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- PDB-3gca: The structural basis for recognition of the preQ0 metabolite by a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gca
タイトルThe structural basis for recognition of the preQ0 metabolite by an unusually small riboswitch aptamer domain
要素PreQ1 riboswitch
キーワードRNA (リボ核酸) / PreQ1 / PreQ0 / riboswitch (リボスイッチ) / ribosomal binding site / amptamer / metabolite (代謝物質)
機能・相同性Chem-PQ0 / リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Spitale, R.C. / Wedekind, J.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: The Structural Basis for Recognition of the PreQ0 Metabolite by an Unusually Small Riboswitch Aptamer Domain.
著者: Spitale, R.C. / Torelli, A.T. / Krucinska, J. / Bandarian, V. / Wedekind, J.E.
履歴
登録2009年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PreQ1 riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9674
ポリマ－10,5991
非ポリマー3673
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.5, 110.5, 59.31
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: RNA鎖 PreQ1 riboswitch /


分子量: 10599.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The RNA strand was chemically synthesized based on the sequence of Class I, Type I PreQ1 riboswitch aptamer domain from T. tengcongensis
#2: 化合物 ChemComp-PQ0 / 2-AMINO-4-OXO-4,7-DIHYDRO-3H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDINE-5-CARBONITRILE / 7-DEAZA-7-CYANO-GUANINE / 7-シアノ-7-デアザグアニン


分子量: 175.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5N5O
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.8 M Li2SO4, 0.10 M Na-cacodylate pH 6.0, 0.01 M Mg(SO4)2-, 5% (v/v) 1,3-propanediol and 2 mM spermine., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Li2SO411
2Na-cacodylate11
3Mg(SO4)211
41,3-Propanediol1,3-プロパンジオール11
5Spermineスペルミン11
6Li2SO412
7Na-cacodylate12
8Mg(SO4)212
91,3-Propanediol1,3-プロパンジオール12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.1395, 1.1407, 0.97622, 1.1395
検出器タイプ: Quantum 315 CCD detector / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月29日
詳細: Vertical focusing mirror; single crystal (Si111) bent monochromator (horizontal focusing).
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.13951
21.14071
30.976221
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 5990 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 16.6 % / Biso Wilson estimate: 75 Å2 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 36.47
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 15.8 % / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique all: 579 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
CNS1.2精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.75→28.33 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 303382.6 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: CNS 1.2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 441 8 %RANDOM
Rwork0.245 ---
obs-5990 93.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.0924 Å2 / ksol: 0.2 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--21 Å2--
2---21 Å2-
3---42 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→28.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 702 23 0 725
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.99
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.06 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.487 65 8.2 %
Rwork0.438 728 -
obs--83 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1dna-rnaATTdna-rnaATT
X-RAY DIFFRACTION2pqpq
X-RAY DIFFRACTION4to
X-RAY DIFFRACTION3ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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