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- PDB-3k71: Structure of integrin alphaX beta2 ectodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k71
タイトルStructure of integrin alphaX beta2 ectodomain
要素
  • Integrin alpha-X
  • Integrin beta-2
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / integrin (インテグリン) / cell receptor (受容体) / Pyrrolidone carboxylic acid (ピログルタミン酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of endothelial tube morphogenesis / integrin alphaX-beta2 complex / integrin alphaM-beta2 complex / positive regulation of prostaglandin-E synthase activity / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / complement component C3b binding / positive regulation of myelination / neutrophil migration ...positive regulation of endothelial tube morphogenesis / integrin alphaX-beta2 complex / integrin alphaM-beta2 complex / positive regulation of prostaglandin-E synthase activity / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / complement component C3b binding / positive regulation of myelination / neutrophil migration / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / negative regulation of dopamine metabolic process / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / cell adhesion mediated by integrin / phagocytosis, engulfment / leukocyte cell-cell adhesion / receptor clustering / amyloid-beta clearance / endodermal cell differentiation / plasma membrane raft / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / positive regulation of protein targeting to membrane / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / specific granule membrane / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / heat shock protein binding / cell adhesion molecule binding / receptor-mediated endocytosis / cell-matrix adhesion / 好中球 / positive regulation of superoxide anion generation / secretory granule membrane / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / animal organ morphogenesis / microglial cell activation / receptor internalization / 細胞接着 / receptor tyrosine kinase binding / positive regulation of angiogenesis / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / extracellular vesicle / integrin binding / cell-cell signaling / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / regulation of cell shape / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to virus / receptor complex / 細胞接着 / positive regulation of cell migration / 炎症 / external side of plasma membrane / focal adhesion / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / 細胞膜 / extracellular exosome / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
ntegrin, alpha v. Chain A, domain 4 / Integrin beta-2 subunit / : / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin domains. Chain A, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / Integrin alpha, N-terminal / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt ...ntegrin, alpha v. Chain A, domain 4 / Integrin beta-2 subunit / : / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin domains. Chain A, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / Integrin alpha, N-terminal / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / von Willebrand factor, type A domain / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / von Willebrand factor type A domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin beta-2 / Integrin alpha-X
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.95 Å
データ登録者Xie, C. / Zhu, J. / Chen, X. / Mi, L. / Nishida, N. / Springer, T.A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: Structure of an integrin with an alphaI domain, complement receptor type 4.
著者: Xie, C. / Zhu, J. / Chen, X. / Mi, L. / Nishida, N. / Springer, T.A.
履歴
登録2009年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-X
B: Integrin beta-2
C: Integrin alpha-X
D: Integrin beta-2
E: Integrin alpha-X
F: Integrin beta-2
G: Integrin alpha-X
H: Integrin beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)797,56553
ポリマ－786,6058
非ポリマー10,96045
水543
1
A: Integrin alpha-X
B: Integrin beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,65913
ポリマ－196,6512
非ポリマー3,00811
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6210 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area75100 Å2
手法PISA
2
C: Integrin alpha-X
D: Integrin beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,13213
ポリマ－196,6512
非ポリマー2,48011
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6260 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area75460 Å2
手法PISA
3
E: Integrin alpha-X
F: Integrin beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,29413
ポリマ－196,6512
非ポリマー2,64311
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6190 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area75200 Å2
手法PISA
4
G: Integrin alpha-X
H: Integrin beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,48014
ポリマ－196,6512
非ポリマー2,82912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6630 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area84330 Å2
手法PISA
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area40750 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area294630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.664, 165.745, 537.676
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22
32
42
13
23
33
43
14
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34
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17
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37
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18
28
38
48
19
29
39
49
110
210
310
410
111
211
311
411
112
212
312
412
113
213
313
413
114
214
314
414

