PDB-3kor: Crystal structure of a putative Trp repressor from Staphylococcus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kor

タイトル

Crystal structure of a putative Trp repressor from Staphylococcus aureus

要素

Possible Trp repressor

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Putative DNA-binding Trp repressor / TrpR like protein /

structural genomics (構造ゲノミクス)

機能・相同性

TrpR-like / Trp Operon Repressor; Chain A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / :

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Lam, R. / Vodsedalek, J. / Lam, K. / Romanov, V. / Battaile, K.P. / Beletskaya, I. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative Trp repressor from Staphylococcus aureus
著者: Lam, R. / Vodsedalek, J. / Lam, K. / Romanov, V. / Battaile, K.P. / Beletskaya, I. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y.

履歴

登録	2009年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kor.cif.gz	95.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kor.ent.gz	77.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kor.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/3kor ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/3kor	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2hl9-d 5vfa-2 4guk-1 6voq-d 1pp6-2 6hdj-d 1vcy-d 6mkw-d 6mlo-d 2a24-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Possible Trp repressor

B: Possible Trp repressor

C: Possible Trp repressor

D: Possible Trp repressor

55.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Possible Trp repressor

D: Possible Trp repressor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Possible Trp repressor

C: Possible Trp repressor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	42.973, 68.461, 73.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.860, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Possible Trp repressor 分子量: 13796.653 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: USA300 / TCH1516 / 遺伝子: USA300HOU_1908 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CodonPlus RIPL / 参照: UniProt: A8Z2S1
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.48 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG3350, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-BM / 波長: 0.9796 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月11日 / 詳細: Si(111) double-crystal monochromator

放射

モノクロメーター: Si(111) double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9796 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 55538 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Χ²: 1.726 / Net I/σ(I): 9.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.6-1.64	5	0.357	3557	0.619	96.3
1.64-1.68	6.1	0.318	3677	0.642	99.3
1.68-1.72	7	0.298	3685	0.677	100
1.72-1.77	7.5	0.264	3662	0.74	100
1.77-1.83	7.5	0.232	3732	0.782	100
1.83-1.9	7.5	0.196	3690	0.883	100
1.9-1.97	7.6	0.165	3723	1.107	100
1.97-2.06	7.6	0.134	3692	1.249	100
2.06-2.17	7.6	0.112	3701	1.575	100
2.17-2.31	7.6	0.107	3697	1.994	100
2.31-2.49	7.6	0.098	3728	2.31	100
2.49-2.74	7.6	0.095	3710	2.617	100
2.74-3.13	7.6	0.085	3754	2.784	100
3.13-3.95	7.6	0.075	3728	2.595	100
3.95-50	7.3	0.079	3802	4.486	99.6

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set

ID	R cullis acentric	R cullis centric	最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	0	0	1.6	26.7	53507	1905
ANO_1	0.553	0	1.6	26.7	53088	0

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	6.92-26.7	0	618	94
ISO_1	4.98-6.92	0	1091	94
ISO_1	4.09-4.98	0	1411	95
ISO_1	3.55-4.09	0	1667	97
ISO_1	3.18-3.55	0	1897	94
ISO_1	2.91-3.18	0	2119	96
ISO_1	2.7-2.91	0	2267	93
ISO_1	2.52-2.7	0	2447	96
ISO_1	2.38-2.52	0	2634	95
ISO_1	2.26-2.38	0	2780	97
ISO_1	2.15-2.26	0	2909	92
ISO_1	2.06-2.15	0	3059	96
ISO_1	1.98-2.06	0	3214	98
ISO_1	1.91-1.98	0	3283	101
ISO_1	1.85-1.91	0	3423	95
ISO_1	1.79-1.85	0	3514	88
ISO_1	1.73-1.79	0	3706	99
ISO_1	1.69-1.73	0	3776	98
ISO_1	1.64-1.69	0	3835	94
ISO_1	1.6-1.64	0	3857	93
ANO_1	6.92-26.7	0.315	612	0
ANO_1	4.98-6.92	0.273	1088	0
ANO_1	4.09-4.98	0.376	1410	0
ANO_1	3.55-4.09	0.409	1666	0
ANO_1	3.18-3.55	0.381	1896	0
ANO_1	2.91-3.18	0.382	2119	0
ANO_1	2.7-2.91	0.383	2267	0
ANO_1	2.52-2.7	0.41	2447	0
ANO_1	2.38-2.52	0.421	2634	0
ANO_1	2.26-2.38	0.486	2779	0
ANO_1	2.15-2.26	0.539	2909	0
ANO_1	2.06-2.15	0.596	3058	0
ANO_1	1.98-2.06	0.657	3214	0
ANO_1	1.91-1.98	0.713	3283	0
ANO_1	1.85-1.91	0.778	3423	0
ANO_1	1.79-1.85	0.845	3514	0
ANO_1	1.73-1.79	0.871	3706	0
ANO_1	1.69-1.73	0.93	3774	0
ANO_1	1.64-1.69	0.954	3752	0
ANO_1	1.6-1.64	0.989	3537	0

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 55412

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
7.71-100	59.3	0.859	517
5.76-7.71	60.3	0.842	703
4.8-5.76	54	0.9	885
4.2-4.8	55.5	0.916	1043
3.78-4.2	54.5	0.916	1160
3.47-3.78	55.3	0.915	1263
3.22-3.47	55	0.909	1356
3.02-3.22	55.8	0.894	1487
2.85-3.02	55.2	0.902	1551
2.71-2.85	55.6	0.888	1624
2.58-2.71	56.3	0.892	1740
2.48-2.58	57	0.895	1808
2.38-2.48	53.2	0.902	1831
2.3-2.38	55.7	0.89	1945
2.22-2.3	54.6	0.9	2028
2.15-2.22	55.9	0.901	2050
2.09-2.15	58.2	0.89	2167
2.03-2.09	57.7	0.889	2188
1.98-2.03	58.7	0.874	2273
1.93-1.98	61.2	0.87	2291
1.88-1.93	62.1	0.86	2388
1.84-1.88	61.5	0.854	2458
1.8-1.84	64.3	0.844	2467
1.76-1.8	64.7	0.857	2567
1.73-1.76	68.5	0.845	2570
1.69-1.73	69	0.835	2671
1.66-1.69	68.8	0.827	2662
1.63-1.66	74.5	0.794	2744
1.6-1.63	75.1	0.738	2975

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC	refmac_5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
JDirector		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→26.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 1.64 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.221	2813	5.1 %	RANDOM
R_work	0.191	-	-	-
obs	0.192	55412	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 54.46 Å² / B_iso mean: 22.046 Å² / B_iso min: 10.99 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→26.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3204	0	0	315	3519

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3265
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.209	1.957	4402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.978	5	407
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.724	25.294	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.407	15	627
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.198	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	504
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2436
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.754	1.5	1998
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.406	2	3216
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.37	3	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.888	4.5	1181

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	206	-
R_work	0.217	3744	-
all	-	3950	-
obs	-	-	96.74 %

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