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- PDB-3k1a: Insights into substrate binding at FeMo-cofactor in nitrogenase f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k1a
タイトルInsights into substrate binding at FeMo-cofactor in nitrogenase from the structure of an alpha-70Ile MoFe protein variant
要素(Nitrogenase molybdenum-iron protein ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NITROGEN FIXATION (窒素固定) / MoFe protein / nitrogenase (ニトロゲナーゼ) / isoleucine (イソロイシン) / proton reduction / nitrogen (窒素) / acetylene (アセチレン) / hydride reduction / ATP-binding / Iron (鉄) / Iron-sulfur (鉄硫黄タンパク質) / Metal-binding / Nucleotide-binding / Molybdenum (モリブデン)
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdenum-iron nitrogenase complex / ニトロゲナーゼ / carbonyl sulfide nitrogenase activity / nitrogenase activity / 窒素固定 / iron-sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4 / Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4 / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3364) / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. ...Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4 / Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4 / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3364) / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. / Nitrogenase/oxidoreductase, component 1 / Nitrogenase component 1 type Oxidoreductase / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Up-down Bundle / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE(7)-MO-S(9)-N CLUSTER / FE(8)-S(7) CLUSTER / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Peters, J.W. / Sarma, R. / Barney, B.M. / Keable, S. / Seefeldt, L.C. / Dean, D.R.
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2010
タイトル: Insights into substrate binding at FeMo-cofactor in nitrogenase from the structure of an alpha-70(Ile) MoFe protein variant
著者: Sarma, R. / Barney, B.M. / Keable, S. / Dean, D.R. / Seefeldt, L.C. / Peters, J.W.
履歴
登録2009年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain
B: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
C: Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain
D: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,71512
ポリマ－229,3014
非ポリマー3,4148
水14,952830
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28710 Å2
ΔGint-163.8 kcal/mol
Surface area58150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.019, 129.458, 107.088
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Nitrogenase molybdenum-iron protein ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase component I / Dinitrogenase


分子量: 55245.875 Da / 分子数: 2 / 変異: V70I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定)
遺伝子: nifDK, nifK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07328, ニトロゲナーゼ
#2: タンパク質 Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Nitrogenase component I / Dinitrogenase


分子量: 59404.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定)
遺伝子: nifD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07329, ニトロゲナーゼ

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非ポリマー , 5種, 838分子

#3: 化合物 ChemComp-HCA / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / (2R)-2-ヒドロキシ-1,2,4-ブタントリカルボン酸


分子量: 206.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O7
#4: 化合物 ChemComp-CFN / FE(7)-MO-S(9)-N CLUSTER


分子量: 789.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe7MoNS9
#5: 化合物 ChemComp-CLF / FE(8)-S(7) CLUSTER


分子量: 671.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe8S7
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 830 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: liquid diffusion / pH: 8
詳細: 30% PEG 4000, 100mM Tris-HCl pH 8.0, 170-190mM Sodium molybdate and 1mM Dithionite, LIQUID DIFFUSION, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.89 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月21日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.89 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→50 Å / Num. obs: 187881 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.23→2.33 Å / 冗長度: 3.5 % / Num. unique all: 18797 / Rsym value: 0.233

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2MIN

2min


解像度: 2.23→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 8.233 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.39 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The Friedel pairs were used in phasing. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25433 4778 5 %RANDOM
Rwork0.20449 ---
obs0.207 90665 98.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.399 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.66 Å20 Å20.38 Å2
2--0.23 Å20 Å2
3----1.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15778 0 96 830 16704
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02216354
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0211219
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.2261.97722335
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.279327295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.81151973
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.46924.108757
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.597152844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.5931591
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.22323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0217974
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023329
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.23803
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1910.212772
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.27989
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.27994
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2834
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.2370.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1670.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2130.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2310.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.29610205
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.37264030
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.138815829
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.386157220
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.743306116
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.29 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 320 -
Rwork0.273 5447 -
obs--80.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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