ソフトウェア 名称 分類 CrystalClearデータ収集 CNS精密化 CrystalClearデータ削減 d*TREKデータスケーリング CNS位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換 / 解像度 : 2.1→19.97 Å / Rfactor Rfree error : 0.009 / Data cutoff high absF : 489340.3 / Data cutoff low absF : 0 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 Rfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.256 854 7.6 % RANDOM Rwork 0.22 - - - obs 0.22 11311 98.6 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 25 Å2 / ksol : 0.3 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 40 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -1.2 Å2 0 Å2 -5.77 Å2 2- - -4 Å2 0 Å2 3- - - 5.2 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.37 Å 0.28 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.37 Å 0.3 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.1→19.97 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 0 1380 71 253 1704
拘束条件 大きな表を表示 (3 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.005 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d21 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d1.61 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_itX-RAY DIFFRACTION c_mcangle_itX-RAY DIFFRACTION c_scbond_itX-RAY DIFFRACTION c_scangle_it
LS精密化 シェル 解像度 : 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error : 0.028 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.311 127 7 % Rwork 0.287 1699 - obs - - 97.5 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 water_rep.paramwater_rep.topX-RAY DIFFRACTION 2 dna-rna_rep_revise.param dna-rna_rep_revise.top X-RAY DIFFRACTION 3 ion.paramion.topX-RAY DIFFRACTION 4 cohex_rep.paramcohex_rep.topX-RAY DIFFRACTION 5 acetate.paramacetate.top