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万見
- PDB-3gfz: Klebsiella pneumoniae BlrP1 pH 6 manganese/cy-diGMP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gfz
タイトルKlebsiella pneumoniae BlrP1 pH 6 manganese/cy-diGMP complex
要素Klebsiella pneumoniae BlrP1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / SIGNALING PROTEIN / TIM-barrel (TIMバレル) / EAL domain / BLUF domain
機能・相同性
機能・相同性情報


blue light photoreceptor activity / FAD binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sensors of blue-light using FAD / BLUF domain profile. / BLUF domain / Sensors of blue-light using FAD / EAL domain / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / Acylphosphatase-like domain superfamily / EAL domain ...Sensors of blue-light using FAD / BLUF domain profile. / BLUF domain / Sensors of blue-light using FAD / EAL domain / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / Acylphosphatase-like domain superfamily / EAL domain / EAL domain profile. / Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / フラビンモノヌクレオチド / : / Diguanylate phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Barends, T. / Hartmann, E. / Griese, J. / Beitlich, T. / Kirienko, N. / Ryjenkov, D. / Reinstein, J. / Shoeman, R. / Gomelsky, M. / Schlichting, I.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Structure and mechanism of a bacterial light-regulated cyclic nucleotide phosphodiesterase.
著者: Barends, T.R. / Hartmann, E. / Griese, J.J. / Beitlich, T. / Kirienko, N.V. / Ryjenkov, D.A. / Reinstein, J. / Shoeman, R.L. / Gomelsky, M. / Schlichting, I.
履歴
登録2009年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Klebsiella pneumoniae BlrP1
B: Klebsiella pneumoniae BlrP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,38310
ポリマ－91,8702
非ポリマー2,5138
水6,233346
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9270 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area32400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.450, 97.090, 127.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: FMN / End label comp-ID: FMN / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 504 / Label seq-ID: 9

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA - F
2BB - J

-
要素

#1: タンパク質 Klebsiella pneumoniae BlrP1


分子量: 45934.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 (肺炎桿菌)
遺伝子: blrp1, KPN78578_15680, KPN_01598 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE-3) / 参照: UniProt: A6T8V8
#2: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP / Cyclic di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.52 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: protein in 5 mM cy-diGMP, 5 mM CaCl2, 25 mM Tris-HCl pH 8.0, 40 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 2 mM EDTA, 2 mM DTE, 5% glycerol, reservoir 0.1 M Na-Ac buffer pH 4.5, 0.2 M Ca-acetate, 17-20%PEG 3350, ...詳細: protein in 5 mM cy-diGMP, 5 mM CaCl2, 25 mM Tris-HCl pH 8.0, 40 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 2 mM EDTA, 2 mM DTE, 5% glycerol, reservoir 0.1 M Na-Ac buffer pH 4.5, 0.2 M Ca-acetate, 17-20%PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.98407 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月1日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98407 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→48.54 Å / Num. all: 49739 / Num. obs: 49739 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.05→2.15 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 81.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.2.0005位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.05→48.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 12.356 / SU ML: 0.169 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27151 2618 5 %RANDOM
Rwork0.22895 ---
all0.23105 49739 --
obs0.23105 49739 97.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.857 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å20 Å20 Å2
2---3 Å20 Å2
3---3.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→48.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6174 0 158 346 6678
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0226481
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025982
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5962.0068827
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.868313836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4615782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.73322.943282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.442151066
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7251556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2977
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027077
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021333
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1820.31278
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1530.36039
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.53087
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.53714
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1930.5543
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1610.52
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1760.318
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1870.369
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2040.511
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.551.55074
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0791.51590
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.62126305
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.97133055
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.484.52516
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 6098 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.620.5
medium thermal1.0310
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 180 -
Rwork0.274 3257 -
obs--87.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8317-0.72950.17984.33970.1973.08890.089-0.0421-0.0951-0.01230.0221-0.09090.0726-0.1989-0.1111-0.2075-0.0176-0.0038-0.11320.0564-0.3551-27.12618.18-31.586
21.7531-0.1856-0.26121.8505-1.81553.6670.0165-0.20.10220.2493-0.0423-0.05890.00670.15860.0258-0.1425-0.00340.0021-0.1619-0.0333-0.3583-19.202-6.43-2.251
32.7125-0.4473-0.64993.4368-0.6242.35140.0990.00290.2255-0.1170.0388-0.34570.0437-0.0128-0.1377-0.20990.05180.0382-0.1806-0.0338-0.20399.55-6.425-15.212
40.8282-0.656-0.08574.97582.19441.9521-0.0567-0.0844-0.024-0.0264-0.06760.1956-0.0605-0.15390.1244-0.15980.0034-0.0241-0.11530.0044-0.2918-6.71729.268-9.281
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 147
2X-RAY DIFFRACTION1A504
3X-RAY DIFFRACTION2A148 - 400
4X-RAY DIFFRACTION3B1 - 147
5X-RAY DIFFRACTION3B504
6X-RAY DIFFRACTION4B148 - 400

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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