PDB-3jwp: Crystal structure of Plasmodium falciparum SIR2A (PF13_0152) in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3jwp

タイトル

Crystal structure of Plasmodium falciparum SIR2A (PF13_0152) in complex with AMP

要素

Transcriptional regulatory protein sir2 homologue

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) /

malaria (マラリア) /

transcription regulation /

structural genomics (構造ゲノミクス) /

Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-malonyllysine demalonylase activity / protein-succinyllysine desuccinylase activity / NAD-dependent histone deacetylase activity / chromatin silencing complex / telomere capping /

NAD+ binding /

転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの /

transferase activity /

chromosome, telomeric region /

核小体 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Lin, Y.H. / MacKenzie, F. / Senisterra, G. / Allali-Hassanali, A. / Vedadi, M. / Ravichandran, M. / Cossar, D. / Kozieradzki, I. ...

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of Plasmodium falciparum SIR2A (PF13_0152) in complex with AMP
著者: Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Lin, Y.H. / MacKenzie, F. / Senisterra, G. / Allali-Hassanali, A. / Vedadi, M. / Ravichandran, M. / Cossar, D. / Kozieradzki, I. / Zhao, Y. / Schapira, M. / ...

履歴

登録	2009年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3jwp.cif.gz	59 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3jwp.ent.gz	46.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3jwp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/3jwp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/3jwp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6rh8-d 6rh2-d 2wye-d 6rh0-d 3dge-d 6l8e-2 6rfv-d 6rh1-d 2wyd-d 2y96-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (6) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (6)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcriptional regulatory protein sir2 homologue

ヘテロ分子

30.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcriptional regulatory protein sir2 homologue

ヘテロ分子

A: Transcriptional regulatory protein sir2 homologue

ヘテロ分子

A: Transcriptional regulatory protein sir2 homologue

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
90.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.564, 106.564, 44.968
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	168
Space group name H-M	P6

#1: タンパク質	Transcriptional regulatory protein sir2 homologue 分子量: 29623.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: PF13_0152, Sir2 / プラスミド: pet15MLH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Pet15 / 参照: UniProt: Q8IE47
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.56 %
結晶化	詳細: 17 % PEG 3350, 0.1 M NaCitrate pH 5.7, 0.1 mM beta-OG, 2.6 mM AMP, 2.6 mM peptide(SGRGKacGGKacGLGKacGGAKacRHR)

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	CHESS	A1	1	0.978
シンクロトロン	CHESS	A1	2	0.978

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 210	1	CCD	2009年5月1日
ADSC QUANTUM 210	2	CCD	2009年5月1日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

波長: 0.978 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 14.9 % / Av σ(I) over netI: 32.77 / 数: 131157 / R_merge(I) obs: 0.064 / Χ²: 1.39 / D res high: 2.63 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 8831 / % possible obs: 99.5

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
7.13	50	99.2	1	0.048	1.37	14.7
5.66	7.13	100	1	0.056	1.742	15.6
4.95	5.66	100	1	0.056	1.419	15.9
4.5	4.95	100	1	0.054	1.55	16
4.17	4.5	100	1	0.053	2.166	16
3.93	4.17	100	1	0.058	2.36	16.2
3.73	3.93	100	1	0.066	2.041	16.1
3.57	3.73	100	1	0.08	1.682	16.2
3.43	3.57	100	1	0.087	1.538	16.3
3.31	3.43	100	1	0.109	1.246	16.1
3.21	3.31	100	1	0.137	1.194	16.1
3.12	3.21	100	1	0.168	1.167	16.3
3.04	3.12	100	1	0.229	1.028	16.2
2.96	3.04	100	1	0.287	1.023	16.3
2.89	2.96	100	1	0.447	0.978	15.9
2.83	2.89	100	1	0.525	0.919	14.1
2.78	2.83	100	1	0.589	0.913	13.3
2.72	2.78	100	1	0.741	0.867	12
2.68	2.72	99.8	1		0.843	9.9
2.63	2.68	92	1		0.861	7.1

反射

解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 10263 / Num. obs: 10243 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 81.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.094 / R_sym value: 0.078 / Χ²: 1.932 / Net I/σ(I): 8.9

反射シェル

解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.936 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique all: 410 / R_sym value: 0.914 / Χ²: 1.283 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
Adxv		data processing
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.65→34.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / WR_factor R_free: 0.262 / WR_factor R_work: 0.197 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.79 / SU B: 28.57 / SU ML: 0.294 / SU R Cruickshank DPI: 1.115 / SU R_free: 0.36 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.115 / ESU R Free: 0.36 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.274	406	4.7 %	RANDOM
R_work	0.206	-	-	-
all	0.209	8666	-	-
obs	0.209	8584	99.05 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.27 Å² / B_iso mean: 33.138 Å² / B_iso min: 9.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.13 Å²	0.07 Å²	0 Å²
2-	-	0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→34.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1888	0	34	3	1925

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	1958
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1222
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.103	1.966	2670
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.814	3.001	3010
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.389	5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.069	25.652	69
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.001	15	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.986	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	324
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2164
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	361
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.285	1.5	1266
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.041	1.5	517
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.538	2	2038
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.798	3	692
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.304	4.5	632

LS精密化シェル

解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.325	33	-
R_work	0.29	582	-
all	-	615	-
obs	-	582	97.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1401	-1.2886	-0.2505	4.9507	1.6356	5.2181	0.0717	0.3141	-0.7747	-0.5002	-0.106	-0.474	0.5399	0.2964	0.0343	0.382	0.0641	0.1151	0.1997	-0.0431	0.4113	-35.714	9.549	-27.4797
2	7.2913	1.3145	0.8892	8.0622	0.6072	2.9663	0.5843	-1.0524	-0.2055	0.2846	-0.5975	0.2241	0.0784	-0.0472	0.0132	0.2022	-0.1056	0.0286	0.4877	-0.011	0.1942	-41.0729	27.4003	-2.9355
3	3.6555	-2.181	1.7933	8.5221	10.3225	8.5793	0.1096	-0.4142	-0.2133	0.248	0.7843	-1.1594	0.0557	1.249	-0.8939	0.4979	-0.1535	0.115	0.506	0.115	0.6842	-26.1583	19.2492	-13.6769
4	5.2706	-1.6834	0.5059	5.8225	2.2399	7.9474	-0.2339	0.063	-0.0886	-0.2023	0.3	-0.8524	-0.0274	0.1754	-0.0662	0.2317	-0.0488	0.0831	0.2151	0.0733	0.3664	-31.4506	24.6831	-20.5978
5	5.1488	2.3477	0.4348	4.2301	0.0515	0.6959	0.2743	-0.2127	-0.2887	0.1426	-0.5077	-0.1446	0.1301	0.064	0.2334	0.2431	-0.0539	0.0148	0.4287	-0.0238	0.2671	-31.5057	38.5751	-6.6726
6	5.4909	-0.1383	1.6489	4.6958	0.0173	5.4067	0.0224	0.353	-0.011	-0.4602	0.0473	-0.2605	-0.2804	-0.3713	-0.0698	0.2883	-0.0114	0.0979	0.2344	0.0606	0.1984	-43.0261	21.4643	-27.5639
7	6.8091	-0.581	0.7184	5.272	-1.0439	6.0772	-0.1231	-0.2012	-1.0037	-0.4602	0.1701	-0.1573	0.8088	-0.043	-0.047	0.524	-0.0464	0.0552	0.1695	-0.0425	0.4648	-36.799	7.6769	-23.8438

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	35 - 72
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	73 - 97
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	98 - 128
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	129 - 174
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	175 - 222
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	223 - 258

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