PDB-3kuu: Structure of the PurE Phosphoribosylaminoimidazole Carboxylase Ca...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kuu

タイトル

Structure of the PurE Phosphoribosylaminoimidazole Carboxylase Catalytic Subunit from Yersinia pestis

要素

Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit PurE

キーワード

LYASE (リアーゼ) / 3-layer (aba) sandwich /

Rossmann fold (ロスマンフォールド) / CSGID /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

5-(カルボキシアミノ)イミダゾールリボヌクレオチドムターゼ /

5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process /

lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.41 Å

データ登録者

Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Brunzelle, J.S. / Onopriyenko, O. / Kwon, K. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the PurE Phosphoribosylaminoimidazole Carboxylase Catalytic Subunit from Yersinia pestis
著者: Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Brunzelle, J.S. / Onopriyenko, O. / Kwon, K. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2009年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2011年12月14日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_special_symmetry ...database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kuu.cif.gz	156 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kuu.ent.gz	132.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kuu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/3kuu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/3kuu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3u66-d 6rwt-d 2nsl-d 5vhu-d 5zva-1 6r5m-d 2lsl-d 3mwh-d 4zo0-1 6mx2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP02536

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetDB: IDP02536

-
リンク

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登録構造単位

A: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit PurE

B: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit PurE

C: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit PurE

D: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit PurE

ヘテロ分子

74.3 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit PurE

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2

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3

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5

A: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit PurE

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A: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit PurE

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ヘテロ分子

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6

C: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit PurE

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ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	114.04, 114.04, 231.74
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-440- HOH
2	1	A-517- HOH
3	1	C-187- HOH
4	1	C-439- HOH
5	1	D-200- HOH
6	1	D-582- HOH
7	1	D-795- HOH

#1: タンパク質	Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit PurE / Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase / catalytic subunit 分子量: 18244.990 Da / 分子数: 4 / 変異: A75N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: purE, YPO3076, YP_0848, y1103 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL 参照: UniProt: Q7CJZ1, UniProt: A0A2S9PDM1*PLUS, ホスホリボシルアミノイミダゾールカルボキシラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 861 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.34 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.6M ammonium sulphate, 4% maltose, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	110	1
2	110	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	21-ID-D	1	1.127
シンクロトロン	APS	21-ID-D	2	0.9763

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
MARMOSAIC 300 mm CCD	1	CCD	2009年11月13日	bimorph KB mirrors
MARMOSAIC 300 mm CCD	2	CCD	2009年11月12日	bimorph KB mirrors

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si(111) double crystal	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si(111) double crystal	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.127	1
2	0.9763	1

反射

解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 147075 / Num. obs: 145751 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 1.7 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 11.8 % / R_merge(I) obs: 0.104 / Χ²: 0.981 / Net I/σ(I): 14.2

反射シェル

解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.518 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 13631 / Χ²: 0.96 / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
BLU-MAX		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.41→34.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.972 / WR_factor R_free: 0.176 / WR_factor R_work: 0.157 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.913 / SU B: 1.619 / SU ML: 0.029 / SU R Cruickshank DPI: 0.049 / SU R_free: 0.05 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 3 / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.167	7296	5 %	RANDOM
R_work	0.15	-	-	-
all	0.151	147010	-	-
obs	0.151	145702	99.11 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 139.47 Å² / B_iso mean: 12.154 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.41→34.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4837	0	70	861	5768

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	5199
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.631	1.967	7158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.361	5	728
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.17	24.466	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.082	15	801
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.262	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	844
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	3942
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.416	1.5	3396
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.233	2	5457
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.669	3	1803
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.727	4.5	1666

