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- PDB-3k1b: Structure of OmpF porin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k1b
タイトルStructure of OmpF porin
要素Outer membrane protein F
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / OmpF porin / FOSCHOLINE-12 / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Structures of Membrane Proteins / CSMP / Cell membrane (細胞膜) / Cell outer membrane / Ion transport / Membrane (生体膜) / Phage recognition / Porin (ポリン (タンパク質)) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Transport / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


colicin transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel complex / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion transmembrane transport / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane / disordered domain specific binding / monoatomic ion channel activity ...colicin transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel complex / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion transmembrane transport / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane / disordered domain specific binding / monoatomic ion channel activity / lipid binding / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Porin domain, Gram-negative type / Gram-negative porin / Porin, Gram-negative type / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane porin F
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.39 Å
データ登録者Kefala, G. / Ahn, C. / Krupa, M. / Maslennikov, I. / Kwiatkowski, W. / Choe, S. / Center for Structures of Membrane Proteins (CSMP)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Structures of the OmpF porin crystallized in the presence of foscholine-12.
著者: Kefala, G. / Ahn, C. / Krupa, M. / Esquivies, L. / Maslennikov, I. / Kwiatkowski, W. / Choe, S.
履歴
登録2009年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein F
B: Outer membrane protein F
C: Outer membrane protein F
D: Outer membrane protein F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,4574
ポリマ－148,4574
非ポリマー00
水0
1
A: Outer membrane protein F
B: Outer membrane protein F
C: Outer membrane protein F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,3433
ポリマ－111,3433
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8840 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area40820 Å2
手法PISA
2
D: Outer membrane protein F

D: Outer membrane protein F

D: Outer membrane protein F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,3433
ポリマ－111,3433
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area8880 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area39540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)215.529, 215.529, 137.465
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質
Outer membrane protein F / Porin ompF / Outer membrane protein 1A / Outer membrane protein IA / Outer membrane protein B


分子量: 37114.250 Da / 分子数: 4 / 断片: sequence database residues 1-340 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P02931

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 3.9
詳細: 0.48 sodium phosphate monobasic, 0.72 M potassium phosphate monobasic, 0.1 M acetate pH 3.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月12日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.4→50 Å / Num. obs: 23572 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.211 / Rsym value: 0.211 / Net I/σ(I): 7.778
反射 シェル解像度: 4.4→4.48 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 137454 / Rsym value: 0.512 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
BALBES位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2OMF

2omf


解像度: 4.39→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.796 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.761 / SU B: 53.658 / SU ML: 0.668 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 1.011 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32887 1211 5.1 %RANDOM
Rwork0.26366 ---
obs0.26695 22361 99 %-
all-22361 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 126.423 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.41 Å2-2.71 Å20 Å2
2---5.41 Å20 Å2
3---8.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.39→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10508 0 0 0 10508
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.02210723
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.8571.93114506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.78451354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.64424.991583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg25.659151599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.8411544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.170.21471
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.028620
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7531.56618
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.513210445
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9434105
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4654.54061
LS精密化 シェル解像度: 4.394→4.508 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 71 -
Rwork0.28 1621 -
obs--98.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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