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- PDB-2vwt: Crystal structure of YfaU, a metal ion dependent class II aldolas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vwt
タイトルCrystal structure of YfaU, a metal ion dependent class II aldolase from Escherichia coli K12 - Mg-pyruvate product complex
要素YFAU, 2-KETO-3-DEOXY SUGAR ALDOLASE
キーワードLYASE / (BETA/ALPHA)8 BARREL / 2-KETO-3-DEOXY SUGAR ALDOLASE / ESCHERICHIA COLI K-12 PROTEIN YFAU / DEGRADATION OF HOMOPROTOCATECHUATE / PYRUVATE / CLASS II ALDOLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


2-keto-3-deoxy-L-rhamnonate aldolase / 2-keto-3-deoxy-L-rhamnonate aldolase activity / 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase activity / aldehyde-lyase activity / protein hexamerization / nickel cation binding / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
2-keto-3-deoxy-L-rhamnonate aldolase / : / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase domain / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / PYRUVIC ACID / 2-keto-3-deoxy-L-rhamnonate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Rea, D. / Rakus, J.F. / Gerlt, J.A. / Fulop, V. / Bugg, T.D.H. / Roper, D.I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure and Functional Assignment of Yfau, a Metal Ion Dependent Class II Aldolase from Escherichia Coli K12.
著者: Rea, D. / Hovington, R. / Rakus, J.F. / Gerlt, J.A. / Fulop, V. / Bugg, T.D.H. / Roper, D.I.
履歴
登録2008年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年12月13日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YFAU, 2-KETO-3-DEOXY SUGAR ALDOLASE
B: YFAU, 2-KETO-3-DEOXY SUGAR ALDOLASE
C: YFAU, 2-KETO-3-DEOXY SUGAR ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,54313
ポリマ－86,8293
非ポリマー71410
水9,782543
1
A: YFAU, 2-KETO-3-DEOXY SUGAR ALDOLASE
B: YFAU, 2-KETO-3-DEOXY SUGAR ALDOLASE
C: YFAU, 2-KETO-3-DEOXY SUGAR ALDOLASE
ヘテロ分子

A: YFAU, 2-KETO-3-DEOXY SUGAR ALDOLASE
B: YFAU, 2-KETO-3-DEOXY SUGAR ALDOLASE
C: YFAU, 2-KETO-3-DEOXY SUGAR ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,08626
ポリマ－173,6586
非ポリマー1,42820
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area28770 Å2
ΔGint-208.9 kcal/mol
Surface area60470 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)105.600, 137.700, 124.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2195-

HOH

21C-2038-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 YFAU, 2-KETO-3-DEOXY SUGAR ALDOLASE / UNCHARACTERIZED PROTEIN YFAU


分子量: 28942.945 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: PT7-7-YFAU / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
参照: UniProt: P76469, 2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase

-
非ポリマー , 5種, 553分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: WRIGHT, A., BLEWETT, A., FULOP, V., COOPER, R., BURROWS, S., JONES, C. & ROPER, D. (2002). EXPRESSION, PURIFICATION, CRYSTALLIZATION AND PRELIMINARY CHARACTERIZATION OF AN HHED ALDOLASE ...詳細: WRIGHT, A., BLEWETT, A., FULOP, V., COOPER, R., BURROWS, S., JONES, C. & ROPER, D. (2002). EXPRESSION, PURIFICATION, CRYSTALLIZATION AND PRELIMINARY CHARACTERIZATION OF AN HHED ALDOLASE HOMOLOGUE FROM ESCHERICHIA COLI K12. ACTA CRYST. D58, 2191-2193., pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月10日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→53 Å / Num. obs: 63843 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 31.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 32.2
反射 シェル解像度: 1.93→2 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 1DXE

1dxe


解像度: 1.93→52.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 5.91 / SU ML: 0.09 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 2579 4 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.169 61264 94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.66 Å20 Å20 Å2
2---0.98 Å20 Å2
3----1.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→52.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5853 0 42 543 6438
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0226014
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4751.9728167
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.825765
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.01224.368261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.05515971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.7141542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2927
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024581
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.22858
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.24091
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1240.2424
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1650.2206
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1280.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9121.53940
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.41626125
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.16332385
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1834.52042
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.312 200
Rwork0.242 4467
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.59420.24990.20440.9223-0.5081.62970.0879-0.0716-0.0068-0.0117-0.04950.0640.2783-0.1771-0.0384-0.0007-0.08120.0103-0.0657-0.0035-0.043553.64151.43275.892
21.3368-1.93181.14884.6659-3.78945.14910.12260.0799-0.1569-0.22080.10630.32940.3712-0.4988-0.2289-0.1043-0.0247-0.02520.0362-0.00660.0341.54868.9155.775
30.6517-0.4379-0.32921.18670.25641.07460.05750.0919-0.0555-0.2128-0.19310.07830.36110.03370.13560.13120.10430.0077-0.0925-0.0238-0.08868.05747.20845.207
43.45633.4336-1.06184.2936-1.20221.8060.0987-0.0829-0.4358-0.4748-0.3722-0.48350.11630.49380.27350.00760.15490.12470.09350.1263-0.049389.13766.90640.512
50.2138-0.4956-0.07951.9361-0.25611.25290.01580.03870.04670.1332-0.2253-0.20470.21310.50330.2095-0.04580.10040.00070.09220.1283-0.04287.56651.04172.988
61.1008-1.7379-1.07317.31084.13884.3816-0.0879-0.0966-0.08220.8291-0.32220.00780.14570.33120.410.1105-0.1823-0.0771-0.00360.0733-0.10278.81673.54389.194
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 237
2X-RAY DIFFRACTION2A238 - 256
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 237
4X-RAY DIFFRACTION4B238 - 256
5X-RAY DIFFRACTION5C1 - 237
6X-RAY DIFFRACTION6C238 - 256

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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