LS精密化シェル

解像度: 1.406→1.443 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.355	464	-
R_work	0.332	9438	-
all	-	9902	-
obs	-	9278	91.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.534	3.4528	1.3444	7.5271	-1.3789	4.3703	-0.1295	0.3022	-0.2201	-0.0109	0.1658	-0.3605	-0.2543	0.4198	-0.0362	0.1361	-0.0303	-0.0145	0.1681	-0.0006	0.2129	13.263	40.847	43.523
2	1.4017	-0.388	0.057	1.8347	-0.0474	0.632	0.0216	0.1731	0.0714	-0.1376	-0.027	-0.0212	-0.0129	0.0362	0.0054	0.0647	-0.0011	-0.0024	0.063	0.0165	0.0562	6.753	25.88	40.948
3	0.5099	-0.8617	-0.1009	4.1298	0.8506	0.8472	-0.0257	0.0164	0.0782	-0.035	-0.0177	-0.1018	-0.0242	0.0207	0.0434	0.0507	-0.0041	-0.0049	0.0517	0.0039	0.1037	20.281	26.293	50.838
4	0.589	-0.0924	0.052	0.466	-0.0956	0.292	-0.0077	0.0016	0.0369	-0.0068	0.0014	-0.0279	-0.0161	0.0089	0.0063	0.0326	-0.0016	-0.0033	0.0208	-0.0027	0.052	5.84	21.528	52.964
5	3.6072	3.8865	1.5394	4.2929	1.5967	0.7034	-0.1986	0.0869	0.1598	-0.2665	0.1795	0.2107	-0.054	-0.0328	0.0191	0.1211	-0.0274	-0.032	0.1285	0.0515	0.1392	-13.933	30.836	42.61
6	28.7369	-0.4428	-0.8859	14.3653	0.6317	11.3361	-0.3579	1.3249	-0.0104	-1.1689	0.2237	-0.2989	-0.2185	-0.0547	0.1342	0.3111	-0.0338	-0.0605	0.2311	0.0304	0.1462	-25.147	14.117	33.667
7	1.6224	-0.0106	-0.0076	1.5626	-0.0698	1.1653	0.0319	-0.2227	0.1082	0.1486	-0.0439	0.0862	-0.0461	-0.0583	0.012	0.0856	-0.0071	0.0149	0.082	-0.0417	0.0657	-7.791	25.056	70.896
8	2.24	0.9621	0.4414	0.7515	0.1325	0.464	0.0462	-0.1652	0.1603	0.1079	-0.0607	0.0871	-0.0407	-0.0314	0.0145	0.0878	-0.0062	0.0238	0.07	-0.0394	0.0844	-9.753	26.525	69.202
9	8.0725	0.839	1.8207	5.0214	2.7491	4.1268	0.0013	-0.2102	0.8113	-0.1988	-0.2007	0.2053	-0.1487	-0.1397	0.1994	0.0695	0.0068	0.0057	0.0418	-0.0414	0.218	-15.368	34.754	60.573
10	0.7089	0.2689	0.0522	0.4474	0.0971	0.2312	0.0099	-0.0333	0.0551	0.0539	-0.0192	0.0494	-0.0175	-0.0117	0.0093	0.0402	0.0011	0.0043	0.0221	-0.0098	0.0535	-4.406	21.808	60.218
11	1.975	-1.6776	-0.2111	4.6851	0.3901	1.2194	-0.0518	-0.0446	0.0563	0.3154	0.0929	-0.1539	0.0366	0.1301	-0.0412	0.0929	-0.0009	-0.0261	0.0665	-0.044	0.0885	13.467	32.735	69.311
12	2.3584	-4.9878	1.5197	18.7714	-6.7765	3.3063	-0.2499	-0.3094	0.0964	1.0491	0.1851	-0.2912	-0.2113	-0.0763	0.0647	0.2482	0.0292	-0.0943	0.1582	-0.0538	0.1069	24.521	17.173	76.942
13	10.442	10.4226	-7.0838	26.1141	-19.1839	49.6035	0.3139	-0.2145	-0.079	1.496	1.3335	1.207	-1.7763	-2.1795	-1.6474	0.3004	0.128	0.0829	0.3627	0.1231	0.2234	-9.899	45.715	41.223
14	1.6464	0.0599	0.8152	0.3211	-0.1705	1.5087	0.0883	0.0021	-0.1731	-0.0047	0.0444	0.0041	0.151	-0.0773	-0.1327	0.105	0.0096	-0.0187	0.0798	0.0161	0.0637	-7.034	42.052	25.256
15	2.2041	0.306	1.244	2.4415	2.1793	6.3161	-0.081	-0.1964	-0.077	0.0664	0.0776	0.08	0.0399	-0.1491	0.0034	0.0844	0.018	0.0257	0.1521	0.0485	0.0637	-19.397	51.585	28.454
16	0.5438	-0.0275	0.1575	0.4987	-0.1248	0.6515	-0.0049	0.0334	-0.0052	0.0432	0.05	0.0097	0.0282	-0.0502	-0.0451	0.061	0.0217	0.0026	0.0767	0.0096	0.0226	-5.15	53.404	21.641
