PDB-3tdx: Crystal structure of HSC L82V

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tdx

タイトル

Crystal structure of HSC L82V

要素

formate/nitrite transporter

キーワード

MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

formate transmembrane transporter activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Czyzewski, B.K. / Wang, D.-N.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Identification and characterization of a bacterial hydrosulphide ion channel.
著者: Czyzewski, B.K. / Wang, D.N.

履歴

登録	2011年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月4日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tdx.cif.gz	497.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tdx.ent.gz	413.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tdx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/3tdx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/3tdx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tdoC 3tdpC 3tdrC 3tdsC 3te0C 3te1C 3te2C 3klyS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3te1-d 3tds-d 3te2-d 3tdr-2 3tdr-1 3tdo-d 3te0-d 4fc4-1 3kcu-d 3tdp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#173 - 2014年5月アクアポリン (Aquaporin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: formate/nitrite transporter

B: formate/nitrite transporter

C: formate/nitrite transporter

D: formate/nitrite transporter

E: formate/nitrite transporter

ヘテロ分子

143 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.012, 118.661, 151.343
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

formate/nitrite transporter

分子量: 28253.418 Da / 分子数: 5 / 変異: L82V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium difficile (バクテリア)
株: 630
遺伝子: CD630_22300, Putative formate/nitrite transporter
プラスミド: pBad / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q186B7

#2: 化合物

ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル

分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM

#3: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#4: 糖

ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₂₈O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.91 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 400, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X25 / 波長: 0.975 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.975 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 77094 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 8.5 % / R_merge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 7.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.3-2.34	8.1	0.707	1	98.3
2.34-2.38	8.3	0.633	1	98.3
2.38-2.43	8.4	0.561	1	98.4
2.43-2.48	8.5	0.519	1	98.4
2.48-2.53	8.5	0.451	1	98.6
2.53-2.59	8.5	0.405	1	98.7
2.59-2.66	8.5	0.355	1	98.8
2.66-2.73	8.5	0.304	1	98.6
2.73-2.81	8.5	0.261	1	98.9
2.81-2.9	8.5	0.231	1	98.9
2.9-3	8.5	0.195	1	99
3-3.12	8.5	0.17	1	99.1
3.12-3.26	8.5	0.144	1	99.3
3.26-3.44	8.6	0.119	1	99.6
3.44-3.65	8.6	0.1	1	99.6
3.65-3.93	8.6	0.087	1	100
3.93-4.33	8.7	0.076	1	100
4.33-4.95	8.7	0.065	1	99.9
4.95-6.24	8.6	0.059	1	100
6.24-50	8.7	0.039	1	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KLY

3kly

解像度: 2.5→46.69 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.56 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.208	3144	5.07 %
R_work	0.162	-	-
obs	0.165	62054	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.53 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 48.87 Å² / k_sol: 0.32 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.3871 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.5148 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.1533 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9553	0	110	301	9964

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9815
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.996	13273
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.092	3441
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.111	1665
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1586

