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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 3j96
タイトルStructure of 20S supercomplex determined by single particle cryoelectron microscopy (State I)
構成要素
  • Alpha-soluble NSF attachment protein
  • Synaptosomal-associated protein 25SNAP25
  • Syntaxin-1A
  • Vesicle-associated membrane protein 2Vesicle-associated membrane protein
  • Vesicle-fusing ATPase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / vesicle trafficking (小胞)
機能・相同性AAA+ lid domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / Synaptobrevin / Syntaxin / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / Vesicle-fusing ATPase / Synaptosomal-associated protein 25 / CDC48 domain 2-like superfamily / Vesicle-associated membrane protein 2 ...AAA+ lid domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / Synaptobrevin / Syntaxin / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / Vesicle-fusing ATPase / Synaptosomal-associated protein 25 / CDC48 domain 2-like superfamily / Vesicle-associated membrane protein 2 / Syntaxin 1A / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Synaptobrevin/Vesicle-associated membrane protein / SNARE / SNARE domain / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Syntaxin/epimorphin, conserved site / Syntaxin, N-terminal domain / CDC48, domain 2 / ATPase, AAA-type, conserved site / ATPase, AAA-type, core / AAA+ ATPase domain / CDC48, N-terminal subdomain / Synaptobrevin / SNAP-25 / NSF attachment protein / Target SNARE coiled-coil homology domain / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / SNAP-25 family / Synaptobrevin signature. / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / Clathrin-mediated endocytosis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Intra-Golgi traffic / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / LGI-ADAM interactions / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Lysosome Vesicle Biogenesis / Clathrin derived vesicle budding / Other interleukin signaling / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / v-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / AAA-protein family signature. / Syntaxin / epimorphin family signature. / COPII-mediated vesicle transport / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / soluble NSF attachment protein activity / SNARE complex disassembly / regulation of delayed rectifier potassium channel activity / storage vacuole / exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / myosin head/neck binding / regulation of synaptic vesicle priming / anchored component of presynaptic membrane / zymogen granule membrane / growth hormone secretion / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / neurotransmitter transport / positive regulation of norepinephrine secretion / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / presynaptic active zone membrane / positive regulation of catecholamine secretion / SNARE complex assembly / synaptic vesicle docking / regulation of synaptic vesicle recycling / synaptic vesicle priming / intracellular organelle / positive regulation of neurotransmitter secretion / apical protein localization / protein-containing complex disassembly / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / regulation of synapse assembly / vesicle docking / vesicle-fusing ATPase / Golgi to plasma membrane protein transport / protein localization to membrane / chloride channel inhibitor activity / vesicle fusion / response to gravity / integral component of synaptic vesicle membrane / positive regulation of hormone secretion / SNAP receptor activity / 睡眠 / positive regulation of ATPase activity / synaptic vesicle exocytosis / regulation of exocytosis / regulation of neuron projection development / SNARE complex / positive regulation of receptor recycling / positive regulation of intracellular protein transport / membrane fusion
機能・相同性情報
試料の由来Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
実験手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 7.6 Å 分解能
データ登録者Zhao, M. / Wu, S. / Cheng, Y. / Brunger, A.T.
引用ジャーナル: Nature / : 2015
タイトル: Mechanistic insights into the recycling machine of the SNARE complex.
著者: Minglei Zhao / Shenping Wu / Qiangjun Zhou / Sandro Vivona / Daniel J Cipriano / Yifan Cheng / Axel T Brunger
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2014年12月5日 / 公開: 2015年1月28日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02015年1月28日Structure modelrepositoryInitial release
1.12015年2月11日Structure modelDatabase references
1.22018年7月18日Structure modelData collectionem_image_scans / em_software_em_software.image_processing_id / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6206
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vesicle-fusing ATPase
B: Vesicle-fusing ATPase
C: Vesicle-fusing ATPase
D: Vesicle-fusing ATPase
E: Vesicle-fusing ATPase
F: Vesicle-fusing ATPase
G: Alpha-soluble NSF attachment protein
H: Alpha-soluble NSF attachment protein
I: Alpha-soluble NSF attachment protein
J: Alpha-soluble NSF attachment protein
K: Vesicle-associated membrane protein 2
L: Syntaxin-1A
M: Synaptosomal-associated protein 25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)667,28213
ポリマ-667,28213
非ポリマ-00
0
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1

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構成要素

#1: タンパク質・ペプチド
Vesicle-fusing ATPase / / N-ethylmaleimide-sensitive fusion protein / NEM-sensitive fusion protein / Vesicular-fusion protein NSF / N-ethylmaleimide sensitive factor


分子量: 82907.430 Da / 分子数: 6
由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
遺伝子: NSF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18708, vesicle-fusing ATPase
#2: タンパク質・ペプチド
Alpha-soluble NSF attachment protein / SNAP-alpha / N-ethylmaleimide-sensitive factor attachment protein alpha / alpha-SNAP


分子量: 33377.793 Da / 分子数: 4 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Napa, Snap, Snapa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54921
#3: タンパク質・ペプチド Vesicle-associated membrane protein 2 / Vesicle-associated membrane protein / VAMP-2 / Synaptobrevin-2


分子量: 7231.061 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-89 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Vamp2, Syb2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63045
#4: タンパク質・ペプチド Syntaxin-1A / Neuron-specific antigen HPC-1 / Synaptotagmin-associated 35 kDa protein / P35A


分子量: 7837.957 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 191-256 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stx1a, Sap / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32851
#5: タンパク質・ペプチド Synaptosomal-associated protein 25 / SNAP25 / SNAP-25 / Super protein / SUP / Synaptosomal-associated 25 kDa protein