17	2.7098	-0.7024	-2.7054	0.4609	0.5372	4.9266	-0.1224	0.0269	-0.1186	0.0219	-0.0307	-0.1423	0.2973	0.1775	0.1531	0.1263	0.0503	0.001	0.119	0.0155	0.1174	14.426	43.091	31.033
18	3.4233	-4.961	-9.5424	7.4762	11.9317	46.1519	-0.327	-0.1419	-0.1082	0.3764	0.3046	0.0692	2.3992	0.7471	0.0224	0.3384	0.1238	0.0025	0.2691	-0.0286	0.2776	25.285	35.193	14.08
19	1.3951	0.0625	0.3799	0.6886	0.0028	1.099	-0.0862	-0.0634	0.1207	0.0014	0.0251	0.0355	-0.1644	-0.1163	0.061	0.098	0.0448	-0.0112	0.138	0.0262	0.094	-27.174	72.116	6.592
20	5.8712	-0.1442	0.3565	3.1964	0.1553	1.8348	0.0425	-0.0639	0.1833	0.0158	0.0087	0.0094	-0.0301	-0.0736	-0.0512	0.0729	0.0343	0.0103	0.1321	0.0146	0.0513	-20.674	64.461	21.435
21	8.9636	0.3772	5.0378	3.3196	-0.2724	6.1599	-0.0848	-0.2631	-0.0798	0.2092	0.1147	0.1101	-0.0885	-0.4591	-0.0299	0.0662	0.029	0.0194	0.2142	0.0404	0.0713	-31.386	60.267	18.342
22	0.4656	-0.1991	0.2173	0.2329	0.0138	0.6308	-0.0401	-0.0406	0.0324	0.0077	0.0419	0.0433	-0.0254	-0.0806	-0.0018	0.0479	0.0127	0.0034	0.1213	0.0323	0.0519	-23.218	61.333	4.446
23	4.0237	1.622	-2.8469	1.7526	-1.0646	2.0206	0.1712	0.1953	0.2829	-0.0044	0.0321	0.0885	-0.1313	-0.1457	-0.2033	0.1648	0.0527	0.022	0.2224	0.0859	0.1652	-27.208	72.149	-17.153
24	48.5005	21.1236	-10.3302	17.2225	-7.6221	3.4165	0.4443	0.5893	3.5534	0.333	0.3262	1.5472	-0.1443	-0.1498	-0.7706	0.2989	0.044	0.0719	0.2291	0.1119	0.5035	-13.819	80.304	-25.044

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	15 - 47
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	48 - 66
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	67 - 146
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	147 - 168
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	169 - 173
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	11 - 28
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	29 - 58
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	59 - 66
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	67 - 146
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	147 - 162
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	163 - 173
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	7 - 14
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	15 - 50
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	51 - 66
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	67 - 146
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	147 - 167
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	168 - 173
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	10 - 48
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	49 - 56
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	57 - 64
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	65 - 152
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	153 - 168
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	169 - 173

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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