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 1:127 or resseq 330:595 or resseq 2005-2007)
211chain C and (resseq 1:127 or resseq 330:595 or resseq 2005-2007)
311chain E and (resseq 1:127 or resseq 330:595 or resseq 2005-2007)
411chain G and (resseq 1:127 or resseq 330:595 or resseq 2005-2007)
112chain A and (resseq 600:617 or resseq 627:723 or resseq 731:750 )
212chain C and (resseq 600:617 or resseq 627:723 or resseq 731:750 )
312chain E and (resseq 600:617 or resseq 627:723 or resseq 731:750 )
412chain G and (resseq 600:617 or resseq 627:723 or resseq 731:750 )
113chain A and (resseq 760:812 or resseq 827:902 )
213chain C and (resseq 762:812 or resseq 827:902 )
313chain E and (resseq 760:812 or resseq 827:902 )
413chain G and (resseq 760:812 or resseq 827:902 )
114chain A and (resseq 903:986 or resseq 995:1081 )
214chain C and (resseq 903:986 or resseq 995:1081 )
314chain E and (resseq 903:986 or resseq 995:1081 )
414chain G and (resseq 903:986 or resseq 995:1081 )
115chain B and (resseq 1:56 )
215chain D and (resseq 1:56 )
315chain F and (resseq 1:56 )
415chain H and (resseq 1:56 )
116chain B and (resseq 60:67 or resseq 73:99 or resseq 348:423 )
216chain D and (resseq 60:67 or resseq 73:99 or resseq 348:423 )
316chain F and (resseq 60:67 or resseq 73:99 or resseq 348:423 )
416chain H and (resseq 60:67 or resseq 73:99 or resseq 348:423 )
117chain B and (resseq 436:449 or resseq 456:461 )
217chain D and (resseq 436:449 or resseq 456:461 )
317chain F and (resseq 436:449 or resseq 456:461 )
417chain H and (resseq 436:449 or resseq 456:461 )
118chain B and (resseq 102:342 or resid 2002 )
218chain D and (resseq 102:342 or resid 2002 )
318chain F and (resseq 102:342 or resid 2002 )
418chain H and (resseq 102:342 or resid 2002 )
119chain B and (resseq 463:473 )
219chain D and (resseq 463:473 )
319chain F and (resseq 463:473 )
419chain H and (resseq 463:473 )
1110chain B and (resseq 475:512 )
2110chain D and (resseq 475:512 )
3110chain F and (resseq 475:512 )
4110chain H and (resseq 475:512 )
1111chain B and (resseq 516:550 )
2111chain D and (resseq 516:550 )
3111chain F and (resseq 516:550 )
4111chain H and (resseq 516:550 )
1112chain B and (resseq 555:592 )
2112chain D and (resseq 555:592 )
3112chain F and (resseq 555:592 )
4112chain H and (resseq 555:592 )
1113chain B and (resseq 593:597 )
2113chain D and (resseq 593:597 )
3113chain F and (resseq 593:597 )
4113chain H and (resseq 593:597 )
1114chain B and (resseq 600:673 )
2114chain D and (resseq 600:673 )
3114chain F and (resseq 600:673 )
4114chain H and (resseq 600:673 )

NCSアンサンブル:
ID
1
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3
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13
14

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Integrin alpha-X / Leukocyte adhesion glycoprotein p150 / 95 alpha chain / Leukocyte adhesion receptor p150 / 95 / Leu ...Leukocyte adhesion glycoprotein p150 / 95 alpha chain / Leukocyte adhesion receptor p150 / 95 / Leu M5 / CD11 antigen-like family member C


分子量: 120708.203 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 20-1103 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD11C, ITGAX / プラスミド: pcDNA3.1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHO Lec 3.2.8.1 / 参照: UniProt: P20702
#2: タンパク質
Integrin beta-2 / Cell surface adhesion glycoproteins LFA-1/CR3/p150 / 95 subunit beta / Complement receptor C3 subunit beta


