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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ih9 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of Mglu in its tris form | ||||||
要素 | Salt-tolerant glutaminase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Salt-tolerant glutaminase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Micrococcus luteus (マイクロコッカス・ルテウス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Yoshimune, K. / Shirakihara, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2010 タイトル: Crystal structure of salt-tolerant glutaminase from Micrococcus luteus K-3 in the presence and absence of its product l-glutamate and its activator Tris 著者: Yoshimune, K. / Shirakihara, Y. / Wakayama, M. / Yumoto, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ih9.cif.gz | 180 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ih9.ent.gz | 142.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ih9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/3ih9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/3ih9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48303.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Micrococcus luteus (マイクロコッカス・ルテウス) 株: K-3 / 遺伝子: Glutaminase / プラスミド: pKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q4U1A6, グルタミナーゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.79 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 15% PEG 4000, 100mM Sodium Acetate, 50mM HEPES, 300mM Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→62.622 Å / Num. obs: 40451 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 3.9 / Num. measured all: 149207 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.492 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Rsym value: 0.492 / % possible all: 98.4 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3IH8 解像度: 2.5→19.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.67 / Data cutoff high absF: 1925720 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.336 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 113.72 Å2 / Biso mean: 48.895 Å2 / Biso min: 16.13 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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