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5022-2.5413	0.2361	128	0.1615	2603	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5413-2.5829	0.2586	147	0.1606	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5829-2.6275	0.2444	145	0.1705	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6275-2.6752	0.2501	143	0.153	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6752-2.7267	0.2056	158	0.1472	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7267-2.7823	0.2152	134	0.1513	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7823-2.8428	0.2275	142	0.1555	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8428-2.9089	0.2273	153	0.1546	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9089-2.9817	0.2374	146	0.1513	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9817-3.0623	0.1898	136	0.149	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0623-3.1524	0.2035	143	0.1438	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1524-3.2541	0.1647	139	0.1452	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2541-3.3704	0.2167	157	0.1495	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3704-3.5053	0.2307	142	0.1588	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5053-3.6648	0.2033	127	0.1547	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6648-3.8579	0.2022	134	0.1497	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8579-4.0995	0.2008	135	0.1518	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0995-4.4158	0.1634	152	0.1442	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4158-4.8597	0.1919	123	0.1463	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8597-5.5619	0.2453	153	0.1688	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5619-7.0037	0.1951	155	0.1978	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0037-46.6984	0.2176	152	0.2008	2832	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1055	2.7472	-1.2581	3.6597	-1.9722	2.3187	-0.0698	-0.2706	-0.0625	0.539	0.1758	0.9959	0.3226	-0.2486	-0.2107	0.7311	0.0526	0.3369	0.5165	0.071	0.4261	-26.5729	24.972	10.0173
2	1.6867	-0.3798	0.1053	4.1849	-0.2604	2.2932	-0.1693	-0.086	0.1463	0.1396	0.1822	-0.0977	0.1285	-0.081	-0.0033	0.2494	0.0356	-0.012	0.275	0.0161	0.2526	-9.0386	18.5743	-6.9534
3	1.6738	-0.0986	-0.2759	2.082	-0.8421	0.8769	-0.0272	-0.3043	-0.0213	0.8922	0.0839	0.1267	-0.0781	-0.2145	-0.0505	0.5335	0.016	-0.0145	0.3771	0.106	0.274	-13.3194	17.6458	8.8041
4	4.1553	3.1492	3.2795	3.1578	1.1164	5.0175	-0.046	0.3814	-0.3222	-0.0567	0.1179	-0.9117	0.2025	0.7814	-0.0581	0.2391	0.0727	-0.0479	0.3962	0.1316	0.491	6.5886	16.2183	-6.9881
5	0.6159	-0.4412	0.4604	2.8815	0.0233	1.2537	-0.1504	-0.2014	-0.0921	0.5289	0.091	-0.1719	-0.0709	-0.0476	0.0262	0.3331	0.0206	-0.0259	0.3269	0.0485	0.2424	-9.2847	26.5115	-1.3866
6	7.7796	0.8054	0.4135	4.3811	-4.2221	4.7932	-0.7358	-0.2039	-0.7236	-0.1222	-0.2237	-0.7287	0.0184	0.8191	0.7048	0.3342	0.0648	-0.0281	0.5052	0.1213	0.6332	9.2837	9.4677	-2.8775
7	4.3644	-2.2376	-0.7423	3.0636	1.0362	1.9879	0.0014	-0.2587	-0.1683	0.2503	0.1115	-0.3793	-0.3257	0.4521	-0.1679	0.49	0.0079	-0.1834	0.4559	0.0529	0.3273	-1.3647	22.3225	8.7827
8	0.9996	2.3168	-0.4879	5.7282	0.667	9.1668	-0.102	-1.1413	0.0036	0.6731	0.2994	0.6108	-0.2571	-0.3587	-0.2081	0.6707	0.1594	0.1942	0.5395	0.0105	0.1904	-20.1301	36.9024	12.4967
9	2.4812	-0.4106	2.4796	1.6048	-1.3792	8.6077	0.1143	-0.5532	-0.2185	0.3721	0.3773	0.3236	-0.3881	-1.2124	-0.4277	0.4185	0.0927	0.2335	0.3735	0.0721	0.5444	-32.0452	51.7598	-1.543
10	2.5739	-0.9982	0.2767	3.3841	0.0533	3.2085	-0.0998	-0.0473	0.2539	0.3154	0.0651	-0.2486	-0.0245	0.1122	0.0106	0.2167	-0.0377	-0.0526	0.1739	0.0129	0.2681	-9.5897	41.3217	-6.431
11	2.4841	1.9319	0.3356	1.5298	0.0632	4.0568	-0.08	-0.282	0.6639	0.8633	0.0489	0.405	-0.3556	-0.1835	-0.0715	0.4352	-0.0063	0.0836	0.3037	-0.0363	0.3855	-26.4048	57.6597	-2.9492
12	4.025	-1.3455	0.2279	2.086	-0.3284	1.5856	-0.1435	-0.6452	0.511	0.6618	0.3097	-0.1566	-0.1935	0.1581	-0.1771	0.5592	-0.0581	-0.0718	0.3241	-0.0934	0.354	-11.8547	50.7306	4.4199
13	1.135	0.0131	-1.103	2.5045	0.1318	1.7679	0.0667	0.0596	0.2727	0.2414	-0.173	-1.2871	-0.0933	0.4584	0.1786	0.2569	-0.1253	-0.1888	0.4526	0.0754	0.6658	5.2997	46.346	-7.6866
14	1.2538	-0.2729	0.655	2.8593	-0.3101	1.8804	-0.1419	0.0059	0.1398	0.3692	0.0504	-0.0754	-0.1855	-0.1008	0.0619	0.3297	0.0157	0.011	0.3062	0.012	0.3184	-13.9047	48.6051	-11.1785
15	2.6848	0.6246	0.8213	0.1819	0.2134	1.6056	0.0991	-0.1465	-0.1921	0.1255	-0.0502	-0.289	0.0553	0.3191	-0.0609	0.4184	-0.0994	-0.2976	0.9249	-0.0396	1.0363	8.9363	48.9601	-0.8874