分子量: 75942.992 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 23-700 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD18, ITGB2, MFI7 / プラスミド: pcEF1/puro
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHO Lec 3.2.8.1 / 参照: UniProt: P05107

-
糖 , 4種, 28分子

#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 20分子

#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.98 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.55M tri-sodium citrate, 0.05M MgCl2, 0.1M imidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97928 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: double crystal monochromator and K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.95→49.675 Å / Num. all: 117330 / Num. obs: 117330 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 94.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rsym value: 0.141 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 3.95→4.11 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 1.432 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 13342 / Rsym value: 1.432 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3K6S

3k6s


解像度: 3.95→49.675 Å / SU ML: 0.81 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3727 1021 0.87 %random
Rwork0.35 ---
all0.3502 117330 --
obs0.3502 117330 99.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 150.038 Å2 / ksol: 0.384 e/Å3
Refine analyzeLuzzati sigma a free: 0.81 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.95→49.675 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49498 0 690 3 50191
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00399985
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.643179760
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.44325247
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0457775
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00415815
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A5810X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C5810X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
13E5810X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
14G5808X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
21A2150X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22C2150X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
23E2150X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
24G2150X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
31A1915X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32C1915X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.011
33E1941X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.011
34G1941X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
41A2709X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42C2709X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
43E2709X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
44G2709X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
51B826X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52D826X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
53F826X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
54H826X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
61B1721X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
62D1721X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.031
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64H1721X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.031
71B284X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
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73F284X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.031
74H284X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.019
81B3752X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
82D3752X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.031
83F3752X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.032
84H3752X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.03
91B157X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
92D157X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
93F157X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
