PDB-3tdr: Crystal structure of HSC at pH 7.5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tdr

タイトル

Crystal structure of HSC at pH 7.5

要素

formate/nitrite transporter

キーワード

MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

formate transmembrane transporter activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Czyzewski, B.K. / Wang, D.-N.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Identification and characterization of a bacterial hydrosulphide ion channel.
著者: Czyzewski, B.K. / Wang, D.N.

履歴

登録	2011年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月4日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tdr.cif.gz	945 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tdr.ent.gz	802 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tdr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3tdr_validation.pdf.gz	545.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tdr_full_validation.pdf.gz	661.9 KB	表示
XML形式データ	3tdr_validation.xml.gz	96.3 KB	表示
CIF形式データ	3tdr_validation.cif.gz	129.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/3tdr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/3tdr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3tdoC 3tdpC 3tdsC 3tdxC 3te0C 3te1C 3te2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3te1-d 3tds-d 3tdx-d 3te0-d 4fc4-1 3kcu-d 3tdo-d 3te2-d 3tdp-d 4fc4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#173 - 2014年5月アクアポリン (Aquaporin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: formate/nitrite transporter

B: formate/nitrite transporter

C: formate/nitrite transporter

D: formate/nitrite transporter

E: formate/nitrite transporter

F: formate/nitrite transporter

G: formate/nitrite transporter

H: formate/nitrite transporter

I: formate/nitrite transporter

J: formate/nitrite transporter

ヘテロ分子

283 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: formate/nitrite transporter

B: formate/nitrite transporter

C: formate/nitrite transporter

D: formate/nitrite transporter

E: formate/nitrite transporter

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
141 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: formate/nitrite transporter

G: formate/nitrite transporter

H: formate/nitrite transporter

I: formate/nitrite transporter

J: formate/nitrite transporter

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
142 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.886, 101.612, 168.357
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.16, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	formate/nitrite transporter 分子量: 28267.441 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア) 株: 630 遺伝子: CD630_22300, Putative formate/nitrite transporter プラスミド: pBad / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q186B7
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.61 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 400, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X25 / 波長: 0.975 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.975 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 53087 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 12.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
3.2-3.26	3.1	0.563	1	97.2
3.26-3.31	3.2	0.512	1	97.6
3.31-3.38	3.2	0.407	1	97.1
3.38-3.45	3.2	0.347	1	98
3.45-3.52	3.2	0.286	1	98.3
3.52-3.6	3.2	0.223	1	98.2
3.6-3.69	3.2	0.179	1	98.6
3.69-3.79	3.3	0.148	1	98.7
3.79-3.91	3.3	0.124	1	98.8
3.91-4.03	3.4	0.097	1	99.3
4.03-4.18	3.4	0.079	1	99.4
4.18-4.34	3.5	0.061	1	99.5
4.34-4.54	3.5	0.058	1	99.8
4.54-4.78	3.6	0.051	1	100
4.78-5.08	3.7	0.047	1	100
5.08-5.47	3.7	0.052	1	99.7
5.47-6.02	3.7	0.056	1	99.6
6.02-6.89	3.6	0.048	1	99.6
6.89-8.67	3.4	0.027	1	99.1
8.67-50	3.6	0.022	1	98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.2→48.38 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.93 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	2685	5.06 %
R_work	0.187	-	-
obs	0.191	53025	98.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.38 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 74.46 Å² / k_sol: 0.3 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 102.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.8911 Å²	-0 Å²	-8.4247 Å²
2-	-	-18.5617 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.9774 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→48.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18900	0	13	14	18927

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	19314
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.157	26166
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.364	6711
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	3302
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3131

