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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3icq | ||||||
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タイトル | Karyopherin nuclear state | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / karyopherin (カリオフェリン) / exportin (カリオフェリン) / HEAT repeat (HEATリピート) / tRNA (転移RNA) / GTPase (GTPアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA re-export from nucleus / regulation of cell cycle phase transition / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of nucleocytoplasmic transport / tRNA export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nucleus organization / tRNA processing ...tRNA re-export from nucleus / regulation of cell cycle phase transition / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of nucleocytoplasmic transport / tRNA export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nucleus organization / tRNA processing / ribosomal subunit export from nucleus / 核膜孔 / small GTPase binding / nuclear matrix / protein import into nucleus / 核膜 / tRNA binding / GTPase activity / GTP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Cook, A.G. / Fukuhara, N. / Jinek, M. / Conti, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2009 タイトル: Structures of the tRNA export factor in the nuclear and cytosolic states 著者: Cook, A.G. / Fukuhara, N. / Jinek, M. / Conti, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3icq.cif.gz | 457.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3icq.ent.gz | 359.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3icq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/3icq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/3icq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 TUBC
#1: タンパク質 | 分子量: 110354.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 遺伝子: los1, SPBP8B7.09c / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O94258 #2: タンパク質 | 分子量: 19717.814 Da / 分子数: 2 / Fragment: Ran, UNP residues 9-179 / Mutation: Q71L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: CNR1, CST17, GSP1, L8003.19, YLR293C / プラスミド: pProEX-Htb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL-41 / 参照: UniProt: P32835 |
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-RNA鎖 , 1種, 2分子 DE
#3: RNA鎖 | 分子量: 21554.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Nucleotide synthesis |
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-非ポリマー , 3種, 8分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.53 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 100mM Bis-Tris, pH5.5, 20% PEG3350, 180mM sodium acetate at 18 degrees, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.07 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月26日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.07 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→72.174 Å / Num. all: 57452 / Num. obs: 57452 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rsym value: 0.149 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. measured all: 34787 / Num. unique all: 8276 / Rsym value: 0.65 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 51.1 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3IBV 解像度: 3.2→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.771 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 50.59 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 201.92 Å2 / Biso mean: 72.103 Å2 / Biso min: 2.92 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→50 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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