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- PDB-3glg: Crystal Structure of a Mutant (gammaT157A) E. coli Clamp Loader B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3glg
タイトルCrystal Structure of a Mutant (gammaT157A) E. coli Clamp Loader Bound to Primer-Template DNA
要素
  • (DNA polymerase III subunit ...DNA polymerase III holoenzyme) x 3
  • DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*G)-3')
キーワードTransferase/DNA / AAA+ ATPase / Clamp Loader / Gamma Complex (Γ) / Replication (DNA複製) / DNA replication (DNA複製) / DNA-directed DNA polymerase (DNAポリメラーゼ) / Nucleotidyltransferase / Transferase (転移酵素) / ATP-binding / Nucleotide-binding / Transferase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III, clamp loader complex / DNA polymerase III complex / replisome / DNA polymerase processivity factor activity / 3'-5' exonuclease activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / DNA-templated DNA replication / DNA複製 / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity ...DNA polymerase III, clamp loader complex / DNA polymerase III complex / replisome / DNA polymerase processivity factor activity / 3'-5' exonuclease activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / DNA-templated DNA replication / DNA複製 / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 - #10 / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 / DNA polymerase III, delta prime subunit / DNA polymerase III, delta subunit, C-terminal / : / DNA polymerase III, delta subunit, C terminal / DNA polymerase III subunit delta', AAA+ ATPase lid domain / DNA polymerase III subunit delta, C-terminal / Processivity clamp loader gamma complex DNA pol III C-term / DNA polymerase III, delta subunit ...Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 - #10 / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 / DNA polymerase III, delta prime subunit / DNA polymerase III, delta subunit, C-terminal / : / DNA polymerase III, delta subunit, C terminal / DNA polymerase III subunit delta', AAA+ ATPase lid domain / DNA polymerase III subunit delta, C-terminal / Processivity clamp loader gamma complex DNA pol III C-term / DNA polymerase III, delta subunit / DNA polymerase III delta, N-terminal / DNA polymerase III, delta subunit / DNA polymerase III, tau subunit, domain V / DNA polymerase III subunit tau, DnaB-binding domain IV / DNA polymerase III, tau subunit, domain V superfamily / DNA polymerase III, subunit gamma/tau, helical lid domain / DNA polymerase III subunits tau domain IV DnaB-binding / DNA polymerase III tau subunit V interacting with alpha / DNA polymerase III, subunit gamma/ tau, N-terminal / DNA polymerase III, gamma subunit, domain III / DNA polymerase III subunits gamma and tau domain III / DNA polymerase III, delta subunit / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / ClpA/B family / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA polymerase III subunit tau / DNA polymerase III subunit delta / DNA polymerase III subunit delta'
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Simonetta, K.R. / Seyedin, S.N. / Kuriyan, J.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2009
タイトル: The mechanism of ATP-dependent primer-template recognition by a clamp loader complex.
著者: Simonetta, K.R. / Kazmirski, S.L. / Goedken, E.R. / Cantor, A.J. / Kelch, B.A. / McNally, R. / Seyedin, S.N. / Makino, D.L. / O'Donnell, M. / Kuriyan, J.
履歴
登録2009年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年10月10日Group: Database references
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase III subunit delta
B: DNA polymerase III subunit tau
C: DNA polymerase III subunit tau
D: DNA polymerase III subunit tau
E: DNA polymerase III subunit delta'
F: DNA polymerase III subunit delta
G: DNA polymerase III subunit tau
H: DNA polymerase III subunit tau
I: DNA polymerase III subunit tau
J: DNA polymerase III subunit delta'
K: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*G)-3')
L: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*TP*A)-3')
M: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*G)-3')
N: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)436,89540
ポリマ－433,26714
非ポリマー3,62826
水0
1
A: DNA polymerase III subunit delta
B: DNA polymerase III subunit tau
C: DNA polymerase III subunit tau
D: DNA polymerase III subunit tau
E: DNA polymerase III subunit delta'
K: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*G)-3')
L: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,44820
ポリマ－216,6337
非ポリマー1,81413
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26280 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area74580 Å2
手法PISA
2
F: DNA polymerase III subunit delta
G: DNA polymerase III subunit tau
H: DNA polymerase III subunit tau
I: DNA polymerase III subunit tau
J: DNA polymerase III subunit delta'
M: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*G)-3')
N: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,44820
ポリマ－216,6337
非ポリマー1,81413
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26900 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area75580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.102, 219.104, 274.664
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain C and (resseq 4:368 or resseq 400:403)
21chain H and (resseq 4:368 or resseq 400:403)
12chain D and (resseq 2:363 or resseq 400:403)
22chain I and (resseq 2:363 or resseq 400:403)
13chain B and (resseq 5:368 or resseq 400:403)
23chain G and (resseq 5:368 or resseq 400:403)
14chain E and (resseq 1:334 or resseq 403)
24chain J and (resseq 1:334 or resseq 403)
15chain A and (resseq 1:333 )
25chain F and (resseq 1:333 )
16chain K or chain L
26chain M or chain N

