PDB-3kcv: Structure of formate channel

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kcv

タイトル

Structure of formate channel

要素

Probable formate transporter 1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TCDB ID 2.A.44.1.1 / Transporter / Channel / Formate / Cell inner membrane / Cell membrane / Membrane / Transmembrane / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

formate transmembrane transporter activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.198 Å

データ登録者

Wang, Y. / Huang, Y. / Wang, J. / Yan, N. / Shi, Y.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Structure of the formate transporter FocA reveals a pentameric aquaporin-like channel
著者: Wang, Y. / Huang, Y. / Wang, J. / Cheng, C. / Huang, W. / Lu, P. / Xu, Y.-N. / Wang, P. / Yan, N. / Shi, Y.

履歴

登録	2009年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年1月22日	Group: Database references
改定 1.3	2018年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.4	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kcv.cif.gz	955.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kcv.ent.gz	806.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kcv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/3kcv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/3kcv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kcuSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3kcu-d 3te1-d 3tdr-1 4fc4-1 3tdx-d 3tdr-2 3tds-d 3te2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#173 - 2014年5月アクアポリン (Aquaporin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable formate transporter 1

B: Probable formate transporter 1

C: Probable formate transporter 1

D: Probable formate transporter 1

E: Probable formate transporter 1

F: Probable formate transporter 1

G: Probable formate transporter 1

H: Probable formate transporter 1

I: Probable formate transporter 1

J: Probable formate transporter 1

310 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable formate transporter 1

B: Probable formate transporter 1

C: Probable formate transporter 1

D: Probable formate transporter 1

E: Probable formate transporter 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
155 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: Probable formate transporter 1

G: Probable formate transporter 1

H: Probable formate transporter 1

I: Probable formate transporter 1

J: Probable formate transporter 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
155 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.034, 107.034, 285.452
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Probable formate transporter 1 / Formate efflux permease / Formate channel 1 分子量: 31012.605 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: FOCA / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AC25

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.59 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M MOPS, pH 7.5, 36% (w/v) PEG 400, 200mM NaCl or sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.198→48.61 Å / Num. obs: 60335 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 76.76 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 3.198→3.31 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.729 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BSS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KCU

3kcu

解像度: 3.198→48.61 Å / FOM work R set: 0.777 / SU ML: 0.52 / Isotropic thermal model: TLS / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 29.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2596	2919	5.34 %	Thin Shell
R_work	0.1931	-	-	-
obs	0.1967	54708	90.43 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 65.054 Å² / k_sol: 0.285 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 96.185 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	12.973 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	12.973 Å²	0 Å²
3-	-	-	-25.947 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.198→48.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19120	0	0	0	19120

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	21315
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.607	28461
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.745	11449
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	3203
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3223

