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- PDB-3hqd: Human kinesin Eg5 motor domain in complex with AMPPNP and Mg2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hqd
タイトルHuman kinesin Eg5 motor domain in complex with AMPPNP and Mg2+
要素Kinesin-like protein KIF11KIF11
キーワードMOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / kinesin (キネシン) / motor domain (機関 (機械)) / ATP hydrolysis / mitosis (有糸分裂) / spindle protein / ATP-binding / Cell cycle (細胞周期) / Cell division (細胞分裂) / Coiled coil (コイルドコイル) / Microtubule (微小管) / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


spindle elongation / Kinesins / plus-end-directed microtubule motor activity / regulation of mitotic centrosome separation / mitotic centrosome separation / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / kinesin complex / microtubule motor activity / spindle organization / microtubule-based movement ...spindle elongation / Kinesins / plus-end-directed microtubule motor activity / regulation of mitotic centrosome separation / mitotic centrosome separation / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / kinesin complex / microtubule motor activity / spindle organization / microtubule-based movement / mitotic spindle assembly / MHC class II antigen presentation / mitotic spindle organization / 紡錘体 / spindle / 紡錘体 / mitotic cell cycle / microtubule binding / 微小管 / 細胞分裂 / protein kinase binding / protein-containing complex / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Kinesin-associated microtubule-binding domain / Kinesin-associated microtubule-binding / : / : / Kinesin motor domain / キネシン / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. ...Kinesin-associated microtubule-binding domain / Kinesin-associated microtubule-binding / : / : / Kinesin motor domain / キネシン / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / リン酸塩 / KIF11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Parke, C.L. / Wojcik, E.J. / Kim, S. / Worthylake, D.K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: ATP Hydrolysis in Eg5 Kinesin Involves a Catalytic Two-water Mechanism.
著者: Parke, C.L. / Wojcik, E.J. / Kim, S. / Worthylake, D.K.
履歴
登録2009年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin-like protein KIF11
B: Kinesin-like protein KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,4937
ポリマ－82,3372
非ポリマー1,1565
水5,062281
1
A: Kinesin-like protein KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7944
ポリマ－41,1691
非ポリマー6253
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Kinesin-like protein KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6993
ポリマ－41,1691
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.500, 71.435, 94.846
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Kinesin-like protein KIF11 / KIF11 / Kinesin-related motor protein Eg5 / Kinesin-like spindle protein HKSP / Thyroid receptor- ...Kinesin-related motor protein Eg5 / Kinesin-like spindle protein HKSP / Thyroid receptor-interacting protein 5 / TRIP-5 / Kinesin-like protein 1


分子量: 41168.738 Da / 分子数: 2 / 断片: motor domain of human kinesin Eg5 (residues 1-369) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EG5, KIF11, KNSL1, TRIP5 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Rosetta / 参照: UniProt: P52732
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 40 mM KH2PO4, 20% glycerol w/v, 15% PEG 8k w/v, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→28.69 Å / Num. all: 41542 / Num. obs: 41542 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.85 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1188 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 9.35
反射 シェル解像度: 2.19→2.29 Å / 冗長度: 1.89 % / Rmerge(I) obs: 0.5481 / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / Rsym value: 0.335 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
PROTEUM2データ収集
SAINTデータ削減
PROTEUM2データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1X88 molecule A

1x88


解像度: 2.19→25 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 4140 10 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 41127 99.6 %-
all-41531 --
溶媒の処理Bsol: 38.559 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 28.859 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.937 Å20 Å2-0.99 Å2
2---0.358 Å20 Å2
3---3.295 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5482 0 69 281 5832
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.608
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-ID
2.19-2.290.34225010.2966X-RAY DIFFRACTION
2.29-2.410.32055070.2694X-RAY DIFFRACTION
2.41-2.560.28875170.2545X-RAY DIFFRACTION
2.56-2.760.28065240.2404X-RAY DIFFRACTION
2.76-3.030.27295140.2239X-RAY DIFFRACTION
3.03-3.470.27415450.2326X-RAY DIFFRACTION
3.47-4.370.2195360.1918X-RAY DIFFRACTION
4.37-24.780.2264960.1899X-RAY DIFFRACTION
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3anp.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION5phosphate.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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