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Yorodumi- PDB-2wy3: Structure of the HCMV UL16-MICB complex elucidates select binding... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 2wy3 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of the HCMV UL16-MICB complex elucidates select binding of a viral immunoevasin to diverse NKG2D ligands | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN COMPLEX / IMMUNE RESPONSE / INNATE IMMUNITY / STRUCTURAL MIMICRY / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / MEMBRANE / CYTOLYSIS / ULBP / NKG2D / NK CELL / CELL MEMBRANE / TRANSMEMBRANE / VIRAL IMMUNE EVASION / NATURAL KILLER CELL / CONVERGENT EVOLUTION | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationsymbiont-mediated perturbation of host natural killer cell mediated immune response / immune response-activating cell surface receptor signaling pathway / natural killer cell lectin-like receptor binding / negative regulation of defense response to virus by host / gamma-delta T cell activation / host cell membrane / response to retinoic acid / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / response to heat / response to oxidative stress ...symbiont-mediated perturbation of host natural killer cell mediated immune response / immune response-activating cell surface receptor signaling pathway / natural killer cell lectin-like receptor binding / negative regulation of defense response to virus by host / gamma-delta T cell activation / host cell membrane / response to retinoic acid / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / response to heat / response to oxidative stress / killing of cells of another organism / adaptive immune response / immune response / external side of plasma membrane / cell surface / extracellular space / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | HOMO SAPIENS (human)![]() HUMAN HERPESVIRUS 5 STRAIN AD169 | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Mueller, S. / Zocher, G. / Steinle, A. / Stehle, T. | ||||||
Citation | Journal: Plos Pathog. / Year: 2010Title: Structure of the Hcmv Ul16-Micb Complex Elucidates Select Binding of a Viral Immunoevasin to Diverse Nkg2D Ligands. Authors: Muller, S. / Zocher, G. / Steinle, A. / Stehle, T. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 2wy3.cif.gz | 298.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb2wy3.ent.gz | 240.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 2wy3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/2wy3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/2wy3 | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 1je6S S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ACBD
| #1: Protein | Mass: 36278.703 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: MHC CLASS I HOMOLOG DOMAIN, RESIDUES 24-341 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human)Description: CDNA OF ALLELE 002 WAS ISOLATED FROM A IMR90 HUMAN LUNG FIBROBLAST LIBRARY Cell: FIBROBLAST / Organ: LUNG / Plasmid: PET21A / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 17735.059 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: RESIDUES 27-184 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() HUMAN HERPESVIRUS 5 STRAIN AD169 / Description: CDNA ISOLATED FROM HCMV STRAIN AD169 GENOME. / Plasmid: PCDNA3.1(-) / Cell line (production host): CHO LEC 3.2.8.1 / Organ (production host): OVARY / Production host: ![]() |
|---|
-Sugars , 1 types, 12 molecules 
| #5: Sugar | ChemComp-NAG / |
|---|
-Non-polymers , 3 types, 645 molecules 




| #3: Chemical | | #4: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|---|
| Sequence details | THE UNIPROT ACCESSION NUMBER Q29980 DOES NOT PROVIDE THE CORRECT AMINO ACID SEQUENCE OF THE MICB ...THE UNIPROT ACCESSION NUMBER Q29980 DOES NOT PROVIDE THE CORRECT AMINO ACID SEQUENCE OF THE MICB ALLELE 002. THIS CAN BE FOUND UNDER AAB71642 IN PUBMED PROTEIN SEARCH. ONLY THE ALPHA1 AND ALPHA2 DOMAINS (RESIDUES 1-181) OF THE ECTODOMAIN |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.84 % / Description: NONE |
|---|---|
| Crystal grow | pH: 6.5 Details: 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 25 % PEG 8000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1.0013 |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 30, 2008 |
| Radiation | Monochromator: DCCM / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.0013 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 82272 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 3.44 / Redundancy: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 24.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16.9 |
| Reflection shell | Resolution: 1.8→1.85 Å / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3.44 / % possible all: 97.5 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 1JE6 Resolution: 1.8→49.087 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.99 / Phase error: 19.02 / Stereochemistry target values: ML Details: CHAIN A RESIDUES 149-151 AND 176- -181 ARE DISORDERED. CHAIN B 164-184 ARE DISORDERED. CHAIN C RESIDUES 148-149 AND 176-181 ARE DISORDERED. CHAIN D RESIDUES 160-184 ARE DISORDERED. MET0 IN ...Details: CHAIN A RESIDUES 149-151 AND 176- -181 ARE DISORDERED. CHAIN B 164-184 ARE DISORDERED. CHAIN C RESIDUES 148-149 AND 176-181 ARE DISORDERED. CHAIN D RESIDUES 160-184 ARE DISORDERED. MET0 IN CHAIN A IS NOT PART OF THE MATURE EUCARYOTIC MICB SEQUENCE BUT AN E.COLI ARTEFACT. MET140 IN CHAIN A AND CHAIN C WAS MODELLED AS AN ALANINE IN BOTH CASES
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.518 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 33.92 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→49.087 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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