / 遺伝子: CK, GL50803_16453 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star / 参照: UniProt: A8BB85, carbamate kinase #2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.6 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 20% PEG 3350 and 0.2 M ammonium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0 K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年10月13日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→20 Å / Num. all: 23098 / Num. obs: 20419 / % possible obs: 88.4 % / Rmerge(I) obs: 0.095 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.193 / % possible all: 87 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1e19 解像度: 3→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.611 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.071 Å / Total num. of bins used: 20
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