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1958-3.2539	0.3303	111	0.2188	2461	X-RAY DIFFRACTION	93
3.2539-3.3164	0.3374	136	0.2303	2651	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3164-3.3841	0.3274	124	0.2214	2587	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3841-3.4577	0.3319	145	0.2122	2611	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4577-3.5381	0.2764	123	0.1895	2621	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5381-3.6265	0.2871	133	0.1845	2650	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6265-3.7246	0.266	142	0.1715	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7246-3.8341	0.2864	160	0.1747	2645	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8341-3.9578	0.2563	132	0.16	2652	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9578-4.0992	0.2368	148	0.1534	2666	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0992-4.2632	0.241	179	0.1438	2616	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2632-4.4571	0.254	146	0.1495	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4571-4.6919	0.2742	143	0.1477	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6919-4.9856	0.2449	135	0.1498	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9856-5.3701	0.2888	139	0.1696	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3701-5.9097	0.3068	164	0.2216	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9097-6.7629	0.4108	142	0.2467	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7629-8.5129	0.2703	132	0.1678	2709	X-RAY DIFFRACTION	99
8.5129-48.3801	0.2575	151	0.2339	2696	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0086	-0.0155	-0.0029	0.0242	0.0063	0.0018	-0.0479	0.0458	-0.0759	-0.0174	0.1862	-0.2104	0.0284	0.0143	0.0001	1.4001	0.2569	0.3445	0.7814	-0.2914	1.2119	34.264	-67.7366	-3.9846
2	0.4215	-0.1671	0.2197	0.0733	-0.0961	0.1233	0.1582	0.2592	-0.3948	-0.036	0.0004	-0.0223	-0.1699	-0.0389	0.0593	0.8281	-0.3719	0.2879	1.0065	-0.0873	0.745	31.7286	-41.9085	-5.8572
3	0.5103	0.1976	0.2739	0.0781	0.1046	0.1347	-0.0004	0.0989	-0.4249	0.0239	0.235	-0.1801	0.0595	0.3373	0.0881	0.9185	-0.0296	0.4597	1.1678	-0.3932	0.8065	40.0751	-56.1611	-10.0291
4	0.0204	0.0062	-0.0024	0.0035	0.0035	0.0112	-0.0226	-0.0207	-0.016	-0.0005	-0.0239	-0.0054	-0.0017	-0.0248	-0.0001	1.3461	-0.0598	0.3187	1.4154	0.0159	1.3981	33.7554	-26.701	-16.2262
5	0.0663	-0.0386	-0.0218	0.0268	0.0151	0.0203	0.2354	-0.2102	0.1436	-0.3769	0.1236	-0.4592	-0.2951	0.3505	-0.0001	0.7977	-0.2029	0.2428	0.8709	-0.2012	1.2192	38.4853	-44.4231	-0.8704
6	0.0262	-0.0095	-0.0151	0.0932	-0.0527	0.072	-0.0074	-0.0701	-0.0172	-0.0011	0.1051	0.0283	-0.1886	0.0692	0.0012	0.9462	0.3615	0.5054	1.5665	-0.4217	1.4319	48.1516	-43.2041	-8.3676
7	0.0036	-0	-0.0023	0.0062	0.0012	0.0043	-0.0192	-0.0255	0.0067	-0.0147	0.0167	0.0111	0.0371	0.0494	-0	1.3127	0.4951	0.2234	1.4871	0.0301	1.7402	41.6332	-66.3367	8.297
8	0.0125	0.0147	0.0032	0.1022	0.1217	0.168	0.1862	0.031	-0.1073	0.1823	0.1074	-0.1262	0.1007	-0.004	0.0911	1.0585	0.5758	0.0016	0.9629	0.3049	1.1724	27.7208	-68.192	25.368
9	0.4409	-0.0814	0.023	0.0338	-0.0116	0.0126	0.1898	-0.173	0.3596	-0.0765	-0.0541	-0.1928	-0.0719	0.3163	-0.0195	0.5528	0.0429	0.1503	1.0866	-0.2698	0.3741	35.85	-45.1729	15.828
10	0.0143	0.0116	-0.017	0.0458	0.0307	0.0508	-0.1869	0.0953	0.0614	0.4666	0.2429	-0.1984	0.2407	0.1407	-0.0052	1.1548	0.2743	-0.579	1.3189	-0.2216	1.2592	38.5203	-58.6805	25.791
