PDB-3fv3: Secreted aspartic protease 1 from Candida parapsilosis in complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fv3

タイトル

Secreted aspartic protease 1 from Candida parapsilosis in complex with pepstatin A

要素

Sapp1p-secreted aspartic protease 1
pepstatin APepstatin

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

pepstatin A / secreted aspartic protease /

virulence factor (病原性因子)

機能・相同性

機能・相同性情報

カンジダペプシン / aspartic-type endopeptidase activity /

タンパク質分解 / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida parapsilosis (酵母)

Streptomyces argenteolus subsp. toyonakensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Dostal, J. / Brynda, J. / Hruskova-Heidingsfeldova, O. / Sieglova, I. / Pichova, I. / Rezacova, P.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2009
タイトル: The crystal structure of the secreted aspartic protease 1 from Candida parapsilosis in complex with pepstatin A
著者: Dostal, J. / Brynda, J. / Hruskova-Heidingsfeldova, O. / Sieglova, I. / Pichova, I. / Rezacova, P.

履歴

登録	2009年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2013年2月27日	Group: Other
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fv3.cif.gz	574.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fv3.ent.gz	475.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fv3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/3fv3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/3fv3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1eagS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2o9c-d 7age-1 4y5f-d 7agc-4 7agb-2 4ijg-d 6ftd-2 3tne-1 7agc-3 5hzn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sapp1p-secreted aspartic protease 1

I: pepstatin A

B: Sapp1p-secreted aspartic protease 1

J: pepstatin A

C: Sapp1p-secreted aspartic protease 1

K: pepstatin A

D: Sapp1p-secreted aspartic protease 1

L: pepstatin A

E: Sapp1p-secreted aspartic protease 1

M: pepstatin A

F: Sapp1p-secreted aspartic protease 1

N: pepstatin A

G: Sapp1p-secreted aspartic protease 1

O: pepstatin A

H: Sapp1p-secreted aspartic protease 1

P: pepstatin A

ヘテロ分子

296 kDa, 16 ポリマー
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1

B: Sapp1p-secreted aspartic protease 1

J: pepstatin A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Sapp1p-secreted aspartic protease 1

K: pepstatin A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.8 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Sapp1p-secreted aspartic protease 1

L: pepstatin A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37 kDa, 2 ポリマー
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4

E: Sapp1p-secreted aspartic protease 1

M: pepstatin A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.1 kDa, 2 ポリマー
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5

F: Sapp1p-secreted aspartic protease 1

N: pepstatin A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.8 kDa, 2 ポリマー
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6

G: Sapp1p-secreted aspartic protease 1

O: pepstatin A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.2 kDa, 2 ポリマー
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7

H: Sapp1p-secreted aspartic protease 1

P: pepstatin A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.2 kDa, 2 ポリマー
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8

A: Sapp1p-secreted aspartic protease 1

I: pepstatin A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	86.488, 194.247, 97.147
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.52, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Sapp1p-secreted aspartic protease 1 分子量: 35865.160 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: gene sapp1 / 由来: (天然) Candida parapsilosis (酵母) / 株: P-69 / 参照: UniProt: P32951*PLUS, カンジダペプシン
#2: タンパク質・ペプチド	pepstatin A / Pepstatin / タイプ: Oligopeptideオリゴペプチド / クラス: 酵素阻害剤酵素阻害剤 / 分子量: 685.891 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide 由来: (合成) Streptomyces argenteolus subsp. toyonakensis (バクテリア) 参照: Pepstatin
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 2159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE SEQUENCE OF ENTITY 1 HAS BEEN DEPOSITED TO THE NCBI DATABASE WITH ACCESSION NUMBER FL560879.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.91 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: five-fold molar inhibitor excess, Cpr=8mg/ml; drops: 0.002ml protein + 0.001ml reservoir + 0.0002ml 10mM ZnAc; reservoir: 0.1M Tris pH 7.0, 2.0M Ammonium Sulfate, 10% glycerol, VAPOR ...詳細: five-fold molar inhibitor excess, Cpr=8mg/ml; drops: 0.002ml protein + 0.001ml reservoir + 0.0002ml 10mM ZnAc; reservoir: 0.1M Tris pH 7.0, 2.0M Ammonium Sulfate, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