94H157X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
101B536X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
102D536X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
103F536X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.021
104H536X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
111B479X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
112D479X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
113F479X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
114H479X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
121B568X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
122D568X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
123F568X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
124H568X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.016
131B57X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
132D57X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
133F57X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.017
134H57X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
141B1114X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
142D1114X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.011
143F1114X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.038
144H1114X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.037
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.95-4.15820.42441480.399216404X-RAY DIFFRACTION99
4.1582-4.41850.44611160.383716411X-RAY DIFFRACTION99
4.4185-4.75950.36441560.350516500X-RAY DIFFRACTION99
4.7595-5.23790.38371250.307116525X-RAY DIFFRACTION99
5.2379-5.99480.32221470.305816634X-RAY DIFFRACTION100
5.9948-7.54850.33121680.296416705X-RAY DIFFRACTION100
7.5485-49.67850.2611610.262917130X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined-0.0930.0623-0.0533-0.059-0.0411-0.04480.35150.1975-1.5416-0.7392-0.23290.08390.5962-0.31330.00012.13590.45770.04581.5522-0.34291.5689-23.443764.88569.4933
2-0.43760.0675-0.2078-0.1119-0.013-0.31450.32890.3886-0.101-0.4418-0.3518-0.20590.12650.2561-0.00031.91060.10940.15490.7094-0.12131.0169
3-0.43610.24770.2063-0.2224-0.3487-0.1506-0.0732-0.17560.11960.53640.0394-0.31440.26080.1308-00.9418-0.0306-0.1331.59640.01280.853
4-0.28060.112-0.1764-0.6466-0.23680.0315-0.1302-0.30540.14460.27380.31570.2564-0.0123-0.0935-00.8422-0.03980.16021.7365-0.03290.9734
5-0.4039-0.06520.2658-0.3322-0.0666-0.13030.23390.18050.3523-0.2036-0.2726-0.03950.00580.0023-01.5566-0.04130.09580.52460.07450.697
60.53740.298-0.7076-0.1021-0.29390.5051-0.0562-0.39380.05-0.491-0.2669-0.13030.41390.5398-0.020.76070.14690.14410.2377-0.13290.9679
70.00770.2571-0.78040.3933-0.34661.93530.1944-0.4314-0.0525-0.17050.0131-0.13770.98050.2907-0.02-0.6345-0.1626-0.17570.7610.13460.9032
80.1485-0.58770.81920.7521-0.23090.3763-0.3338-0.47790.196-0.02180.3290.0232-0.3458-0.2764-0.0296-0.7636-0.28440.06110.7778-0.21161.0586
90.51580.68811.03350.67790.40520.5746-0.16290.0574-0.1254-0.4310.0534-0.3393-0.4899-0.6568-0.1201-1.1264-0.0658-0.15830.23460.10720.9263
102.3111-1.2503-0.05480.58340.14840.20780.45230.4054-0.4616-0.09-0.5003-0.0606-0.2750.34260.2996-0.6594-0.91180.26650.1220.10680.6694
112.54160.01550.741.64510.07390.8059-0.90090.0853-0.32150.12940.4334-0.6279-0.240.0758-0.717-1.3086-1.02880.1707-1.0090.41560.9102
121.9338-0.2279-0.63840.7580.42751.3727-0.6661-0.32510.25120.11510.35690.7397-0.17240.4514-0.6676-1.202-1.6689-0.2425-0.9702-0.53570.6656
131.8111-0.37580.39780.2002-0.0403-0.0550.10970.36060.6278-0.0513-0.61280.1876-0.09250.07090.1734-1.6378-1.5777-1.1106-0.2821-0.54040.2892
140.0912-0.3048-0.14760.192-0.1514-0.0008-0.653-0.3474-0.867-0.74830.2259-0.00810.07270.0649-0.00341.2662-0.07390.27280.5462-0.05540.506
150.3836-0.2055-0.01730.1655-0.13080.1992-0.0678-1.1107-0.1015-0.3772-0.6501-0.6815-0.3185-0.1609-0.07580.7930.05380.15951.0680.19360.445
160.2433-0.34770.22630.11890.14860.10630.0577-1.0821-0.1022-0.5112-0.55950.83110.1716-0.522-0.02470.6846-0.06250.03041.4333-0.26730.1661
170.0426-0.10590.28960.02030.23450.0773-0.85310.07370.8132-0.63490.25320.2543-0.05560.3642-0.01431.3614-0.2497-0.10070.66020.04270.6052