11	0.0069	0.0004	-0.0068	0.013	-0.0058	0.0087	0.0212	-0.0104	-0.0267	-0.0071	0.0247	-0.0027	0.0045	-0.0235	0.0003	1.5674	-0.1972	-0.0227	1.7738	-0.1718	1.6727	49.9635	-34.4768	10.7203
12	0.0467	0.0413	-0.013	0.0666	-0.0243	0.0233	-0.1501	-0.3516	0.0479	0.3428	0.105	-0.6106	0.0621	0.4703	-0.0045	0.6072	0.1326	-0.298	0.752	-0.0393	0.714	33.4061	-44.8264	24.1436
13	0.0916	-0.0115	-0.0695	0.1342	0.1505	0.2064	0.137	-0.002	0.1667	-0.0977	0.2748	-0.3521	-0.0574	0.057	0.0134	1.0503	0.407	-0.376	0.9164	-0.119	1.1248	44.0849	-44.8546	30.4273
14	0.0125	0.0081	-0.002	0.021	-0.0107	0.0073	-0.0919	-0.0114	-0.0024	-0.0347	-0.0768	-0.0254	0.062	0.021	-0.0001	1.0551	0.316	-0.1204	0.9034	0.3166	0.6686	20.4692	-61.4604	36.0288
15	0.256	-0.2908	0.1047	0.4699	-0.3091	0.2998	-0.0052	-0.2338	0.006	0.046	0.0038	0.2108	-0.0457	-0.2904	0.1185	1.0683	-0.3451	-0.1616	1.1504	-0.4848	1.0717	-11.761	-52.0441	1.3324
16	0.2851	-0.2267	0.0125	0.1787	-0.0003	0.0152	0.177	0.0048	-0.2485	-0.16	-0.175	0.4131	-0.2744	-0.2461	0.0153	0.6787	-0.0135	0.0519	0.6176	-0.0923	0.3743	2.0372	-32.9103	12.8378
17	0.0543	0.0093	-0.0301	0.0155	-0.0156	0.0297	0.4011	0.2864	-0.0924	-0.1958	0.0967	0.4919	0.0207	-0.0595	-0.0007	0.8841	0.0727	-0.1212	0.8813	0.0252	0.8593	-12.7224	-39.173	7.4362
18	0.0026	-0.0008	0.0039	0.0004	-0.0007	0.0065	0.0684	0.0202	0.0218	0.0047	0.0464	0.0134	0.022	0.0226	0.0021	1.1178	0.088	0.0905	0.7753	-0.3178	0.6273	2.4537	-19.3211	25.4522
19	0.3528	-0.0634	-0.2082	0.002	0.0387	0.1321	0.2986	0.3196	-0.1828	-0.5343	-0.0933	0.2919	0.0957	-0.4462	0.0336	0.8032	-0.0797	-0.3618	0.4411	0.0618	0.4011	-0.4788	-31.1859	4.7116
20	0.0197	-0.0019	0.0182	0.0151	0.008	0.015	0.1716	0.2374	0.1018	0.2529	0.1377	0.1984	-0.1634	-0.0823	-0.0005	1.0207	0.122	-0.2392	0.9098	0.0119	0.9178	-10.2399	-24.0354	6.5991
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64	0.1804	-0.0142	0.047	0.0199	0.0179	0.0483	-0.018	0.0738	0.1309	-0.0134	-0.0563	-0.03	-0.0208	0.0543	-0.0553	0.1192	0.0893	0.0399	0.6132	0.1928	0.3989	62.315	-4.3001	80.704
65	0.0108	0.0045	-0.0142	0.0908	0.0168	0.026	0.0805	0.0116	0.1675	-0.1126	0.0125	0.1591	-0.1702	-0.0112	0.085	0.5713	0.3127	0.328	0.3497	-0.1255	0.9144	12.1421	19.1995	84.907
66	0.2527	0.0197	0.0662	0.0323	-0.0336	0.2159	0.1323	0.0607	-0.1162	-0.0601	0.1512	0.1125	0.0237	-0.1543	0.922	-0.0424	0.1006	-0.1339	0.4272	0.0786	1.0924	10.9539	-3.4743	71.7547
67	0.2578	0.0567	-0.1597	0.1012	-0.1725	0.3061	0.3811	0.1908	0.3404	0.182	0.2669	0.2139	-0.0675	0.0639	0.762	0.263	0.3527	0.0143	0.5611	0.3553	1.4364	3.1788	10.5258	77.7549
68	0.0155	-0.0033	0.0074	0.0156	-0.0037	0.0037	-0.0291	-0.0497	0.0255	-0.0035	-0.0066	-0.0116	0.0012	0.0354	-0.0002	1.0615	-0.319	-0.3001	1.2511	0.006	1.4134	3.0742	-13.4293	58.0379
69	0.3985	-0.1226	-0.1273	0.1163	0.0196	0.3644	0.1903	0.1729	-0.0056	-0.0644	0.1441	0.573	0.0523	-0.4609	1.0378	-0.0859	0.1383	-0.0146	0.3584	0.0924	1.6454	7.1438	-3.6995	79.6884
70	0.1549	-0.224	0.0445	0.3061	-0.0076	0.2068	0.0871	-0.0739	-0.3364	-0.1052	0.1841	0.1626	0.1241	-0.0614	0.2611	0.4767	0.4042	0.3601	0.6557	0.356	1.3613	-4.8378	-2.7494	77.3139
71	0.0216	-0.0008	0.009	-0	0.0017	0.0074	0.0224	0.038	-0.059	-0.0236	0.0111	-0.0016	-0.0168	0.0239	0.1054	0.53	0.199	0.3886	0.5113	-0.0976	0.803	10.5477	12.6152	97.7331