分子量: 21256.855 Da / 分子数: 1 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Snap25, Snap / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60881*PLUS

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実験情報

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実験

実験実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Parent ID
120S supercomplex consisting of truncated neuronal SNARE complex, alpha-SNAP, and N-ethylmaleimide sensitive factor (NSF)RIBOSOMEOne hexamer of NSF + four alpha-SNAP molecules + one SNARE complex0
2N-ethylmaleimide sensitive factor1
3alpha Soluble NSF Attachment Protein1
4Syntaxin-1A1
5Synaptobrevin-21
6Synaptosomal-associated protein 251
分子量: 0.66 MDa / 実験値: NO
緩衝液名称: 50 mM Tris-Cl, 150 mM NaCl, 1 mM AMPPNP, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.05% v/v Nonident P-40
詳細: 50 mM Tris-Cl, 150 mM NaCl, 1 mM AMPPNP, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.05% v/v Nonident P-40
pH: 8
試料濃度: 15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Holey carbon on top of 400 mesh copper grid
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 温度: 90 K / 湿度: 100 %
詳細: Blot for 3.5 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I).
実験手法: Blot for 3.5 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI POLARA 300 / 日付: 2014年1月28日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 31000 / 最大 デフォーカス(公称値): -2800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -1800 nm / Cs: 2.3 mm / カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダのモデル: OTHER / 試料ホルダのタイプ: unspecified
撮影電子線照射量: 44 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k)
放射Diffraction protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic or laue m l: M / Scattering type: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1PHENIXmodel fitting
2UCSF Chimeramodel fitting
3RELION3D reconstruction
CTF補正詳細: Each particle
対称性点対称性: C1
3次元再構成分解能: 7.6 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29717 / ピクセルサイズ(公称値): 2.4312 / ピクセルサイズ(実際の値): 2.4312
詳細: (Single particle details: 3D classification, refinement, and reconstruction were performed using RELION) (Single particle--Applied symmetry: C1)
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築詳細: REFINEMENT PROTOCOL--flexible DETAILS--D2 domain of NSF was from crystal structure 1NSF. D1 domain of NSF was from related entry EMD-6204. N domain of NSF was from crystal structure 1QCS. aSNAP was a homology model. SNARE complex was from crystal structure 1N7S.
精密化のプロトコル: FLEXIBLE FIT / 精密化に使用した空間: RECIPROCAL / 当てはまり具合の基準: R-factor
原子モデル構築
IDPDB-IDPdb chain IDあてはめID
11NSFA1
21QCSA1
31N7SA1
41N7SB1
51N7SC1
61N7SD1
精密化Overall SU ML: 1.53 / Sigma F: 0.5 / Overall phase error: 40.44 / Stereochemistry target values: ML
溶媒の処理Solvent shrinkage radii: 0.9 Å / Solvent vdw probe radii: 1.11 Å / Solvent model details: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータB iso max: 55 Å2 / B iso mean: 500.074 Å2 / B iso min: 3 Å2
最小二乗法精密化のプロセスR factor R free: 0.3035 / R factor R work: 0.2997 / R factor obs: 0.2999 / 最高分解能: 7.601 Å / 最低分解能: 311.194 Å / Number reflection R free: 7233 / Number reflection R work: 135735 / Number reflection obs: 142968 / Percent reflection R free: 5.06 / Percent reflection obs: 99.43
精密化 #LAST最高分解能: 7.601 Å / 最低分解能: 311.194 Å
置いた原子数 #LASTタンパク質: 41139 / 核酸: 0 / リガンド: 0 / 溶媒: 0 / 合計: 41139
精密化中の拘束条件
Refine IDタイプDev ideal
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00942091
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.59656840
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0736546
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0067355
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.90615528
Refine LS shell

Refine ID: ELECTRON MICROSCOPY / Total number of bins used: 30

最高分解能R factor R freeR factor R work最低分解能Number reflection R freeNumber reflection R workNumber reflection allPercent reflection obs
7.60140.52830.49957.687822844764704100.0
7.68780.51020.48207.778225249565208100.0
7.77820.50410.47367.873123242214453100.0
7.87310.45140.46457.972824047645004100.0
7.97280.44810.44408.077725242994551100.0
8.07770.43590.43378.188424048585098100.0
8.18840.42480.42088.305326443594623100.0
8.30530.38530.41068.429323145364767100.0
8.42930.43760.40598.561119247024894100.0
8.56110.43430.40028.701425243834635100.0
8.70140.43580.39738.851525245544806100.0
8.85150.39730.38349.012424046154855100.0
9.01240.38880.35419.185827644734749100.0
9.18580.33540.34199.373322845124740100.0
9.37330.35570.32119.577126446054869100.0
9.57710.34520.30779.799923946764915100.0
9.79990.30720.304210.04502404499473999.0
10.04500.28810.301510.31662394272451198.0
10.31660.29740.290610.62022274462468998.0
10.62020.28770.279010.96302724568484099.0
10.96300.28010.266611.35491984398459698.0
11.35490.28130.265611.80952344508474299.0
11.80950.28030.272412.34702134489470299.0
12.34700.29550.284812.99802064607481399.0
12.99800.37730.302613.81232864462474899.0
13.81230.32730.309614.87882384464470299.0
14.87880.33120.308116.37602644563482799.0
16.37600.35720.317918.74542514437468899.0
18.74540.33760.321423.61602504491474199.0
23.61600.16120.1774311.45502334526475999.0

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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