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111CC4 - 3684 - 368
121CC400 - 403400 - 403
211HH4 - 3684 - 368
221HH400 - 403400 - 403
112DD2 - 3632 - 363
122DD400 - 403400 - 403
212II2 - 3632 - 363
222II400 - 403400 - 403
113BB5 - 3685 - 368
123BB400 - 403400 - 403
213GG5 - 3685 - 368
223GG400 - 403400 - 403
114EE1 - 3341 - 334
124EE403 - 0403 - 0
214JJ1 - 3341 - 334
224JJ403 - 0403 - 0
115AA1 - 3331 - 333
215FF1 - 3331 - 333
116KK7 - 207 - 20
216MM7 - 207 - 20

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
DNA polymerase III subunit ... , 3種, 10分子 AFBCDGHIEJ

#1: タンパク質 DNA polymerase III subunit delta / DNA polymerase III holoenzyme


分子量: 38745.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: holA, b0640, JW0635 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28630, DNAポリメラーゼ
#2: タンパク質
DNA polymerase III subunit tau / DNA polymerase III holoenzyme / DNA polymerase III subunit gamma


分子量: 43925.484 Da / 分子数: 6 / Fragment: UNP residues 1-373 / Mutation: T157A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: dnaX, dnaZ, dnaZX, b0470, JW0459 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06710, DNAポリメラーゼ
#3: タンパク質 DNA polymerase III subunit delta' / DNA polymerase III holoenzyme


分子量: 36980.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: holB, b1099, JW1085 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28631, DNAポリメラーゼ

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 KMLN

#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*G)-3')


分子量: 6110.958 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*TP*A)-3')


