ソフトウェア 名称 分類 CrystalClearデータ収集 CNS精密化 d*TREKデータ削減 d*TREKデータスケーリング CNS位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB entry 1U8D解像度 : 1.9→19.7 Å / Rfactor Rfree error : 0.008 / Data cutoff high absF : 1160795.22 / Data cutoff low absF : 0 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / 立体化学のターゲット値 : Engh & Huber / 詳細 : BULK SOLVENT MODEL USEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.263 1057 7.4 % RANDOM Rwork 0.231 - - - obs 0.231 14269 90.9 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 46.7635 Å2 / ksol : 0.4 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 34.9 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 3.62 Å2 0 Å2 -1.68 Å2 2- - -4.51 Å2 0 Å2 3- - - 0.9 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.36 Å 0.3 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.31 Å 0.32 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.9→19.7 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 0 1422 79 229 1730
拘束条件 大きな表を表示 (3 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.004 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg0.9 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d21 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d1.44 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_itX-RAY DIFFRACTION c_mcangle_itX-RAY DIFFRACTION c_scbond_itX-RAY DIFFRACTION c_scangle_it
LS精密化 シェル 解像度 : 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error : 0.032 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.373 132 7.2 % Rwork 0.354 1697 - obs - - 70.9 %