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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hdt | ||||||
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タイトル | Crystal structure of putative kinase from Clostridium symbiosum ATCC 14940 | ||||||
要素 | putative kinaseキナーゼ | ||||||
キーワード | structural genomics (構造ゲノミクス) / unknown function / Clostridium symbiosum ATCC 14940 / putative kinase (キナーゼ) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / リン酸塩 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Clostridium symbiosum ATCC 14940 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.79 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, C. / Freeman, L. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of putative kinase from Clostridium symbiosum ATCC 14940 著者: Chang, C. / Freeman, L. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3hdt.cif.gz | 77.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3hdt.ent.gz | 62.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3hdt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/3hdt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/3hdt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | dimer as is |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26113.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium symbiosum ATCC 14940 (バクテリア) プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.42 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M Acetic Acid pH 4.5, 20% 1,4-butanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月20日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97926 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.79→50 Å / Num. all: 13107 / Num. obs: 13096 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 44 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.82 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.79→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 30.613 / SU ML: 0.285 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.859 / ESU R Free: 0.37 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.172 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.79→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.79→2.863 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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