18-0.0376-0.02770-0.01750.05010.00930.16120.0249-0.1284-0.4479-0.1618-0.0834-0.0075-0.3172-02.77710.31750.31311.5931-0.23591.6124
19-0.0310.00860.0093-0.0121-0.01160.0271-0.1047-0.7444-0.0722-0.00920.0979-0.1954-0.33050.2938-0.00012.33770.57980.13361.8230.28421.6533
20-0.0063-0.008-0.035-0.02750.00330.0065-0.3375-0.47160.06350.11830.06270.08170.3092-0.16290.00012.00290.16910.23012.02670.15652.1342
21-0.0435-0.0262-0.0392-0.0074-0.05060.0256-0.14990.04580.0129-0.702-0.3166-0.1198-0.28770.2054-0.00012.55360.3264-0.21041.8316-0.02171.4216
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230.01440.01270.02110.01990.0749-0.0008-0.17190.054-0.07760.28430.177-0.09510.14320.181-01.27980.2115-0.22522.04130.2161.3594
240.0228-0.0149-0.047-0.04570.05560.0023-0.54110.0352-0.02110.2964-0.01380.0831-0.2071-0.4113-0.00011.21990.33330.27042.1011-0.41191.9447
25-0.0322-0.07950.0509-0.00760.00110.04450.60810.20820.1505-0.2093-0.4594-0.0025-0.43510.259402.08120.1495-0.22290.65480.27151.1073
260.00430.03830.02140.01190.00560.01870.12040.4287-0.37990.1749-0.10.2208-0.04280.2756-0.00022.7726-0.47950.2331.42280.43592.1191
27-0.0167-0.0282-0.013-0.0328-0.0109-0.0017-0.02440.10840.00810.49920.1464-0.27010.21860.089801.9164-0.56330.37982.7413-0.09582.0377
28-0.0025-0.0141-0.0122-0.0152-0.00040.02030.02030.0902-0.1777-0.06240.12010.03380.11280.0938-0.00021.9709-0.1548-0.34682.24120.25071.8016
290.00090.01870.00290.02850.0171-0.00270.33130.38280.3922-0.03840.202-0.32920.06330.13180.00012.2247-0.17520.21681.3517-0.40412
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330.21520.1197-0.30140.2646-0.14440.063-0.5084-0.2831-0.3455-0.62810.72340.2887-0.0160.2050.02332.32090.26440.01391.310.3330.6969
340.0089-0.06310.0146-0.01410.0249-0.0210.5295-0.0303-0.101-0.43420.18730.22250.0811-0.01420.00042.2866-0.35410.2510.6674-0.03091.5323
35-0.0256-0.0450.0912-0.00980.0042-0.01270.0049-1.3770.39840.17170.2862-0.3413-0.0464-0.07980.00020.5086-0.2088-0.15321.59660.17231.3067
36-0.0167-0.058-0.03250.03960.0438-0.03890.2755-0.5482-0.11060.1270.27670.0104-0.1568-0.00550.0006-0.0573-0.02750.06741.25-0.21431.4057
37-0.0104-0.0325-0.0081-0.022-0.0173-0.02180.7039-0.06880.252-0.75230.1606-0.34380.1045-0.41910.00051.6937-0.2877-0.05020.6828-0.03281.1517
38-0.02260.08660.02810.05460.03020.1820.23820.02690.01080.11850.15330.05890.0729-0.21210.18651.5751-0.64210.11581.08670.15471.6076
390.01950.12170.1105-0.01270.08860.1920.2838-0.08170.1360.07410.0835-0.1417-0.14910.19140.25390.934-0.43310.16591.39310.08271.9434
40-0.0429-0.00750.02060.0943-0.1144-0.1-0.06280.0984-0.216-0.13480.10910.02830.2611-0.2026-0.05311.3314-0.4901-0.21551.5749-0.11021.6694
41-0.02540.03730.0914-0.0640.06560.23840.14920.16820.00260.10970.2603-0.2326-0.03550.28210.08551.4465-0.4990.08191.0055-0.25261.2292
420.03180.01050.0346-0.01940.01360.0161-0.0557-0.04420.3129-0.11050.089-0.0376-0.1615-0.138501.51080.08590.2870.88140.03451.7289
43-0.0122-0.01760.01120.03850.02660.0009-0.20030.2059-0.0179-0.2258-0.0202-0.06260.1316-0.1416-0.00011.77370.06560.08071.50080.41291.9544
44-0.00950.0033-0.00920.0438-0.0114-0.008-0.03190.15290.1016-0.16330.0251-0.1142-0.11820.237-01.6675-0.05350.02741.5538-0.30551.7558
450.0252-0.02640.00620.0002-0.01990.00050.140.0373-0.26120.0754-0.05460.10670.0318-0.486501.5983-0.1188-0.05281.5342-0.01881.7541
46-0.02460.04410.0250.06620.12290.05920.0086-0.0466-0.10760.2789-0.1887-0.3546-0.1698-0.5654-01.3009-0.09680.15330.89570.08180.7604
470.0292-0.01990.0527-0.04060.01090.05480.1020.2702-0.32060.40610.22890.056-0.0980.09150.00011.4088-0.1415-0.12761.35850.33881.0617
480.050.0113-0.0089-0.05510.01330.03730.15640.14420.61490.22940.0086-0.02360.0959-0.21320.00011.7166-0.08230.14081.4357-0.50471.2637
49-0.05040.0362-0.00320.085-0.07570.04860.0641-0.17110.14090.5878-0.31840.7906-0.17670.3744-0.00131.4669-0.0335-0.38631.42180.0631.3528
精密化 TLSグループSelection details: chain H and resseq 600:676

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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