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- PDB-3jyc: Crystal structure of the eukaryotic strong inward-rectifier K+ ch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jyc
タイトルCrystal structure of the eukaryotic strong inward-rectifier K+ channel Kir2.2 at 3.1 Angstrom resolution
要素Inward-rectifier K+ channel Kir2.2
キーワードMETAL TRANSPORT / a transmembrane pore and a cytoplasmic pore
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of G protein gated Potassium channels / Classical Kir channels / Phase 4 - resting membrane potential / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / inward rectifier potassium channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / monoatomic ion channel complex / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion transport / protein homotetramerization ...Activation of G protein gated Potassium channels / Classical Kir channels / Phase 4 - resting membrane potential / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / inward rectifier potassium channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / monoatomic ion channel complex / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion transport / protein homotetramerization / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, inwardly rectifying, Kir2.2 / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, N-terminal / Inward rectifier potassium channel N-terminal / G protein-activated inward rectifier potassium channel 1 / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain ...Potassium channel, inwardly rectifying, Kir2.2 / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, N-terminal / Inward rectifier potassium channel N-terminal / G protein-activated inward rectifier potassium channel 1 / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Helix Hairpins - #70 / Helix Hairpins / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 12
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Tao, X.
引用ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the eukaryotic strong inward-rectifier K+ channel Kir2.2 at 3.1 A resolution.
著者: Tao, X. / Avalos, J.L. / Chen, J. / MacKinnon, R.
履歴
登録2009年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inward-rectifier K+ channel Kir2.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5576
ポリマ－39,3621
非ポリマー1955
水0
1
A: Inward-rectifier K+ channel Kir2.2
ヘテロ分子

A: Inward-rectifier K+ channel Kir2.2
ヘテロ分子

A: Inward-rectifier K+ channel Kir2.2
ヘテロ分子

A: Inward-rectifier K+ channel Kir2.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,22924
ポリマ－157,4474
非ポリマー78220
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1,x,z1
crystal symmetry operation4_545y,-x-1,z1
Buried area20060 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area59480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.018, 84.018, 196.121
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

K

21A-502-

K

31A-503-

K

41A-504-

K

51A-505-

K

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要素

#1: タンパク質 Inward-rectifier K+ channel Kir2.2


分子量: 39361.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: Kir2.2 / プラスミド: pPICZ-B / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1163 His+ / 参照: UniProt: F1NHE9*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
構成要素の詳細THE ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES 61-69 IS NOT OBSERVED EVEN THOUGH THESE AMINO ACIDS ARE PRESENT ...THE ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES 61-69 IS NOT OBSERVED EVEN THOUGH THESE AMINO ACIDS ARE PRESENT IN THE CONSTRUCT. THE PROTEIN IS A TETRAMER WHICH CAN BE GENERATED BY THE CRYSTAL SYMMETRY (DESCRIBED IN REMARK 350) AND THE LACK OF DENSITY FOR RESIDUES 61-69 ALLOWS FOR TWO POSSIBLE CONNECTIVITIES. GIVEN THE DISTANCES RESIDUES 43-60 MOST LIKELY CONNECT TO RESIDUES 70-372 OF A NEIGHBORING SUBUNIT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.03 %
結晶化温度: 277.1 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 7-20% PEG 400, 0.5M sodium or potassium chloride, 50mM Buffer, pH 6-9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.1K
PH範囲: 6-9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 12122 / Num. obs: 12122 / 冗長度: 5.4 % / Rsym value: 0.068
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.736

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.2精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry: 1U4F

1u4f


解像度: 3.11→49.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 1477087.57 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 609 5 %RANDOM
Rwork0.242 ---
obs0.242 12122 99.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 75.9165 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 113.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å20 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.14 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.42 Å
Luzzati d res low-4 Å
Luzzati sigma a0.95 Å0.72 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.11→49.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2544 0 5 0 2549
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.481.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.652
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.532
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.332.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.054 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 55 5.1 %
Rwork0.356 1022 -
obs--88.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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