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1976-3.25		0	0.2881	2311	X-RAY DIFFRACTION	78
3.25-3.3061		0	0.2613	2246	X-RAY DIFFRACTION	79
3.3061-3.3662	0.3571	732	0.2438	1573	X-RAY DIFFRACTION	80
3.3662-3.4309		0	0.2263	2389	X-RAY DIFFRACTION	82
3.4309-3.5009		0	0.2204	2393	X-RAY DIFFRACTION	83
3.5009-3.577		0	0.217	2469	X-RAY DIFFRACTION	86
3.577-3.6602		0	0.2235	2508	X-RAY DIFFRACTION	88
3.6602-3.7517		0	0.2077	2569	X-RAY DIFFRACTION	90
3.7517-3.8531	0.3055	746	0.1999	1864	X-RAY DIFFRACTION	90
3.8531-3.9664		0	0.1802	2628	X-RAY DIFFRACTION	90
3.9664-4.0944		0	0.1703	2599	X-RAY DIFFRACTION	91
4.0944-4.2406		0	0.1598	2641	X-RAY DIFFRACTION	92
4.2406-4.4103		0	0.1576	2734	X-RAY DIFFRACTION	95
4.4103-4.6109	0.2439	644	0.1619	2059	X-RAY DIFFRACTION	94
4.6109-4.8538		0	0.1567	2769	X-RAY DIFFRACTION	95
4.8538-5.1576		0	0.1571	2791	X-RAY DIFFRACTION	97
5.1576-5.5553		0	0.1839	2758	X-RAY DIFFRACTION	97
5.5553-6.1133	0.2958	505	0.1962	2267	X-RAY DIFFRACTION	97
6.1133-6.9957		0	0.1854	2837	X-RAY DIFFRACTION	98
6.9957-8.8053		0	0.1552	2864	X-RAY DIFFRACTION	99
8.8053-48.6159	0.162	292	0.1949	2520	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2464	0.6264	-0.0069	1.2079	0.3934	1.6185	-0.1807	0.1476	-0.0498	0.2229	-0.0108	0.0702	-0.6466	0.1516	0.1963	0.5241	-0.0493	-0.0443	0.3512	0.0187	0.4919	-17.3671	-7.3538	33.4457
2	0.8866	-0.5636	0.1183	1.7986	-0.1678	0.3956	-0.1018	-0.0478	-0.0775	0.0346	-0.1843	-0.1686	0.0063	0.874	0.2253	0.2872	-0.1845	0.0174	0.6815	-0.0187	0.5454	10.5169	-13.8311	29.7812
3	0.6063	1.27	-0.4165	1.836	0.0629	0.8848	-0.4887	-0.0371	0.0553	-0.1108	0.1873	-0.1533	0.1506	0.5041	0.1839	0.6975	0.2945	0.056	0.8534	-0.0197	0.6823	13.2637	-42.3662	28.7134
4	2.1527	-0.456	-0.1006	0.4143	-0.0268	0.5773	0.0399	0.1195	-0.2085	-0.2959	-0.1622	-0.0523	0.5641	0.0729	0.1177	0.8987	-0.0736	0.0405	0.4525	-0.0535	0.6837	-13.1179	-54.0635	31.7366
5	1.551	0.1938	-1.0154	2.3232	0.2911	0.4236	-0.3184	0.1355	0.1156	-0.0965	0.179	-0.0417	0.1344	-0.5181	0.1299	0.3223	-0.0807	0.01	0.468	0.0167	0.4607	-32.0302	-32.1488	34.3093
6	1.763	-0.7522	0.5813	2.7042	0.1988	1.1478	-0.1348	0.3216	-0.0692	-0.0776	-0.222	-0.0283	-0.12	0.5319	0.3062	0.2187	-0.1066	0.0257	0.5932	0.0881	0.431	-19.3799	7.2524	-14.9252
7	1.0374	0.4341	-0.097	1.1111	-0.292	1.1809	-0.1297	0.2598	-0.0082	-0.0799	-0.0877	-0.0536	0.3812	0.4574	0.1522	0.5055	0.1726	0.0401	0.6636	-0.0357	0.524	-12.666	-20.7044	-17.4914
8	2.6533	-0.6233	-0.5719	-0.0999	-0.1692	0.5399	0.345	0.3229	-0.1544	0.1006	-0.283	0.0011	0.7683	-0.1179	-0.0969	0.9773	-0.1092	-0.186	0.4446	-0.0743	0.6271	-37.4768	-35.6888	-16.7334
9	0.8634	-0.1577	0.6892	1.8348	0.417	1.1691	-0.0539	-0.3579	0.1434	0.0143	0.0119	-0.0077	0.1509	-0.7447	0.053	0.3154	-0.2145	-0.0377	0.7764	0.0436	0.5494	-59.4239	-17.0786	-13.4331
10	2.2433	0.2894	0.6	1.6022	-0.0522	1.5658	-0.0845	0.1533	-0.0022	0.0954	-0.1696	0.0852	-0.3526	-0.1665	0.2355	0.2149	0.0991	-0.0218	0.3375	-0.0142	0.3585	-48.1217	9.6651	-12.3601

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	30 - 279
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	30 - 279
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	30 - 279
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D	D	30 - 280
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E	E	29 - 280
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F	F	29 - 280
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G	G	29 - 280
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H	H	29 - 280
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain I	I	29 - 280
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain J	J	29 - 280

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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