PDB-4fep: Crystal structure of the A24U/U25A/A46G/C74U mutant xpt-pbuX guan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fep

タイトル

Crystal structure of the A24U/U25A/A46G/C74U mutant xpt-pbuX guanine riboswitch aptamer domain in complex with 2,6-diaminopurine

要素

A24U/U25A/A46G/C74U mutant of the B. subtilis xpt-pbuX guanine riboswitch aptamer domain

キーワード

RNA / three-way junction with distal tertiary interaction / genetic regulatory element / 2 / 6-diaminopurine

機能・相同性

9H-PURINE-2,6-DIAMINE / COBALT HEXAMMINE(III) / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Stoddard, C.D. / Trausch, J.J. / Widmann, J. / Marcano, J. / Knight, R. / Batey, R.T.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Nucleotides Adjacent to the Ligand-Binding Pocket are Linked to Activity Tuning in the Purine Riboswitch.
著者: Stoddard, C.D. / Widmann, J. / Trausch, J.J. / Marcano-Velazquez, J.G. / Knight, R. / Batey, R.T.

履歴

登録	2012年5月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年3月27日	Group: Database references
改定 1.2	2013年5月22日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fep.cif.gz	62.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fep.ent.gz	44.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fep.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4fep_validation.pdf.gz	426.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fep_full_validation.pdf.gz	427.5 KB	表示
XML形式データ	4fep_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	4fep_validation.cif.gz	20.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/4fep ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/4fep	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	4feo-d 4fej-d 6ubu-d 3g4m-d 3rkf-4 4fen-d 2eev-d 3rkf-2 3fo6-d 6uc8-d 3ges-d 2g9c-d 4fel-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リシン (Ricin)
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Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
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登録構造単位

B: A24U/U25A/A46G/C74U mutant of the B. subtilis xpt-pbuX guanine riboswitch aptamer domain

ヘテロ分子

23.1 kDa, 1 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.071, 35.252, 41.855
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.40, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: RNA鎖	A24U/U25A/A46G/C74U mutant of the B. subtilis xpt-pbuX guanine riboswitch aptamer domain 分子量: 21523.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: T7 RNAP transcript
#2: 化合物	ChemComp-6AP / 9H-PURINE-2,6-DIAMINE / 2,6-DIAMINOPURINE / 2,6-ジアミノプリン分子量: 150.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆N₆
#3: 化合物	ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III) 分子量: 161.116 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH₁₈N₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.05 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→40 Å / Num. all: 23255 / Num. obs: 22255 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / % possible all: 65.8

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
HKL-2000	データ収集
CNS	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→40 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.229	2059	RANDOM
R_work	0.179	-	-
obs	0.179	20703	-
all	-	23255	-

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.18 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.18 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	1423	74	571	2068

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	0.724
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.003

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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