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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hpn | ||||||
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タイトル | Ligand recognition by A-class EPH receptors: crystal structures of the EPHA2 ligand-binding domain and the EPHA2/EPHRIN-A1 complex | ||||||
要素 | Ephrin type-A receptor 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Eph receptor tyrosine kinase / ephrin (エフリン) / ATP-binding / Glycoprotein (糖タンパク質) / Kinase (キナーゼ) / Membrane (生体膜) / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Receptor / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Tyrosine-protein kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 notochord cell development / notochord formation / lens fiber cell morphogenesis / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of lymphangiogenesis / axial mesoderm formation / pericyte cell differentiation / cAMP metabolic process / positive regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of blood vessel endothelial cell migration ...notochord cell development / notochord formation / lens fiber cell morphogenesis / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of lymphangiogenesis / axial mesoderm formation / pericyte cell differentiation / cAMP metabolic process / positive regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of chemokine production / ephrin receptor activity / leading edge membrane / bone remodeling / post-anal tail morphogenesis / response to growth factor / activation of GTPase activity / regulation of lamellipodium assembly / 密着結合 / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / EPH-Ephrin signaling / neural tube development / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / mammary gland epithelial cell proliferation / RHOV GTPase cycle / EPHA-mediated growth cone collapse / growth factor binding / regulation of cell adhesion mediated by integrin / lamellipodium membrane / RHOU GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / RAC3 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / ephrin receptor signaling pathway / 脈管形成 / regulation of angiogenesis / keratinocyte differentiation / RAC1 GTPase cycle / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell chemotaxis / negative regulation of angiogenesis / osteoclast differentiation / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / skeletal system development / molecular function activator activity / 運動性 / protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein localization to plasma membrane / 受容体型チロシンキナーゼ / neuron differentiation / ruffle membrane / osteoblast differentiation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / 遊走 / virus receptor activity / lamellipodium / receptor complex / 細胞接着 / positive regulation of cell migration / defense response to Gram-positive bacterium / cadherin binding / 炎症 / リン酸化 / focal adhesion / 細胞膜 / ATP binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å | ||||||
データ登録者 | Himanen, J.P. / Goldgur, Y. / Miao, H. / Myshkin, E. / Guo, H. / Buck, M. / Nguyen, M. / Rajashankar, K.R. / Wang, B. / Nikolov, D.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2009 タイトル: Ligand recognition by A-class Eph receptors: crystal structures of the EphA2 ligand-binding domain and the EphA2/ephrin-A1 complex. 著者: Himanen, J.P. / Goldgur, Y. / Miao, H. / Myshkin, E. / Guo, H. / Buck, M. / Nguyen, M. / Rajashankar, K.R. / Wang, B. / Nikolov, D.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3hpn.cif.gz | 219.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3hpn.ent.gz | 171.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3hpn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/3hpn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/3hpn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 1 - 174 / Label seq-ID: 1 - 174
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19913.592 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 28-201 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHA2, ECK / プラスミド: pBabe / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P29317, 受容体型チロシンキナーゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.47 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% PEG 4,000, 100 mM Tris, 100 mM Sodium Acetate, 3% ethylene glycol, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 38120 / Num. obs: 36900 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.269 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 80.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3ETP 解像度: 2.52→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.887 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.825 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 29.348 / SU ML: 0.298 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.413 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 2.64 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.52→30 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.52→2.584 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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