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:23)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 24:78)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 79:129)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 130:135)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 136:214)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 215:243)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 244:256)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 1:23)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 24:78)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 79:129)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 130:135)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 136:214)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 215:243)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 244:256)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resseq 1:23)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resseq 24:77)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resseq 78:129)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resseq 130:135)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resseq 136:214)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resseq 215:243)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resseq 244:257)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resseq 1:23)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resseq 24:78)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resseq 79:129)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resseq 130:135)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resseq 136:214)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resseq 215:243)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resseq 244:256)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resseq 1:23)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resseq 24:78)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resseq 79:129)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resseq 130:135)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resseq 136:214)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resseq 215:243)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resseq 244:256)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resseq 1:23)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resseq 24:78)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resseq 79:129)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resseq 130:135)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resseq 136:214)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resseq 215:242)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resseq 243:256)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'G' and (resseq 1:23)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'G' and (resseq 24:82)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'G' and (resseq 83:129)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'G' and (resseq 130:152)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'G' and (resseq 153:214)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'G' and (resseq 215:243)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'G' and (resseq 244:256)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'H' and (resseq 1:23)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'H' and (resseq 24:78)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'H' and (resseq 79:129)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'H' and (resseq 130:135)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'H' and (resseq 136:214)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'H' and (resseq 215:221)
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'H' and (resseq 222:243)
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'H' and (resseq 244:256)
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'I' and (resseq 1:23)
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'I' and (resseq 24:78)
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'I' and (resseq 79:129)
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'I' and (resseq 130:135)
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'I' and (resseq 136:214)
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'I' and (resseq 215:243)
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'I' and (resseq 244:256)
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'J' and (resseq 1:23)
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'J' and (resseq 24:78)
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'J' and (resseq 79:129)
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'J' and (resseq 130:135)
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'J' and (resseq 136:214)
70	X-RAY DIFFRACTION	70	chain 'J' and (resseq 215:243)
71	X-RAY DIFFRACTION	71	chain 'J' and (resseq 244:256)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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