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- PDB-3h86: Crystal structure of adenylate kinase from Methanococcus maripaludis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h86
タイトルCrystal structure of adenylate kinase from Methanococcus maripaludis
要素Adenylate kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / mesophile / kinase (キナーゼ) / adenylate kinase / phosphotransferase / ATP-binding / Cytoplasm (細胞質) / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylate kinase / adenylate kinase activity / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase AdkA / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / Adenylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanococcus maripaludis (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Milya, D.G. / Yousif, S.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of a trimeric archaeal adenylate kinase from the mesophile Methanococcus maripaludis with an unusually broad functional range and thermal stability.
著者: Davlieva, M. / Shamoo, Y.
履歴
登録2009年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Adenylate kinase
A: Adenylate kinase
C: Adenylate kinase
G: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,0388
ポリマ－84,3734
非ポリマー3,6654
水77543
1
B: Adenylate kinase
A: Adenylate kinase
C: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,0296
ポリマ－63,2803
非ポリマー2,7493
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9120 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area23920 Å2
手法PISA
2
G: Adenylate kinase
ヘテロ分子

G: Adenylate kinase
ヘテロ分子

G: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,0296
ポリマ－63,2803
非ポリマー2,7493
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area9140 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area23270 Å2
手法PISA
3
G: Adenylate kinase
ヘテロ分子

G: Adenylate kinase
ヘテロ分子

G: Adenylate kinase
ヘテロ分子

B: Adenylate kinase
A: Adenylate kinase
C: Adenylate kinase
ヘテロ分子

B: Adenylate kinase
A: Adenylate kinase
C: Adenylate kinase
ヘテロ分子

B: Adenylate kinase
A: Adenylate kinase
C: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)264,11524
ポリマ－253,11912
非ポリマー10,99612
水21612
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation4_555x+2/3,y+1/3,z+1/31
crystal symmetry operation5_555-y+2/3,x-y+1/3,z+1/31
crystal symmetry operation6_555-x+y+2/3,-x+1/3,z+1/31
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area44640 Å2
ΔGint-256 kcal/mol
Surface area86880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.840, 102.840, 228.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-195-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Adenylate kinase / / AK / ATP-AMP transphosphorylase


分子量: 21093.244 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis (古細菌)
株: ATCC 43000D / 遺伝子: adk, adkA, MMP1031 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q6LYG0, adenylate kinase
#2: 化合物
ChemComp-AP5 / BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / Ap5A


分子量: 916.367 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29N10O22P5
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.41 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 3.4 M ammonium chloride, 0.1 M sodium acetate, 3% ethylene glycol (v/v)., pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 273K

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年8月28日 / 詳細: Rigaku Osmic Mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.609
11-H-K, K, -L20.391
反射解像度: 2.5→29.69 Å / Num. all: 31194 / Num. obs: 31158 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.44 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3109 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASERfor MR位相決定
PHENIX5.5.0070精密化
REFMAC5.5.0070精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KHT

1kht


解像度: 2.5→19.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 6.684 / SU ML: 0.15 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23911 3138 10.1 %RANDOM
Rwork0.18268 ---
obs0.18821 27970 99.86 %-
all-31158 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.467 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.05 Å20 Å20 Å2
2--9.05 Å20 Å2
3----18.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5848 0 228 43 6119
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_refined_d0.0220.0226160
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_refined_deg2.1512.038368
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_1_deg7.1195760
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_2_deg32.94425.246244
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_3_deg20.275151136
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_4_deg20.3691540
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1240.2976
X-RAY DIFFRACTIONf_gen_planes_refined0.0090.0214388
X-RAY DIFFRACTIONf_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONf_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONf_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONf_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONf_mcbond_it1.121.53792
X-RAY DIFFRACTIONf_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONf_mcangle_it1.99526140
X-RAY DIFFRACTIONf_scbond_it3.00232368
X-RAY DIFFRACTIONf_scangle_it4.5474.52228
X-RAY DIFFRACTIONf_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONf_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONf_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 211 -
Rwork0.185 2066 -
obs-2066 99.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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