結晶

マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.91 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: five-fold molar inhibitor excess, Cpr=8mg/ml; drops: 0.002ml protein + 0.001ml reservoir + 0.0002ml 10mM ZnAc; reservoir: 0.1M Tris pH 7.0, 2.0M Ammonium Sulfate, 10% glycerol, VAPOR ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月10日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator Si 111 プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 274936 / Num. obs: 273011 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 27.2
反射シェル	解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.3.0037	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EAG

1eag

解像度: 1.85→46.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 4.955 / SU ML: 0.08 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19014	1368	0.5 %	RANDOM
R_work	0.16634	-	-	-
obs	0.16646	269660	99.99 %	-
all	-	252690	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.135 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.83 Å²	0 Å²	0.37 Å²
2-	-	0.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→46.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20582	0	225	2159	22966

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	21822
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.256	1.968	29913
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.015	5	2956
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.701	25.773	899
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.185	15	3348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.49	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	3531
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	16494
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	10161
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	15126
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	2145
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.182	0.2	236
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.138	0.2	109
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.61	1.5	14075
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.023	2	22372
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.635	3	8740
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.544	4.5	7415
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.846→1.894 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	94	-
R_work	0.241	19264	-
obs	-	-	99.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4151	-0.6582	-0.2085	1.5828	0.2545	1.4241	0.1247	0.3649	0.2977	-0.5216	-0.038	-0.2203	-0.1451	-0.0628	-0.0867	0.2275	-0.0331	0.1242	0.0669	0.0675	0.0223	24.605	1.009	0.558
2	2.6241	0.4521	0.0781	2.1909	0.4728	1.3305	-0.0283	-0.0735	0.1224	-0.2927	0.1233	-0.3977	0.0264	0.2877	-0.095	0.0682	-0.0086	0.1305	0.0163	0.0112	0.0758	35.549	-5.602	9.422
3	2.8072	-1.4608	-1.4235	1.5244	0.7602	1.3947	-0.1941	-0.7099	0.0752	0.2056	0.2123	-0.2155	0.2326	0.2962	-0.0181	0.0739	0.0043	0.003	0.2086	-0.028	-0.0247	23.824	-2.755	29.843
4	7.4608	-2.1132	-1.2666	1.9776	0.9334	2.6222	-0.0412	-0.6558	0.7385	0.0725	0.1815	-0.3888	-0.1192	0.2149	-0.1403	0.0189	-0.0306	0.0196	0.1358	-0.0933	0.0066	25.152	5.316	29.502
5	2.5672	-0.0587	-0.2225	1.3038	0.3577	1.4252	0.0279	-0.3661	0.2806	-0.0694	0.1473	-0.6043	0.0253	0.4414	-0.1753	0.02	-0.0199	0.0752	0.1372	-0.0585	0.2027	39.805	-0.79	17.88
6	1.8218	0.3584	-0.0953	1.4806	-0.0043	0.6741	0.0717	0.0353	-0.3028	0.06	-0.092	-0.0611	0.1649	-0.0113	0.0203	0.078	0.0253	-0.015	-0.0056	-0.0377	-0.0423	22.955	8.991	59.46
7	2.1137	0.5091	-0.8523	1.6985	-0.6833	2.2384	0.1172	-0.102	-0.1306	0.1078	-0.0828	-0.217	0.1102	-0.0294	-0.0344	0.0294	0.0283	-0.0387	0.0032	0.001	-0.069	33.869	16.407	64.333
8	2.0824	0.2576	0.6203	1.3313	0.1499	1.2403	0.0712	0.0224	0.3702	0.0007	-0.1175	0.0705	-0.159	-0.0424	0.0464	0.03	0.0297	0.0239	-0.0133	-0.0232	-0.0166	25.745	37.318	61.074
9	4.572	-0.4984	0.384	1.6062	-0.1045	2.4058	0.0987	0.5537	0.182	-0.2641	-0.1639	0.057	-0.2047	-0.1448	0.0652	0.068	0.0772	0.0146	0.0004	0.0033	-0.0615	25.387	37.22	51.809
10	1.6952	0.2391	-0.7333	0.9879	0.3174	0.5315	0.1281	-0.0187	-0.0097	0.0435	-0.137	-0.2638	0.0391	0.142	0.009	0.0138	0.032	0.0008	0.0007	0.0123	-0.0198	39.433	25.257	59.468
