[日本語] English
万見
- PDB-3jq4: The structure of the complex of the large ribosomal subunit from ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jq4
タイトルThe structure of the complex of the large ribosomal subunit from D. Radiodurans with the antibiotic lankacidin
要素
  • 23S ribosomal RNA23SリボソームRNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
キーワードRNA (リボ核酸) / Ribosome structure / antibiotics (抗生物質) / lankacidin / lankamycin / protein synthesis (タンパク質生合成) / inhibitors / synergism (共働) / macrolide (マクロライド)
機能・相同性Chem-LC2 / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000)
機能・相同性情報
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.52 Å
データ登録者Auerbach-Nevo, T. / Mermershtain, I. / Davidovich, C. / Bashan, A. / Rozenberg, H. / Yonath, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: The structure of ribosome-lankacidin complex reveals ribosomal sites for synergistic antibiotics
著者: Auerbach, T. / Mermershtain, I. / Davidovich, C. / Bashan, A. / Belousoff, M. / Wekselman, I. / Zimmerman, E. / Xiong, L. / Klepacki, D. / Arakawa, K. / Kinashi, H. / Mankin, A.S. / Yonath, A.
履歴
登録2009年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月19日Group: Structure summary
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 23S ribosomal RNA
B: 5S ribosomal RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)971,8943
ポリマ－971,4352
非ポリマー4601
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area407440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.8, 410.3, 694.4
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

#1: RNA鎖 23S ribosomal RNA / 23SリボソームRNA


分子量: 933405.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 株: R1 / 参照: GenBank: 11612676
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38029.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 株: R1 / 参照: GenBank: 11612676
#3: 化合物 ChemComp-LC2 / N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide / Lankacidin C / ランカシジン


分子量: 459.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H33NO7

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: ETHANOL, DIMETHYL HEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID11.033201
シンクロトロンESRF ID23-220.873
検出器
タイプID検出器
ADSC QUANTUM 3151CCD
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0332011
20.8731
反射解像度: 3.5→40 Å / Num. all: 293734 / Num. obs: 271411 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Rsym value: 0.163 / Net I/σ(I): 7.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
CCP4モデル構築
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1NKW

1nkw


解像度: 3.52→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 11982034.28 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.325 12314 5 %RANDOM
Rwork0.268 ---
obs0.268 248571 89.8 %-
all-276846 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: -12.7962 Å2 / ksol: 0.15 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 111.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--32.14 Å20 Å20 Å2
2--81.81 Å20 Å2
3----49.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.52→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 61852 33 0 61885
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramLAN_2007082nd_iter.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramdna-rna-allatom.top
X-RAY DIFFRACTION4LAN_2007082nd_iter.parion.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る