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- PDB-3kcu: Structure of formate channel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kcu
タイトルStructure of formate channel
要素Probable formate transporter 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / TCDB ID 2.A.44.1.1 / Transporter (運搬体タンパク質) / Channel / Formate (ギ酸塩) / Cell inner membrane / Cell membrane (細胞膜) / Membrane (生体膜) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


formate transmembrane transporter activity / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Formate transporter FocA, putative / Formate and nitrite transporters signature 1. / Formate and nitrite transporters signature 2. / Formate/nitrite transporter / Formate/nitrite transporter, conserved site / Formate/nitrite transporter / Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MA5 / Formate channel FocA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.243 Å
データ登録者Wang, Y. / Huang, Y. / Wang, J. / Yan, N. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Structure of the formate transporter FocA reveals a pentameric aquaporin-like channel
著者: Wang, Y. / Huang, Y. / Wang, J. / Cheng, C. / Huang, W. / Lu, P. / Xu, Y.-N. / Wang, P. / Yan, N. / Shi, Y.
履歴
登録2009年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月22日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable formate transporter 1
B: Probable formate transporter 1
C: Probable formate transporter 1
D: Probable formate transporter 1
E: Probable formate transporter 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,5166
ポリマ－155,0635
非ポリマー4521
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15630 Å2
ΔGint-209 kcal/mol
Surface area43990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.378, 107.934, 163.128
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Probable formate transporter 1 / Formate efflux permease / Formate channel 1


分子量: 31012.605 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: FOCA / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AC25
#2: 化合物 ChemComp-MA5 / 2-(6-(2-CYCLOHEXYLETHOXY)-TETRAHYDRO-4,5-DIHYDROXY-2(HYDROXYMETHYL)-2H-PYRAN-3-YLOXY)-TETRAHYDRO-6(HYDROXYMETHYL)-2H-PY RAN-3,4,5-TRIOL / CYCLOHEXYLETHYL-BETA-D-MALTOSIDE / 2-シクロヘキシルエチルβ-マルトシド


分子量: 452.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H36O11
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.26 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M MOPS, pH 7.5, 36% (w/v) PEG 400, 200mM NaCl or sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.243→39.989 Å / Num. obs: 85366 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 50.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 21.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.243→39.989 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / FOM work R set: 0.832 / SU ML: 0.28 / Isotropic thermal model: TLS / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 4365 5.13 %Thin Shell
Rwork0.203 80784 --
obs0.205 85149 98.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 81.125 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 264.7 Å2 / Biso mean: 72.399 Å2 / Biso min: 30.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.811 Å20 Å2-0 Å2
2--12.461 Å20 Å2
3----7.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.243→39.989 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9458 0 31 104 9593
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089786
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99513343
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0731594
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051600
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4563242
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)Num. reflection all
2.243-2.26900.28225180
2.269-2.2960.2786510.2522160982811
2.296-2.32300.234275999
2.323-2.35300.212284999
2.353-2.38400.219279899
2.384-2.41700.2172855100
2.417-2.4510.2475960.20822291002825
2.451-2.48800.1992812100
2.488-2.52600.1952861100
2.526-2.56800.1992813100
2.568-2.6120.2535630.18722921002855
2.612-2.6600.1882843100
2.66-2.71100.1892856100
2.711-2.7660.2671600.18326841002844
2.766-2.8260.2423520.18825021002854
2.826-2.89200.1792856100
2.892-2.96400.1842849100
2.964-3.0440.2214840.17523571002841
3.044-3.13400.1722874100
3.134-3.23500.1792869100
3.235-3.3510.2234280.18324401002868
3.351-3.48500.1982906100
3.485-3.64300.1772850100
3.643-3.8350.2253770.18325071002884
3.835-4.07500.1972907100
4.075-4.38900.192886100
4.389-4.8310.2293410.20125711002912
4.831-5.52800.22291899
5.528-6.9590.2862540.242687992941
6.959-39.9950.1691590.2212743932902
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.26480.0123-0.48830.8240.08142.35230.08090.14140.0159-0.0535-0.0171-0.0835-0.01580.184-0.05020.22480.03630.01180.36120.03820.286841.003520.7846145.5572
20.4011-0.4224-0.58651.3431-0.582.48120.1758-0.1290.16370.09210.005-0.0342-0.20020.3276-0.17030.3243-0.0580.00320.4597-0.03860.421340.681427.4654173.5821
30.5558-0.1910.25070.6924-0.0142.49090.0347-0.4444-0.04820.23110.01360.03470.66220.1304-0.04860.59820.0639-0.05040.58260.10820.369438.00543.9993188.4811
40.9244-0.1389-0.25880.0180.02981.82290.0877-0.0875-0.39980.098-0.07220.12391.5399-0.031-0.02121.40480.0998-0.03560.35560.10310.541438.0233-18.7994170.403
50.26410.21390.10190.7613-0.07092.91750.06980.1916-0.1425-0.08850.00460.01341.25870.1437-0.06160.88810.1298-0.02730.4336-0.07540.390939.3988-8.0069143.4729
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA29 - 280
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB29 - 280
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC29 - 276
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD29 - 276
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE30 - 278

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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