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- PDB-3if5: Crystal Structure Analysis of Mglu -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3if5
タイトルCrystal Structure Analysis of Mglu
要素Salt-tolerant glutaminase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


グルタミナーゼ / glutaminase activity / glutamine metabolic process
類似検索 - 分子機能
STAS domain / グルタミナーゼ / グルタミナーゼ / Transcription Regulator spoIIAA / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / Β-ラクタマーゼ / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like ...STAS domain / グルタミナーゼ / グルタミナーゼ / Transcription Regulator spoIIAA / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / Β-ラクタマーゼ / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グルタミナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Micrococcus luteus (マイクロコッカス・ルテウス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Yoshimune, K. / Shirakihara, Y.
引用
ジャーナル: Febs J. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of salt-tolerant glutaminase from Micrococcus luteus K-3 in the presence and absence of its product L-glutamate and its activator Tris.
著者: Yoshimune, K. / Shirakihara, Y. / Wakayama, M. / Yumoto, I.
#1: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of a major fragment of the salt-tolerant glutaminase from Micrococcus luteus K-3
著者: Yoshimune, K. / Shirakihara, Y. / Shiratori, A. / Wakayama, M. / Chantawannakul, P. / Moriguchi, M.
履歴
登録2009年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2009年8月4日ID: 2DFW
改定 1.02009年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月23日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Salt-tolerant glutaminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3041
ポリマ－48,3041
非ポリマー00
水2,072115
1
A: Salt-tolerant glutaminase

A: Salt-tolerant glutaminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6072
ポリマ－96,6072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area6220 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area28950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.331, 116.680, 144.707
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number22
Space group name H-MF222

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要素

#1: タンパク質 Salt-tolerant glutaminase


分子量: 48303.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micrococcus luteus (マイクロコッカス・ルテウス)
株: K-3 / 遺伝子: Glutaminase / プラスミド: pKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q4U1A6, グルタミナーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 700mM Sodium Citrate, 50mM HEPES, 5mM MgCl2, 5% Glycerol, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9791, 0.9793, 0.9700
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月26日
放射モノクロメーター: Rotated-inclined double-crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.97931
30.971
反射解像度: 2.4→36.18 Å / Num. all: 18367 / Num. obs: 17155 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 38.9 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.44→36.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.67 / Data cutoff high absF: 6969453 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 863 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs-17155 93.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.196 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 110.85 Å2 / Biso mean: 39.072 Å2 / Biso min: 2.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.78 Å20 Å20 Å2
2--9.67 Å20 Å2
3----14.46 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→36.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2982 0 0 115 3097
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.381.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it42
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.992
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.492.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 68 5.4 %
Rwork0.233 1196 -
all-1264 -
obs--40 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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