16	6.465	-0.5448	0.5308	4.3139	-0.3155	3.0056	-0.0117	-0.1267	0.6954	0.637	-0.2013	-0.4572	-0.7747	0.4589	0.1805	0.461	-0.0782	-0.0453	0.2607	-0.0468	0.4232	-7.9772	59.2173	-4.9924
17	0.8833	-1.4119	1.0426	5.7122	2.6206	6.5535	0.2199	-0.4404	0.3724	0.214	0.105	0.838	-0.4327	-0.9226	-0.1844	0.3329	0.1151	0.1906	0.2887	0.0922	0.546	-31.0036	60.2697	-12.5426
18	1.4022	0.3036	0.7118	0.4009	0.1586	1.0203	-0.2727	-0.1229	0.4674	-0.2062	0.0674	0.3016	-0.2418	-0.3105	-0.8867	0.5217	-0.0936	-0.6703	0.6889	0.0329	1.0255	-43.9182	18.6231	-34.2864
19	0.4713	-0.3806	0.3787	1.8735	-0.5511	1.2512	0.1248	0.8188	-0.2798	-1.5104	-0.0319	0.9839	0.4253	-0.3081	0.1521	0.4771	-0.06	-0.6047	0.3357	-0.0835	-0.5357	-28.1102	27.0993	-42.2545
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21	2.532	1.1367	0.5074	1.1502	1.2553	3.4581	0.0383	0.3521	-0.1675	-0.8531	0.116	0.4846	0.3744	-0.2404	0.0237	0.637	-0.0642	-0.1563	0.3525	0.0446	0.3535	-24.7307	18.8667	-34.0217
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34	5.73	-1.2586	-3.5412	3.0875	0.8614	4.3568	0.0166	-0.0078	-1.0165	-0.438	-0.2493	0.2543	0.1836	-0.0358	0.2454	0.5191	-0.0309	0.0294	0.2496	0.0387	0.4967	-12.0664	-3.4614	-18.8919
35	2.0088	0.0612	2.0448	6.6244	0.4568	5.7302	-0.3066	-0.6155	-0.8576	0.9062	0.1689	1.1004	0.8148	-1.068	0.2339	0.5069	-0.0905	0.1585	0.468	0.0987	0.5413	-24.8115	3.8682	0.2528
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41	4.1842	0.407	-0.854	1.8457	0.0398	2.0824	0.3357	0.3246	0.0318	-0.8051	-0.0278	-0.0276	-0.031	-0.1665	-0.3446	0.5954	0.1617	-0.0228	0.5397	0.1662	0.3574	-22.6295	56.0509	-42.0132
42	5.6795	-4.3987	2.7587	3.863	-1.3784	3.8941	0.1173	-0.4258	-0.6378	-0.1908	0.3315	0.8892	0.3275	-0.8006	-0.1907	0.4574	0.0064	-0.354	0.5421	0.1598	0.6207	-41.8795	41.0894	-41.1458

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 0:23)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 24:82)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 83:129)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 130:152)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 153:214)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 215:222)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 223:242)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 243:256)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 0:23)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 24:82)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 83:100)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 101:129)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 130:152)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 153:214)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 215:222)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 223:242)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 243:256)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resseq 0:23)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resseq 24:129)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resseq 130:152)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resseq 153:197)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resseq 198:222)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resseq 223:253)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resseq 254:265)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resseq 0:23)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resseq 24:82)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resseq 83:100)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resseq 101:129)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resseq 130:152)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resseq 153:175)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resseq 176:197)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resseq 198:214)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resseq 215:222)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resseq 223:243)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resseq 244:256)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resseq 1:69)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resseq 70:129)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resseq 130:152)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resseq 153:214)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resseq 215:222)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resseq 223:242)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'E' and (resseq 243:256)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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