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- PDB-2wy3: Structure of the HCMV UL16-MICB complex elucidates select binding... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2wy3 | ||||||
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Title | Structure of the HCMV UL16-MICB complex elucidates select binding of a viral immunoevasin to diverse NKG2D ligands | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN COMPLEX / IMMUNE RESPONSE / INNATE IMMUNITY / STRUCTURAL MIMICRY / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / MEMBRANE / CYTOLYSIS / ULBP / NKG2D / NK CELL / CELL MEMBRANE / TRANSMEMBRANE / VIRAL IMMUNE EVASION / NATURAL KILLER CELL / CONVERGENT EVOLUTION | ||||||
Function / homology | ![]() evasion by virus of host natural killer cell activity / immune response-activating cell surface receptor signaling pathway / natural killer cell lectin-like receptor binding / negative regulation of defense response to virus by host / gamma-delta T cell activation / host cell membrane / response to retinoic acid / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity ...evasion by virus of host natural killer cell activity / immune response-activating cell surface receptor signaling pathway / natural killer cell lectin-like receptor binding / negative regulation of defense response to virus by host / gamma-delta T cell activation / host cell membrane / response to retinoic acid / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / response to heat / adaptive immune response / killing of cells of another organism / response to oxidative stress / membrane => GO:0016020 / immune response / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / cell surface / extracellular space / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mueller, S. / Zocher, G. / Steinle, A. / Stehle, T. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of the Hcmv Ul16-Micb Complex Elucidates Select Binding of a Viral Immunoevasin to Diverse Nkg2D Ligands. Authors: Muller, S. / Zocher, G. / Steinle, A. / Stehle, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
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Data in XML | ![]() | 33.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 48.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1je6S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 36278.703 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: MHC CLASS I HOMOLOG DOMAIN, RESIDUES 24-341 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Description: CDNA OF ALLELE 002 WAS ISOLATED FROM A IMR90 HUMAN LUNG FIBROBLAST LIBRARY Cell: FIBROBLAST / Organ: LUNG / Plasmid: PET21A / Production host: ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 17735.059 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: RESIDUES 27-184 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Sugars , 1 types, 12 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
#5: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Non-polymers , 3 types, 645 molecules ![](data/chem/img/PEU.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | THE UNIPROT ACCESSION NUMBER Q29980 DOES NOT PROVIDE THE CORRECT AMINO ACID SEQUENCE OF THE MICB ...THE UNIPROT ACCESSION NUMBER Q29980 DOES NOT PROVIDE THE CORRECT AMINO ACID SEQUENCE OF THE MICB ALLELE 002. THIS CAN BE FOUND UNDER AAB71642 IN PUBMED PROTEIN SEARCH. ONLY THE ALPHA1 AND ALPHA2 DOMAINS (RESIDUES 1-181) OF THE ECTODOMAIN |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.84 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 6.5 Details: 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 25 % PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 30, 2008 |
Radiation | Monochromator: DCCM / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0013 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 82272 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 3.44 / Redundancy: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 24.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.85 Å / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3.44 / % possible all: 97.5 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1JE6 Resolution: 1.8→49.087 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.99 / Phase error: 19.02 / Stereochemistry target values: ML Details: CHAIN A RESIDUES 149-151 AND 176- -181 ARE DISORDERED. CHAIN B 164-184 ARE DISORDERED. CHAIN C RESIDUES 148-149 AND 176-181 ARE DISORDERED. CHAIN D RESIDUES 160-184 ARE DISORDERED. MET0 IN ...Details: CHAIN A RESIDUES 149-151 AND 176- -181 ARE DISORDERED. CHAIN B 164-184 ARE DISORDERED. CHAIN C RESIDUES 148-149 AND 176-181 ARE DISORDERED. CHAIN D RESIDUES 160-184 ARE DISORDERED. MET0 IN CHAIN A IS NOT PART OF THE MATURE EUCARYOTIC MICB SEQUENCE BUT AN E.COLI ARTEFACT. MET140 IN CHAIN A AND CHAIN C WAS MODELLED AS AN ALANINE IN BOTH CASES
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.518 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.92 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→49.087 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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