分子量: 3019.991 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 4種, 26分子

#6: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物
ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#8: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 9% PEG 400, 150 mM MgCl2, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月27日
放射モノクロメーター: KOHZU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→50 Å / Num. all: 95863 / Num. obs: 94904 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 3.25→3.37 Å / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.25→49.24 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 4742 5.02 %Copied from a lower resolution data set of a wildtype complex in the same crystal form (which had been chosen at random) and extended to the higher resolution at random using the ImportScaled program of the CCP4 program suite.
Rwork0.224 ---
obs0.226 94510 98.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.396 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 260.28 Å2 / Biso mean: 119.381 Å2 / Biso min: 61.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.968 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.712 Å20 Å2
3----9.256 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→49.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27572 974 200 0 28746
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01629406
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.75140173
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.51111045
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.14619
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075013
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11C2869X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12H2869X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.078
21D2849X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22I2849X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.098
31B2860X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32G2860X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.071
41E2602X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42J2602X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.091
51A2650X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52F2650X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.065
61K487X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
62M487X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.087
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.25-3.28740.35971400.32042594X-RAY DIFFRACTION87
3.2874-3.32610.34511360.32252777X-RAY DIFFRACTION93
3.3261-3.36660.36281560.31562859X-RAY DIFFRACTION96
3.3666-3.40920.31431400.30132970X-RAY DIFFRACTION98
3.4092-3.45410.29171450.29612951X-RAY DIFFRACTION98
3.4541-3.50140.28551540.28632953X-RAY DIFFRACTION99
3.5014-3.55140.33421530.28593008X-RAY DIFFRACTION99
3.5514-3.60440.33491550.27032981X-RAY DIFFRACTION99
3.6044-3.66070.27971620.26582995X-RAY DIFFRACTION100
3.6607-3.72070.29291790.25652980X-RAY DIFFRACTION100
3.7207-3.78480.27041580.24782963X-RAY DIFFRACTION100
3.7848-3.85360.29451490.25353056X-RAY DIFFRACTION100
3.8536-3.92770.33931450.24022959X-RAY DIFFRACTION99
3.9277-4.00780.30571720.23073022X-RAY DIFFRACTION100
4.0078-4.09490.26141470.22482984X-RAY DIFFRACTION100
4.0949-4.19010.25341540.23353014X-RAY DIFFRACTION99
4.1901-4.29490.27831820.21752970X-RAY DIFFRACTION99
4.2949-4.41090.2451550.20042983X-RAY DIFFRACTION99
4.4109-4.54060.25571530.19583037X-RAY DIFFRACTION99
4.5406-4.68710.24221640.19352963X-RAY DIFFRACTION99
4.6871-4.85450.23971660.19783013X-RAY DIFFRACTION99
4.8545-5.04860.25761450.19133047X-RAY DIFFRACTION100
5.0486-5.27820.27151290.20073078X-RAY DIFFRACTION100
5.2782-5.55610.24771680.20733019X-RAY DIFFRACTION100
5.5561-5.90370.25381690.19943052X-RAY DIFFRACTION100
5.9037-6.35860.26121730.2053029X-RAY DIFFRACTION100
6.3586-6.99690.25551750.19973062X-RAY DIFFRACTION100
6.9969-8.00560.21341770.16743089X-RAY DIFFRACTION100
8.0056-10.0720.16611690.13393139X-RAY DIFFRACTION100
10.072-49.24580.21161720.20543221X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6490.8319-0.17172.56642.57522.64850.1863-0.5412-0.47360.8421-0.59020.49360.61-0.830701.21210.0966-0.25611.3541-0.30761.52157.487920.288550.7535
23.79191.10140.2623.2648-0.08321.9503-0.1405-0.10940.7178-0.3309-0.1750.2246-0.7355-0.1919-00.96410.1296-0.19110.6204-0.21831.083735.951539.374450.3365
34.0233-1.5893-0.01721.14990.63511.3504-0.0893-0.02320.2666-0.31540.0114-0.645-0.48270.6477-00.5974-0.2440.08210.9983-0.17341.026366.979725.61648.3568
41.08160.01520.03023.65290.06332.5022-0.0937-0.1388-0.26940.35210.3585-0.81310.51620.768500.52880.2566-0.10431.0458-0.36641.023772.3106-8.190148.8575
51.6331.49781.34742.13831.3812.05750.0611-0.216-0.07990.75830.112-0.03760.88220.046601.26540.1004-0.01090.6416-0.06230.67849.6467-27.586547.3323
61.14411.22561.85771.1977-0.54882.5428-0.02520.7890.775-0.1229-0.0329-0.4289-0.72350.888401.487-0.00690.00441.09970.13991.794511.926122.7226-44.1117