11	11.4865	-9.4576	-3.757	12.1195	2.8721	3.785	0.3512	0.4885	0.432	-0.3016	-0.2513	-0.5703	0.0009	-0.0415	-0.0998	0.039	0.0542	0.0668	0.0485	0.0181	0.1329	13.218	103.3	84.264
12	5.2794	-0.6131	0.1994	1.5335	0.4922	1.3146	0.2037	-0.0094	-0.5585	0.105	-0.0998	-0.0987	0.4429	-0.0419	-0.1039	0.1858	0.0396	-0.0116	0.0533	0.0235	0.0207	2.402	91.476	86.893
13	5.6735	-0.82	-0.1805	2.4138	0.1394	2.3045	0.1768	-0.6145	0.3621	0.2287	0.0646	-0.4741	0.286	0.1735	-0.2413	0.1064	0.0697	-0.0573	0.143	-0.0236	0.0851	15.529	98.999	94.983
14	5.0634	-2.2372	0.4139	3.802	0.7854	1.5442	0.1385	-0.7673	1.2495	0.2509	-0.0162	-0.2345	-0.1698	0.0487	-0.1222	0.121	-0.0061	0.0982	0.2133	-0.2343	0.3949	1.328	119.013	100.13
15	6.4141	-1.5819	-0.1651	2.3222	0.5499	1.4547	0.2148	-0.4874	1.4686	0.0663	-0.0545	-0.6725	-0.0336	0.0963	-0.1602	0.0576	0.0234	0.0672	0.0875	-0.1481	0.4518	12.596	114.141	94.609
16	3.8747	-0.0406	0.8337	1.2375	-0.5047	1.3777	-0.2489	0.1679	0.6368	0.1191	0.082	0.0417	-0.3656	-0.0814	0.1669	0.0997	0.039	-0.0716	0.0204	0.0313	-0.0149	81.199	74.007	38.117
17	2.8807	-0.1269	1.101	1.9881	-0.0548	1.8192	-0.1762	-0.4647	0.2061	0.2185	0.1848	0.1822	-0.3068	-0.3668	-0.0085	0.0668	0.139	0.0156	0.1626	-0.0317	-0.0487	70.904	69.35	48.954
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21	1.7082	-0.2365	-0.156	0.6811	-0.2562	0.9152	0.0019	-0.2452	-0.2575	0.0243	0.0215	0.0696	0.029	0.0403	-0.0235	0.0177	0.0171	-0.025	0.0314	0.0409	-0.0866	4.686	146.551	13.876
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33	2.9497	1.0525	-0.8167	0.3858	-0.2002	1.0359	-0.0756	0.3905	-0.2881	-0.0022	0.0561	-0.0972	0.1603	0.0391	0.0196	0.0428	0.0334	0.0075	0.0138	-0.0457	-0.0557	80.722	1.01	40.403
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39	5.1118	-1.3881	1.0892	1.5207	-0.5092	2.6118	-0.0253	-0.4723	-0.347	0.1472	0.0377	0.1961	0.2149	-0.3194	-0.0123	0.0186	-0.0402	0.0052	0.1121	0.0089	-0.116	58.16	161.41	76.535
40	1.6513	0.0612	0.2964	0.7524	0.1348	1.3675	-0.0105	-0.3623	0.0004	0.0334	-0.0139	0.2925	-0.0348	-0.5546	0.0245	-0.0144	-0.0052	-0.0243	0.1776	-0.0551	-0.0007	43.862	168.215	64.653

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 128
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	129 - 194
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	195 - 249
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	250 - 301
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	302 - 339
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 128
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	129 - 185
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	186 - 249
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	250 - 302
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	303 - 339
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	1 - 14
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	15 - 129
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	130 - 194
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	195 - 262
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	263 - 339
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	1 - 120
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	121 - 194
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	195 - 246
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	247 - 301
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	302 - 339
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	1 - 128
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	129 - 185
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	186 - 249
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	250 - 301
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	302 - 339
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	1 - 14
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	15 - 128
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	129 - 194
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	195 - 262
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	263 - 339
31	X-RAY DIFFRACTION	31	G	1 - 118
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37	X-RAY DIFFRACTION	37	H	119 - 194
38	X-RAY DIFFRACTION	38	H	195 - 249
39	X-RAY DIFFRACTION	39	H	250 - 301
40	X-RAY DIFFRACTION	40	H	302 - 339

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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