72.61281.8091-0.52292.4406-0.9622.5017-0.18660.12370.6312-0.16810.04160.7684-0.363-0.508500.80120.17540.00370.72750.05651.2148-16.2543-0.223-45.0557
81.4089-0.45490.38275.8085-0.681.6895-0.17490.0303-0.0215-0.12940.16720.56650.0033-0.383500.4981-0.08330.09250.61250.08730.5212-11.9308-32.7179-43.4286
93.936-1.02281.05561.65210.15853.09970.14060.1767-0.4516-0.0852-0.1191-0.21530.54770.242-00.7404-0.00560.15090.4130.09490.473918.2925-48.5835-43.2876
103.42391.43381.05911.57310.38882.7573-0.02810.33870.0966-0.3660.1155-0.47280.34720.7977-00.58810.0590.2220.89350.07750.670943.7628-33.7347-40.5657
112.08510.0626-0.20062.66810.53392.0387-0.03120.19550.4201-0.42750.1256-0.4716-0.44230.6279-00.839-0.0267-0.00120.8854-0.08450.686148.641-2.547717.8309
121.75540.08070.59492.5627-0.09921.0531-0.0265-0.310.03260.27380.09460.3561-0.0629-0.2675-00.71640.01520.10740.74030.02690.525119.5827-24.8787-11.9919
130.391-0.8445-0.57352.11740.50570.20760.68260.32820.0682-0.22630.04130.50510.5104-1.110300.8520.0159-0.0631.0577-0.19320.719337.33856.029652.1728
142.1227-1.77720.50760.1477-1.25470.06340.00770.11310.57150.21490.5332-0.3634-0.97320.97340.00181.1162-0.1215-0.0680.80520.14120.632516.1223-10.8996-46.2895
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resseq 1:211A1 - 211
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 5:246) or (chain B and (resseq 400:403))B5 - 246
3X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 5:246) or (chain B and (resseq 400:403))B400 - 403
4X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 4:246) or (chain C and (resseq 400:403))C4 - 246
5X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 4:246) or (chain C and (resseq 400:403))C400 - 403
6X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resseq 2:246) or (chain D and (resseq 400:403))D2 - 246
7X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resseq 2:246) or (chain D and (resseq 400:403))D400 - 403
8X-RAY DIFFRACTION5(chain E and resseq 1:207) or (chain E and resseq 403)E1 - 207
9X-RAY DIFFRACTION5(chain E and resseq 1:207) or (chain E and resseq 403)E403
10X-RAY DIFFRACTION6chain F and resseq 1:211F1 - 211
11X-RAY DIFFRACTION7(chain G and resseq -9:246) or (chain G and (resseq 400:403))G-9 - 246
12X-RAY DIFFRACTION7(chain G and resseq -9:246) or (chain G and (resseq 400:403))G400 - 403
13X-RAY DIFFRACTION8(chain H and resseq 4:246) or (chain H and (resseq 400:403))H4 - 246
14X-RAY DIFFRACTION8(chain H and resseq 4:246) or (chain H and (resseq 400:403))H400 - 403
15X-RAY DIFFRACTION9(chain I and resseq 2:246) or (chain I and (resseq 400:403))I2 - 246
16X-RAY DIFFRACTION9(chain I and resseq 2:246) or (chain I and (resseq 400:403))I400 - 403
17X-RAY DIFFRACTION10(chain J and resseq 1:207) or (chain J and resseq 403)J1 - 207
18X-RAY DIFFRACTION10(chain J and resseq 1:207) or (chain J and resseq 403)J403
19X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resseq 212:333) or (chain B and resseq 247:368) or (chain C and resseq 247:368) or (chain D and resseq 247:363) or (chain E and resseq 208:334)A212 - 333
20X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resseq 212:333) or (chain B and resseq 247:368) or (chain C and resseq 247:368) or (chain D and resseq 247:363) or (chain E and resseq 208:334)B247 - 368
21X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resseq 212:333) or (chain B and resseq 247:368) or (chain C and resseq 247:368) or (chain D and resseq 247:363) or (chain E and resseq 208:334)C247 - 368
22X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resseq 212:333) or (chain B and resseq 247:368) or (chain C and resseq 247:368) or (chain D and resseq 247:363) or (chain E and resseq 208:334)D247 - 363
23X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resseq 212:333) or (chain B and resseq 247:368) or (chain C and resseq 247:368) or (chain D and resseq 247:363) or (chain E and resseq 208:334)E208 - 334
24X-RAY DIFFRACTION12(chain F and resseq 212:333) or (chain G and resseq 247:368) or (chain H and resseq 247:368) or (chain I and resseq 247:363) or (chain J and resseq 208:334)F212 - 333
25X-RAY DIFFRACTION12(chain F and resseq 212:333) or (chain G and resseq 247:368) or (chain H and resseq 247:368) or (chain I and resseq 247:363) or (chain J and resseq 208:334)G247 - 368
26X-RAY DIFFRACTION12(chain F and resseq 212:333) or (chain G and resseq 247:368) or (chain H and resseq 247:368) or (chain I and resseq 247:363) or (chain J and resseq 208:334)H247 - 368
27X-RAY DIFFRACTION12(chain F and resseq 212:333) or (chain G and resseq 247:368) or (chain H and resseq 247:368) or (chain I and resseq 247:363) or (chain J and resseq 208:334)I247 - 363
28X-RAY DIFFRACTION12(chain F and resseq 212:333) or (chain G and resseq 247:368) or (chain H and resseq 247:368) or (chain I and resseq 247:363) or (chain J and resseq 208:334)J208 - 334
29X-RAY DIFFRACTION13chain K or chain LK7 - 20
30X-RAY DIFFRACTION13chain K or chain LL1 - 10
31X-RAY DIFFRACTION14chain M or chain NM7 - 20
32X-RAY DIFFRACTION14chain M or chain NN1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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